| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-23页 |
| 1.1 DNA甲基化简介 | 第13-15页 |
| 1.1.1 DNA甲基化及其生物学功能 | 第13-14页 |
| 1.1.2 DNA甲基化的检测 | 第14-15页 |
| 1.2 癌症组织中的DNA甲基化标记 | 第15-16页 |
| 1.3 癌症外周血中的DNA甲基化标记 | 第16-19页 |
| 1.3.1 癌症外周全血中的DNA甲基化标记 | 第16-18页 |
| 1.3.2 癌症血清中的DNA甲基化标记 | 第18-19页 |
| 1.4 外周全血中与老化相关的DNA甲基化标记 | 第19-21页 |
| 1.5 本论文研究的主要内容 | 第21-23页 |
| 第二章 基于DNA甲基化水平秩次关系寻找癌症诊断标记 | 第23-35页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 材料与方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 癌组织DNA甲基化数据集 | 第23-25页 |
| 2.2.2 秩次关系发生逆转的CpG位点对（R-CpGs） | 第25页 |
| 2.2.3 筛选R-CpGs作为候选诊断标记 | 第25-26页 |
| 2.2.4 分类器构建 | 第26页 |
| 2.3 结果 | 第26-32页 |
| 2.3.1 五种癌症中的R-CpGs | 第26-30页 |
| 2.3.2 R-CpGs在独立数据中的验证 | 第30-32页 |
| 2.4 讨论 | 第32-33页 |
| 2.5 本章小结 | 第33-35页 |
| 第三章 癌症和炎症病人外周全血及血清中的异常DNA甲基化信号的来源 | 第35-51页 |
| 3.1 引言 | 第35页 |
| 3.2 材料和方法 | 第35-39页 |
| 3.2.1 DNA甲基化谱数据集 | 第35-36页 |
| 3.2.2 数据预处理 | 第36-37页 |
| 3.2.3 差异DNA甲基化位点的判定 | 第37页 |
| 3.2.4 在不同数据集中识别的差异DNA甲基化位点的一致性分析 | 第37-38页 |
| 3.2.5 髓性细胞和淋巴性细胞比例改变对外周全血和血清中的DNA甲基化信号的影响 | 第38-39页 |
| 3.3 结果 | 第39-48页 |
| 3.3.1 髓性与淋巴性细胞间的差异DNA甲基化位点 | 第39-41页 |
| 3.3.2 癌症外周全血及血清样本中的异常DNA甲基化信号 | 第41-45页 |
| 3.3.3 炎症外周全血及血清样本中的异常DNA甲基化信号 | 第45-46页 |
| 3.3.4 炎症和癌症外周全血中的差异DNA甲基化位点比较 | 第46-48页 |
| 3.4 讨论 | 第48-49页 |
| 3.5 本章小结 | 第49-51页 |
| 第四章 外周全血中与老化相关的DNA甲基化标记的来源解析 | 第51-67页 |
| 4.1 引言 | 第51页 |
| 4.2 材料和方法 | 第51-56页 |
| 4.2.1 外周全血DNA甲基化谱数据集 | 第51-53页 |
| 4.2.2 数据预处理 | 第53页 |
| 4.2.3 判定与老化相关的甲基化位点（arCpGs） | 第53-54页 |
| 4.2.4 在不同数据集中识别的arCpGs的重复性和一致性 | 第54页 |
| 4.2.5 Gene Ontology功能富集分析 | 第54-55页 |
| 4.2.6 估计外周血中髓性细胞和淋巴性细胞的比例 | 第55-56页 |
| 4.3 结果 | 第56-64页 |
| 4.3.1 外周全血中与老化相关的DNA甲基化改变的可重复性 | 第56-57页 |
| 4.3.2 外周血细胞构成比例变化对外周全血中的arCpGs的影响 | 第57-60页 |
| 4.3.3 外周全血中arCpGs与CD4~+T细胞和CD14~+单核细胞中的arCpGs | 第60-64页 |
| 4.4 讨论 | 第64-65页 |
| 4.5 本章小结 | 第65-67页 |
| 第五章 总结和展望 | 第67-70页 |
| 5.1 总结 | 第67-68页 |
| 5.2 展望 | 第68-70页 |
| 附录 | 第70-107页 |
| 附表 1：外周全血中与老化相关的DNA甲基化位点 | 第70-81页 |
| 附表 2：外周全血中与老化正相关的DNA甲基化位点富集到的GO结点 | 第81-93页 |
| 附表 3：CD4~+T细胞中与老化相关的DNA甲基化位点 | 第93-99页 |
| 附表 4：CD14~+单核细胞中与老化相关的DNA甲基化位点 | 第99-104页 |
| 附表 5:计算软件和主要程序 | 第104-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-118页 |
| 攻读博士学位期间取得的成果 | 第118-120页 |
