| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第一章 嘌呤能受体通道简介 | 第9-27页 |
| 1.1 嘌呤能受体 | 第9-26页 |
| 1.1.1 简介 | 第9-10页 |
| 1.1.2 P2X受体的结构 | 第10-13页 |
| 1.1.3 P2X受体的激活 | 第13-23页 |
| 1.1.4 P2X受体的调节 | 第23页 |
| 1.1.5 P2X受体的分布及生理病理意义 | 第23-26页 |
| 1.2 计算生物学 | 第26-27页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟 | 第26页 |
| 1.2.2 Metadynamics | 第26-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-36页 |
| 2.1 HEK293细胞的培养和转染 | 第27-28页 |
| 2.1.1 溶液配制 | 第27页 |
| 2.1.2 HEK293细胞的传代培养,冻存以及复苏 | 第27-28页 |
| 2.1.3 HEK293细胞系的转染 | 第28页 |
| 2.2 质粒的制备 | 第28-30页 |
| 2.2.1 定点突变 | 第28-29页 |
| 2.2.2 质粒转化及提取 | 第29-30页 |
| 2.3 细胞膜蛋白的提取及Western blotting检测 | 第30-33页 |
| 2.3.1 有关溶液的配置 | 第30页 |
| 2.3.2 实验所需仪器 | 第30-31页 |
| 2.3.3 蛋白样品制备 | 第31-32页 |
| 2.3.4 SDS-PAGE凝胶电泳和Western-blotting免疫印迹 | 第32-33页 |
| 2.4 电生理 | 第33-34页 |
| 2.4.1 有关溶液的配置 | 第33-34页 |
| 2.4.2 实验所需仪器 | 第34页 |
| 2.4.3 实验方法 | 第34页 |
| 2.5 同源建模、分子模拟 | 第34-36页 |
| 2.5.1 rP2X4同源建模 | 第34-35页 |
| 2.5.2 In-silicon对接和吉布斯结合自由能计算 | 第35页 |
| 2.5.3 rP2X4受体的分子动力学模拟 | 第35页 |
| 2.5.4 rP2X4受体的Metadynamics自由能轨迹计算 | 第35-36页 |
| 第三章 P2X4受体激活的杠杆原理 | 第36-56页 |
| 3.1 实验结果 | 第36-41页 |
| 3.1.1 在MD模拟中,没有ATP存在的情况下,P2X4受体中的ATP结合位点是自然闭合的状态 | 第36-37页 |
| 3.1.2 静息状态下的ATP结合模式 | 第37-38页 |
| 3.1.3 静息状态下ATP的结合通过与β1,p8,β12,p13以及头部的氨基酸相互作用引起结合口袋的紧缩 | 第38-39页 |
| 3.1.4 K193-ATP相互作用及疏水中心的构象重排对于ATP结合诱导LF、DF和头部的协调运动是必不可少的 | 第39-40页 |
| 3.1.5 P2X可能的杠杆门控机制 | 第40-41页 |
| 3.2 讨论 | 第41-42页 |
| 3.3 结论 | 第42-43页 |
| 3.4 实验图表及说明 | 第43-56页 |
| 第四章 P2X4受体N-端跨膜后区与C-端跨膜前区在通道开放中的作用机制研究 | 第56-65页 |
| 4.1 实验结果 | 第56-58页 |
| 4.1.1 离子通道胞外域coupling结构的特征对比 | 第56页 |
| 4.1.2 点突变寻找胞外loop区参与构象传递的重要氨基酸 | 第56-57页 |
| 4.1.3 两簇疏水氨基酸的突变对通道表达的影响 | 第57页 |
| 4.1.4 loop区氨基酸的种属特异性研究 | 第57-58页 |
| 4.1.5 计算生物学的方法研究loop区氨基酸残基的重要性 | 第58页 |
| 4.1.6 P2X受体可能的构象传递机制 | 第58页 |
| 4.2 讨论 | 第58-59页 |
| 4.3 结论 | 第59-60页 |
| 4.4 实验图表及说明 | 第60-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 论文缩略语索引 | 第72-73页 |
| 在学期间的研究成果 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
