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癌症和老化相关的DNA甲基化标记的稳健性及来源解析

摘要第5-7页
ABSTRACT第7-9页
第一章 绪论第13-23页
    1.1 DNA甲基化简介第13-15页
        1.1.1 DNA甲基化及其生物学功能第13-14页
        1.1.2 DNA甲基化的检测第14-15页
    1.2 癌症组织中的DNA甲基化标记第15-16页
    1.3 癌症外周血中的DNA甲基化标记第16-19页
        1.3.1 癌症外周全血中的DNA甲基化标记第16-18页
        1.3.2 癌症血清中的DNA甲基化标记第18-19页
    1.4 外周全血中与老化相关的DNA甲基化标记第19-21页
    1.5 本论文研究的主要内容第21-23页
第二章 基于DNA甲基化水平秩次关系寻找癌症诊断标记第23-35页
    2.1 引言第23页
    2.2 材料与方法第23-26页
        2.2.1 癌组织DNA甲基化数据集第23-25页
        2.2.2 秩次关系发生逆转的CpG位点对(R-CpGs)第25页
        2.2.3 筛选R-CpGs作为候选诊断标记第25-26页
        2.2.4 分类器构建第26页
    2.3 结果第26-32页
        2.3.1 五种癌症中的R-CpGs第26-30页
        2.3.2 R-CpGs在独立数据中的验证第30-32页
    2.4 讨论第32-33页
    2.5 本章小结第33-35页
第三章 癌症和炎症病人外周全血及血清中的异常DNA甲基化信号的来源第35-51页
    3.1 引言第35页
    3.2 材料和方法第35-39页
        3.2.1 DNA甲基化谱数据集第35-36页
        3.2.2 数据预处理第36-37页
        3.2.3 差异DNA甲基化位点的判定第37页
        3.2.4 在不同数据集中识别的差异DNA甲基化位点的一致性分析第37-38页
        3.2.5 髓性细胞和淋巴性细胞比例改变对外周全血和血清中的DNA甲基化信号的影响第38-39页
    3.3 结果第39-48页
        3.3.1 髓性与淋巴性细胞间的差异DNA甲基化位点第39-41页
        3.3.2 癌症外周全血及血清样本中的异常DNA甲基化信号第41-45页
        3.3.3 炎症外周全血及血清样本中的异常DNA甲基化信号第45-46页
        3.3.4 炎症和癌症外周全血中的差异DNA甲基化位点比较第46-48页
    3.4 讨论第48-49页
    3.5 本章小结第49-51页
第四章 外周全血中与老化相关的DNA甲基化标记的来源解析第51-67页
    4.1 引言第51页
    4.2 材料和方法第51-56页
        4.2.1 外周全血DNA甲基化谱数据集第51-53页
        4.2.2 数据预处理第53页
        4.2.3 判定与老化相关的甲基化位点(arCpGs)第53-54页
        4.2.4 在不同数据集中识别的arCpGs的重复性和一致性第54页
        4.2.5 Gene Ontology功能富集分析第54-55页
        4.2.6 估计外周血中髓性细胞和淋巴性细胞的比例第55-56页
    4.3 结果第56-64页
        4.3.1 外周全血中与老化相关的DNA甲基化改变的可重复性第56-57页
        4.3.2 外周血细胞构成比例变化对外周全血中的arCpGs的影响第57-60页
        4.3.3 外周全血中arCpGs与CD4~+T细胞和CD14~+单核细胞中的arCpGs第60-64页
    4.4 讨论第64-65页
    4.5 本章小结第65-67页
第五章 总结和展望第67-70页
    5.1 总结第67-68页
    5.2 展望第68-70页
附录第70-107页
    附表 1:外周全血中与老化相关的DNA甲基化位点第70-81页
    附表 2:外周全血中与老化正相关的DNA甲基化位点富集到的GO结点第81-93页
    附表 3:CD4~+T细胞中与老化相关的DNA甲基化位点第93-99页
    附表 4:CD14~+单核细胞中与老化相关的DNA甲基化位点第99-104页
    附表 5:计算软件和主要程序第104-107页
致谢第107-108页
参考文献第108-118页
攻读博士学位期间取得的成果第118-120页

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