| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 目录 | 第10-14页 |
| 常用英文缩略词 | 第14-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-36页 |
| 引言 | 第16-17页 |
| 第一节 降低池塘污染的方法 | 第17-21页 |
| 1 物理方法 | 第17页 |
| 2 化学方法 | 第17-18页 |
| 3 生物方法 | 第18-21页 |
| 3.1 水生植物 | 第18-19页 |
| 3.2 藻类 | 第19页 |
| 3.3 水体复合材料 | 第19-21页 |
| 第二节 益生菌在水产养殖及水体净化中的应用 | 第21-26页 |
| 1 芽孢杆菌 | 第21页 |
| 2 光合细菌 | 第21-22页 |
| 3 硝化细菌 | 第22页 |
| 4 反硝化细菌 | 第22-23页 |
| 5 酵母菌 | 第23页 |
| 6 乳酸菌 | 第23-24页 |
| 7 复合菌 | 第24-25页 |
| 8 益生菌研究及应用中存在的问题 | 第25-26页 |
| 第三节 施氏假单胞菌的研究进展 | 第26-35页 |
| 1 施氏假单胞菌概述 | 第26-28页 |
| 2 降解有机污染物 | 第28-30页 |
| 3 降低矿物及重金属污染 | 第30页 |
| 4 用于化工及DNA的自然转化 | 第30-31页 |
| 5 固氮 | 第31-32页 |
| 6 好氧反硝化 | 第32-35页 |
| 第四节 本研究的目的、意义与主要研究内容 | 第35-36页 |
| 第二章 施氏假单胞菌SC221-M的筛选及脱氮特性研究 | 第36-61页 |
| 摘要 | 第36-37页 |
| 1 材料与方法 | 第37-47页 |
| 1.1 主要试剂 | 第37-39页 |
| 1.2 主要仪器 | 第39-41页 |
| 1.3 样品的采集与处理 | 第41页 |
| 1.4 培养液的驯化 | 第41页 |
| 1.5 菌的分离 | 第41页 |
| 1.6 菌的筛选 | 第41页 |
| 1.7 菌的鉴定 | 第41-42页 |
| 1.8 菌的诱变 | 第42页 |
| 1.9 脱氮试验设计 | 第42-45页 |
| 1.10 nirS和nosZ基因相对表达量检测 | 第45-47页 |
| 1.11 数据的统计与分析 | 第47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-56页 |
| 2.1 菌的筛选结果 | 第47页 |
| 2.2 菌的形态特征及16S rDNA鉴定结果 | 第47-48页 |
| 2.3 SC221辐射后去除亚硝酸盐能力的变化 | 第48页 |
| 2.4 氮源对SC221-M生长、脱氮及基因表达的影响 | 第48-50页 |
| 2.5 碳源对SC221-M生长、脱氮及基因表达的影响 | 第50-52页 |
| 2.6 碳氮比对SC221-M生长、脱氮及基因表达的影响 | 第52-54页 |
| 2.7 温度对SC221-M生长、脱氮及基因表达的影响 | 第54-56页 |
| 3 讨论 | 第56-60页 |
| 3.1 从草鱼养殖池塘中筛选反硝化细菌 | 第56页 |
| 3.2 施氏假单胞菌的诱变 | 第56-57页 |
| 3.3 氮源对施氏假单胞菌生长及反硝化的影响 | 第57页 |
| 3.4 碳源对施氏假单胞菌生长及反硝化的影响 | 第57-58页 |
| 3.5 碳氮比对施氏假单胞菌生长及反硝化的影响 | 第58-59页 |
| 3.6 温度对施氏假单胞菌生长及反硝化的影响 | 第59-60页 |
| 4 小结 | 第60-61页 |
| 第三章 施氏假单胞菌SC221-M的全基因组测序及分析 | 第61-80页 |
| 摘要 | 第61-62页 |
| 1 材料与方法 | 第62-67页 |
| 1.1 主要试剂 | 第62页 |
| 1.2 主要仪器 | 第62-63页 |
| 1.3 测序样品的准备 | 第63页 |
| 1.4 测序的流程 | 第63-64页 |
| 1.5 原始测序数据的处理 | 第64页 |
| 1.6 序列的组装 | 第64-65页 |
| 1.7 计算覆盖度和平均深度 | 第65页 |
| 1.8 SNP和InDel检测 | 第65-66页 |
| 1.9 系统进化树分析 | 第66页 |
| 1.10 反硝化酶基因分布 | 第66页 |
| 1.11 NirS与NosZ蛋白的突变分析 | 第66-67页 |
| 2 结果与分析 | 第67-77页 |
| 2.1 测序结果的概况 | 第67页 |
| 2.2 细菌基因组的概况 | 第67-70页 |
| 2.3 测序深度和覆盖度统计 | 第70页 |
| 2.4 SNP和InDel检测结果 | 第70-71页 |
| 2.5 施氏假单胞菌的系统进化树 | 第71-72页 |
| 2.6 SC221-M中nar相关基因的分布图 | 第72页 |
| 2.7 SC221-M中nap相关基因的分布图 | 第72页 |
| 2.8 SC221-M中nir相关基因的分布图 | 第72-73页 |
| 2.9 SC221-M中nor相关基因的分布图 | 第73页 |
| 2.10 SC221-M中nos相关基因的分布图 | 第73-74页 |
| 2.11 SC221-M中amoA基因的分布图 | 第74页 |
| 2.12 施氏假单胞菌反硝化相关蛋白NirS和NosZ的突变分析 | 第74-77页 |
| 3 讨论 | 第77-79页 |
| 4 小结 | 第79-80页 |
| 第四章 益生菌对草鱼养殖水体水质和菌群结构的影响 | 第80-117页 |
| 摘要 | 第80-81页 |
| 1 材料与方法 | 第81-96页 |
| 1.1 主要试剂 | 第81-85页 |
| 1.2 主要仪器 | 第85-86页 |
| 1.3 菌粉的制作 | 第86-87页 |
| 1.4 养殖试验 | 第87-88页 |
| 1.5 水质指标测定 | 第88-92页 |
| 1.6 养殖试验数据的统计与分析 | 第92页 |
| 1.7 水体细菌样品的采集与处理 | 第92-93页 |
| 1.8 水体细菌总DNA的提取及PCR扩增 | 第93-94页 |
| 1.9 测序数据的分析 | 第94-96页 |
| 2 结果与分析 | 第96-112页 |
| 2.1 天气 | 第96页 |
| 2.2 水温 | 第96-97页 |
| 2.3 pH | 第97页 |
| 2.4 透明度 | 第97-98页 |
| 2.5 叶绿素a | 第98-99页 |
| 2.6 TDS | 第99页 |
| 2.7 氨氮 | 第99-100页 |
| 2.8 亚硝酸盐 | 第100-101页 |
| 2.9 硝酸盐 | 第101页 |
| 2.10 总无机氮 | 第101-102页 |
| 2.11 总氮 | 第102-103页 |
| 2.12 正磷酸盐 | 第103页 |
| 2.13 总磷 | 第103-104页 |
| 2.14 COD | 第104页 |
| 2.15 BOD | 第104-105页 |
| 2.16 硬度 | 第105页 |
| 2.17 稀疏曲线 | 第105-106页 |
| 2.18 聚类分析 | 第106页 |
| 2.19 主坐标分析 | 第106-108页 |
| 2.20 微生物群落结构比较 | 第108页 |
| 2.21 各试验组OTU之间的网络图 | 第108-110页 |
| 2.22 微生物群落详细对比图 | 第110-112页 |
| 3 讨论 | 第112-116页 |
| 4 小结 | 第116-117页 |
| 提示、创新点和后续研究展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-136页 |
| 攻读博士学位期间主要的研究成果 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137页 |
