| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-31页 |
| 1 基因组印记的研究进展 | 第15-25页 |
| ·基因组印记的概念及其发现 | 第15页 |
| ·印记产生的几种进化理论学说 | 第15-17页 |
| ·印记与甲基化 | 第17-19页 |
| ·DNA甲基化的作用 | 第17页 |
| ·印记去除、形成和维持过程中的甲基化变化 | 第17-18页 |
| ·印记基因中的差异甲基化区(DMR) | 第18-19页 |
| ·基因组印记的基本特征 | 第19-22页 |
| ·基因组印记的可逆性 | 第19页 |
| ·印记中的非编码RNA | 第19-20页 |
| ·印记基因复制的不同步性 | 第20页 |
| ·印记基因成簇存在 | 第20-21页 |
| ·印记基因的保守性与特异性 | 第21-22页 |
| ·印记异常与疾病 | 第22-24页 |
| ·印记异常导致的生长发育疾病 | 第22页 |
| ·印记异常导致的神经学疾病 | 第22-23页 |
| ·印记异常导致癌症 | 第23-24页 |
| ·印记基因的检测方法 | 第24-25页 |
| 2 基因组印记与动物生长发育 | 第25-27页 |
| ·印记基因的生理功能 | 第25-26页 |
| ·基因组印记在家畜中的研究进展 | 第26-27页 |
| 3 拟分离候选印记基因的研究现状 | 第27-29页 |
| ·ASCL2基因 | 第27-28页 |
| ·NNAT基因 | 第28页 |
| ·DIRAS3基因 | 第28-29页 |
| ·DLX5基因 | 第29页 |
| 4 研究的目的和意义 | 第29-31页 |
| 第二章 材料和方法 | 第31-44页 |
| 1 试验材料 | 第31-35页 |
| ·DNA与RNA样品 | 第31-32页 |
| ·用于基因分离及SNP检测的DNA与RNA样品 | 第31页 |
| ·用于位点群体分型的DNA样品 | 第31页 |
| ·性状测定及关联分析的DNA样品 | 第31页 |
| ·用于印记及甲基化分析的DNA与RNA样品 | 第31-32页 |
| ·主要仪器与设备 | 第32页 |
| ·实验主要试剂及引物 | 第32-33页 |
| ·常用试剂及其配制 | 第33-34页 |
| ·培养基配制 | 第33页 |
| ·其他主要化学试剂配制 | 第33-34页 |
| ·常用的生物信息学网站和分析软件 | 第34-35页 |
| 2 试验方法 | 第35-44页 |
| ·猪基因组DNA的提取 | 第35页 |
| ·总RNA的提取及cDNA的制备 | 第35-36页 |
| ·总RNA的提取 | 第35-36页 |
| ·cDNA的制备 | 第36页 |
| ·猪候选印记基因的确定 | 第36页 |
| ·EST拼接和引物设计 | 第36-37页 |
| ·PCR及PCR-RFLP分析 | 第37页 |
| ·PCR产物的纯化、克隆和测序 | 第37-39页 |
| ·PCR产物的纯化 | 第37页 |
| ·感受态细胞的制备(CaCl_2法) | 第37-39页 |
| ·纯化的PCR扩增片段的克隆 | 第39页 |
| ·阳性克隆子的鉴定及序列测定 | 第39页 |
| ·多态性分析和SNP与性状的关联分析 | 第39-40页 |
| ·印记分析 | 第40页 |
| ·亚硫酸氢盐处理DNA | 第40-41页 |
| ·AMD实验所需的引物、扩增及产物检测 | 第41-44页 |
| ·AMD实验所需的随机引物和半锚定引物 | 第41-42页 |
| ·AMD实验PCR扩增程序 | 第42-43页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶洗胶步骤 | 第43页 |
| ·引物配对扩增检测 | 第43-44页 |
| 第三章 结果与分析 | 第44-74页 |
| 1 总RNA的提取与cDNA的制备 | 第44-46页 |
| ·总 RNA的提取 | 第44页 |
| ·用于获取序列信息的总RNA提取 | 第44页 |
| ·用于印记分析的总RNA提取 | 第44页 |
| ·cDNA的制备与检测 | 第44-46页 |
| 2 四个候选印记基因的分离、印记鉴定和甲基化分析 | 第46-74页 |
| ·猪ASCL2基因 | 第46-51页 |
| ·猪ASCL2基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第46页 |
| ·猪ASCL2基因的印记分析 | 第46-48页 |
| ·猪ASCL2基因C1556G位点与性状的关联分析 | 第48-51页 |
| ·猪NNAT基因 | 第51-55页 |
| ·猪NNAT基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第51-54页 |
| ·猪NNAT基因的印记分析 | 第54-55页 |
| ·猪DIRAS3基因 | 第55-60页 |
| ·猪DIRAS3基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第55-56页 |
| ·猪DIRAS3基因的印记分析 | 第56-60页 |
| ·猪DLX5基因 | 第60-67页 |
| ·猪DLX5基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第60-61页 |
| ·猪DLX5基因的印记分析 | 第61-67页 |
| ·AMD试验筛选的候选印记EST | 第67-74页 |
| ·差异条带的筛选 | 第67-68页 |
| ·差异条带的验证 | 第68-74页 |
| 第四章 讨论 | 第74-84页 |
| 1 表观遗传学研究的重要意义 | 第74-75页 |
| ·DNA甲基化与基因表达 | 第74页 |
| ·DNA甲基化与印记基因 | 第74-75页 |
| ·DNA甲基化调控动物育种 | 第75页 |
| 2 印记基因的鉴定方法 | 第75-77页 |
| ·基于“表达的SNP”的分析方法 | 第75-76页 |
| ·应用正反杂交模型分析基因组印记的高效性和准确性 | 第76-77页 |
| 3 四个候选印记基因的印记状态 | 第77-79页 |
| ·ASCL2基因的印记 | 第77页 |
| ·NNAT基因的印记 | 第77-78页 |
| ·DIRAS3基因的印记 | 第78页 |
| ·DLX5基因的印记 | 第78-79页 |
| 4 印记基因作为分子标记的遗传效应 | 第79页 |
| ·ASCL2基因 | 第79页 |
| ·DLX5基因 | 第79页 |
| 5 候选印记基因的甲基化分析 | 第79-81页 |
| 6 AMD方法的可行性及局限性 | 第81-82页 |
| 7 印记基因在动物遗传育种中的应用 | 第82-84页 |
| 小结 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-98页 |
| 致谢 | 第98-100页 |
| 附录 | 第100-101页 |
| 资源家系测定性状的英文缩写 | 第101-102页 |
| AMD试验中部分差异表达的EST序列 | 第102-104页 |