| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| Chapter 1.Introduction | 第12-22页 |
| 1.1 Literature Review | 第13-14页 |
| 1.2 Significance and Objectives | 第14-16页 |
| 1.3 Applications | 第16-17页 |
| 1.4 New Generation Sequencing technology | 第17-19页 |
| 1.5 Lymphoid Tissue | 第19-20页 |
| 1.6 Summary | 第20-22页 |
| Chapter 2.Preparation of Single cell RNA Sequencing Data | 第22-36页 |
| 2.1 FASTA/FASTQ Files | 第23-25页 |
| 2.2 Quality Control-FASTQC | 第25-32页 |
| 2.3 Alignment and Mapping-STAR | 第32-34页 |
| 2.4 Counting Reads-HTSeq | 第34-36页 |
| Chapter 3.Single cell RNA sequencing data processing using R Language | 第36-48页 |
| 3.1 Quality Control | 第36-37页 |
| 3.2 Differential Expression Analysis | 第37-39页 |
| 3.3 Dimensionality Reduction | 第39-41页 |
| 3.4 Clustering | 第41-44页 |
| 3.5 Principal Component Analysis | 第44-45页 |
| 3.6 Heat-map | 第45-48页 |
| Chapter 4.Cells lineage Identification | 第48-57页 |
| 4.1 Non innate lymphoid cells | 第49-51页 |
| 4.2 Innate lymphoid cells | 第51-57页 |
| Conclusions | 第57-59页 |
| 结论 | 第59-60页 |
| References | 第60-66页 |
| Acknowledgements | 第66-67页 |
| Resume | 第67页 |
