| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 1. 文献综述 | 第11-32页 |
| ·水稻在农业生产及植物基因组学研究中的重要地位 | 第11页 |
| ·水稻基因组学研究进展 | 第11-12页 |
| ·水稻起源驯化及亚种分化的研究进展 | 第12-17页 |
| ·亚洲栽培稻的起源与演化 | 第12-14页 |
| ·亚洲栽培稻籼粳亚种的鉴别 | 第14-15页 |
| ·亚洲栽培稻的遗传变异和籼粳分化 | 第15-17页 |
| ·种质资源在作物遗传育种中的重要作用 | 第17-19页 |
| ·核心种质的研究与利用 | 第17-18页 |
| ·分子标记显著提高作物种质资源和遗传育种研究的效率 | 第18-19页 |
| ·植物关联分析的研究进展 | 第19-32页 |
| ·关联分析的基础 | 第20-23页 |
| ·连锁不平衡与关联分析 | 第20-21页 |
| ·影响LD的因素以及连锁不平衡的衰减 | 第21-22页 |
| ·不同分子标记对LD估算的差异 | 第22-23页 |
| ·关联分析的方法──如何展开关联分析 | 第23-28页 |
| ·基因型分析 | 第23-25页 |
| ·表型鉴定 | 第25-26页 |
| ·统计分析 | 第26-28页 |
| ·关联分析需注意的一些问题 | 第28页 |
| ·关联分析的应用及展望 | 第28-32页 |
| ·基因定位与功能验证 | 第28-29页 |
| ·功能标记的开发与等位基因多样性 | 第29-30页 |
| ·数量性状的研究与分子设计育种 | 第30-32页 |
| 2. 本研究的目的和意义 | 第32-33页 |
| 3. 水稻重要农艺性状和产量相关性状的全基因组关联分析 | 第33-112页 |
| ·前言 | 第33-34页 |
| ·材料和方法 | 第34-47页 |
| ·材料来源 | 第34-38页 |
| ·田间种植和性状考察 | 第38-39页 |
| ·基因型分析 | 第39-45页 |
| ·DNA提取 | 第39页 |
| ·标记选取与分析 | 第39-45页 |
| ·PCR扩增及产物检测 | 第45页 |
| ·表型数据分析 | 第45-46页 |
| ·位点多态性分析 | 第46页 |
| ·群体结构(Q矩阵)分析 | 第46页 |
| ·亲缘关系系数(K矩阵)分析 | 第46页 |
| ·连锁不平衡(LD)分析 | 第46-47页 |
| ·关联分析 | 第47页 |
| ·结果与分析 | 第47-106页 |
| ·各表型性状的变异 | 第47-53页 |
| ·各标记位点的遗传多样性 | 第53-58页 |
| ·关联分析群体的遗传结构 | 第58-62页 |
| ·群体中个体间亲缘关系 | 第62页 |
| ·连锁不平衡式样 | 第62页 |
| ·各位点多态性与性状间的关联 | 第62-68页 |
| ·各性状关联分析结果与各位点的有效等位基因数和分化系数的关系 | 第68-96页 |
| ·各性状显著标记位点的等位基因效应 | 第96-101页 |
| ·基于等位基因类型的材料分类 | 第101-102页 |
| ·单倍型分析 | 第102-106页 |
| ·讨论 | 第106-112页 |
| ·SSR和InDel标记的等位基因多样性 | 第106-107页 |
| ·籼粳亚种的分化代表中国水稻种质的主要群体结构 | 第107-108页 |
| ·群体结构对表型变异的效应 | 第108页 |
| ·基因组连锁不平衡的变异及其与亚种遗传分化间的关系 | 第108-109页 |
| ·影响关联分析结果的因素 | 第109-110页 |
| ·显著关联位点及有利等位基因为育种提供重要资源和信息 | 第110页 |
| ·关联分析在水稻中的应用前景 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
| 附录 | 第133-135页 |
| 附录Ⅰ 植物DNA提取步骤 大样法(改良CTAB法) | 第133页 |
| 附录Ⅱ SSR反应体系和扩增 | 第133-135页 |
