| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-19页 |
| 1.1 丛枝菌根(AM)简介 | 第10-14页 |
| 1.1.1 丛枝菌根真菌（AMF） | 第10-11页 |
| 1.1.2 丛枝菌根真菌与植物的共生机制 | 第11-14页 |
| 1.2 豆科木本植物紫穗槐简介 | 第14页 |
| 1.3 转录组学及其在丛枝菌根研究中的应用 | 第14-16页 |
| 1.3.1 转录组学简介 | 第14页 |
| 1.3.2 转录组测序技术 | 第14-15页 |
| 1.3.3 从枝菌根(AM)的转录组学研究 | 第15-16页 |
| 1.4 实时荧光定量PCR | 第16-17页 |
| 1.5 本研究目的及意义 | 第17-18页 |
| 1.6 本研究技术路线 | 第18-19页 |
| 第2章 材料与方法 | 第19-29页 |
| 2.1 试验材料 | 第19-20页 |
| 2.1.1 供试菌种及植株 | 第19页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第19页 |
| 2.1.3 主要试剂及配置方法 | 第19-20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-29页 |
| 2.2.1 材料培养及接菌处理 | 第20-21页 |
| 2.2.2 菌根侵染率检测 | 第21页 |
| 2.2.3 紫穗槐根部总RNA提取 | 第21-22页 |
| 2.2.4 总RNA完整性和纯度检测 | 第22页 |
| 2.2.5 紫穗槐根系mRNA纯化 | 第22-23页 |
| 2.2.6 cDNA文库构建及Illumina HiseqTM 2500测序 | 第23-24页 |
| 2.2.7 原始序列处理，拼接和组装 | 第24-26页 |
| 2.2.8 组装后功能注释 | 第26-27页 |
| 2.2.9 差异表达基因分析 | 第27页 |
| 2.2.10 Real-time PCR验证 | 第27-29页 |
| 第3章 试验结果与分析 | 第29-59页 |
| 3.1 紫穗槐培养和菌根侵染情况检测 | 第29-31页 |
| 3.2 紫穗槐根部RNA质检结果 | 第31-32页 |
| 3.3 转录本组装及数据统计 | 第32-34页 |
| 3.3.1 转录本组装 | 第32-33页 |
| 3.3.2 数据比对统计 | 第33-34页 |
| 3.4 原始数据质控 | 第34-39页 |
| 3.4.1 测序质量评估 | 第34-36页 |
| 3.4.2 测序饱和度分析 | 第36-37页 |
| 3.4.3 测序随机性统计分析 | 第37-38页 |
| 3.4.4 基因覆盖度统计分析 | 第38-39页 |
| 3.5 组装后功能注释结果 | 第39-43页 |
| 3.5.1 KOG功能注释结果 | 第40-41页 |
| 3.5.2 GO功能注释结果 | 第41-42页 |
| 3.5.3 Unigene代谢通路分析 | 第42-43页 |
| 3.6 差异表达基因分析 | 第43-57页 |
| 3.6.1 差异表达基因筛选 | 第43-44页 |
| 3.6.2 差异表达基因可视化分析 | 第44-45页 |
| 3.6.3 差异基因表达模式聚类分析 | 第45-46页 |
| 3.6.4 差异基因GO富集分析 | 第46-47页 |
| 3.6.5 差异基因代谢通路富集分析 | 第47-48页 |
| 3.6.6 差异表达基因功能分类 | 第48-57页 |
| 3.7 qRT-PCR结果分析 | 第57-59页 |
| 第4章 讨论 | 第59-69页 |
| 4.1 紫穗槐培养和菌根侵染情况 | 第59页 |
| 4.2 RNA提取 | 第59-60页 |
| 4.3 转录组测序技术 | 第60页 |
| 4.4 紫穗槐与AMF共生相关基因 | 第60-68页 |
| 4.4.1 参与紫穗槐胁迫和防御相关基因 | 第61-64页 |
| 4.4.2 参与紫穗槐代谢相关基因 | 第64页 |
| 4.4.3 参与紫穗槐信号转导相关基因 | 第64-66页 |
| 4.4.4 参与紫穗槐能量相关基因 | 第66页 |
| 4.4.5 参与紫穗槐蛋白合成相关基因 | 第66-67页 |
| 4.4.6 参与紫穗槐蛋白折叠和降解相关基因 | 第67-68页 |
| 4.4.7 参与紫穗槐转录相关基因 | 第68页 |
| 4.5 qRT-PCR检验结果 | 第68-69页 |
| 第5章 结论 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第80页 |