| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词对照表 | 第10-11页 |
| 前言 | 第11-17页 |
| 第一章.利用半随机抽样模型进行蛋白质概率计算方法评估 | 第17-46页 |
| 1 概述 | 第17-19页 |
| ·鸟枪法蛋白质组学技术 | 第17页 |
| ·数据库搜索 | 第17-18页 |
| ·鉴定肽段的可靠性研究 | 第18页 |
| ·鉴定蛋白质的可靠性研究 | 第18-19页 |
| ·蛋白质概率计算方法及其影响因素评估 | 第19页 |
| 2 材料与方法 | 第19-28页 |
| ·材料 | 第19-20页 |
| ·方法 | 第20-25页 |
| ·数据库搜索 | 第20-21页 |
| ·模型所用的各参数设置 | 第21-25页 |
| ·半随机抽样模型 | 第25-28页 |
| 3 结果 | 第28-41页 |
| ·半随机抽样模型的检验 | 第28-30页 |
| ·影响蛋白质鉴定可靠性概率估算结果的因素 | 第30-33页 |
| ·数据集大小 | 第30-31页 |
| ·数据库大小 | 第31-32页 |
| ·高丰度蛋白质的去除 | 第32-33页 |
| ·不同蛋白质鉴定概率估算方法的评估 | 第33-41页 |
| ·ProteinProphet方法的评估 | 第33-35页 |
| ·PROT_PROBE方法的评估 | 第35-38页 |
| ·卡双肽段方法的评估 | 第38页 |
| ·泊松模型的评估 | 第38-41页 |
| 4 讨论 | 第41-46页 |
| 第二章.无标记蛋白质定量研究 | 第46-59页 |
| 1 概述 | 第46-50页 |
| ·基于鉴定蛋白质的肽段数的定量方法 | 第46-49页 |
| ·肽段序列覆盖率模型 | 第47页 |
| ·肽段计数或肽段采样数模型 | 第47页 |
| ·SpS模型和PMSS模型 | 第47-48页 |
| ·PAI和emPAI模型 | 第48-49页 |
| ·基于质谱峰强度的定量方法 | 第49页 |
| ·两类无标记定量方法的比较 | 第49页 |
| ·多个蛋白质共有肽段的问题及其对无标记定量方法的影响 | 第49-50页 |
| 2 材料与方法 | 第50-52页 |
| ·材料 | 第50页 |
| ·方法 | 第50-52页 |
| ·数据预处理 | 第50页 |
| ·EM算法 | 第50-52页 |
| 3 结果 | 第52-55页 |
| ·SpS、PAI和emPAI模型的EM校正 | 第52-55页 |
| ·SpS、PAI及emPAI模型之间的比较 | 第55页 |
| 4 讨论 | 第55-59页 |
| 第三章.自动批量提交数据进行Mascot搜索的软件实现 | 第59-66页 |
| 1 概述 | 第59-61页 |
| ·Mascot搜索软件 | 第59-60页 |
| ·Mascot Daemon软件 | 第60页 |
| ·Perl／Tk语言 | 第60-61页 |
| ·AutoMascot | 第61页 |
| 2 AutoMascot的主要功能 | 第61-64页 |
| ·参数编辑器模块 | 第62页 |
| ·任务提交模块 | 第62-63页 |
| ·结果处理与保存模块 | 第63-64页 |
| 3 AutoMascot软件的特色 | 第64-66页 |
| 全文总结 | 第66-67页 |
| 附录1.用标准蛋白数据验证模型稳定性的重复结果 | 第67-68页 |
| 附录2.Perl／Tk常用窗口部件程序 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 在读期间发表的论文列表 | 第70-71页 |
| 在读期间发表论文全文 | 第71-72页 |
| 综述 | 第72-104页 |
