| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstracts | 第6-10页 |
| 第一章 概述 | 第10-25页 |
| ·研究背景及意义 | 第10-12页 |
| ·系统生物建模 | 第12-18页 |
| ·数学方法 | 第14-16页 |
| ·形式化方法 | 第16-18页 |
| ·进程代数和生物学 | 第18-22页 |
| ·研究现状及问题 | 第22-24页 |
| ·研究内容 | 第24-25页 |
| 第二章 基于随机π演算的形式化建模 | 第25-41页 |
| ·π演算 | 第25-27页 |
| ·随机 Pi演算 | 第27-28页 |
| ·形式化描述 | 第28-30页 |
| ·建模实例 | 第30-34页 |
| ·聚合反应 | 第30-32页 |
| ·酶促反应 | 第32-34页 |
| ·模拟工具软件 | 第34-35页 |
| ·BioSPi | 第34-35页 |
| ·Stochastic Pi Machine(SPIM) | 第35页 |
| ·连续性模拟算法 | 第35-36页 |
| ·生物过程描述与仿真 | 第36-41页 |
| ·生物钟过程 | 第36-38页 |
| ·随机π演算模拟生物钟 | 第38-41页 |
| 第三章 基于膜计算的形式化建模 | 第41-51页 |
| ·P Systems | 第42-45页 |
| ·随机p系统 | 第45-46页 |
| ·建模生物过程 | 第46-49页 |
| ·仿真结果 | 第49-50页 |
| ·结论 | 第50-51页 |
| 第四章 总结 | 第51-57页 |
| ·主要工作 | 第51页 |
| ·不足之处 | 第51-52页 |
| ·待解决的问题 | 第52-57页 |
| 参考文献 | 第57-60页 |
| 附录 1: StochPsys核心代码 | 第60-69页 |
| 附录 2: SPiM核心代码 | 第69-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第75页 |