| 摘要 | 第3-12页 |
| ABSTRACT | 第12-22页 |
| 背景介绍 | 第26-43页 |
| 一、Z-DNA的分子构象、序列特征和稳定性 | 第27-29页 |
| 二、Z-DNA的热动力学特征与DNA负超螺旋密度 | 第29-31页 |
| 三、Z-DNA结合蛋白 | 第31-33页 |
| 四、自然存在Z-DNA证据和其已知的生物学功能 | 第33-36页 |
| 五、Z-DNA与疾病的关系 | 第36-38页 |
| 六、Z-DNA生物信息预测方法 | 第38-42页 |
| 七、Z-DNA数据库的现状 | 第42-43页 |
| 第一章 Z-DNA预测方法 | 第43-72页 |
| 第一节 材料和方法 | 第44-53页 |
| 1.1 Z-DNA潜在区域形成的热动力学原理 | 第44-48页 |
| 1.2 Z-DNA潜在区域的搜索策略 | 第48-50页 |
| 1.3 Z-Catcher2的实现 | 第50-53页 |
| 1.4 其它材料和方法 | 第53页 |
| 第二节 结果 | 第53-65页 |
| 2.1 Z-Catcher2的改进 | 第53-57页 |
| 2.2 Z-Catcher2的性能 | 第57-61页 |
| 2.3 Z-Catcher2运行结果与nBMST方法的比较 | 第61-65页 |
| 第三节 讨论 | 第65-72页 |
| 第二章 Z-DNA潜在区域在基因组中的分布 | 第72-101页 |
| 第一节 材料和方法 | 第74-80页 |
| 1.1 基因组序列、注释信息和转录起始位点数据 | 第74-75页 |
| 1.2 各基因组中Z-DNA潜在区域的预测和其在各基因组中的分布 | 第75-76页 |
| 1.3 人类基因组转录起始位点的确定 | 第76-78页 |
| 1.4 Z-DNA潜在区域与TSSs关系的分析 | 第78-79页 |
| 1.5 其它材料和方法 | 第79-80页 |
| 第二节 结果 | 第80-95页 |
| 2.1 Z-DNA潜在区域在人类基因组24条染色体上的分布情况 | 第80-84页 |
| 2.2 Z-DNA潜在区域分布在基因转录起始位点附近 | 第84-87页 |
| 2.3 Z-DNA潜在区域的更多地分布在编码蛋白基因的TSS上游 | 第87-88页 |
| 2.4 Z-DNA潜在区域在编码蛋白基因的外显子和内含子分布的比较 | 第88-95页 |
| 第三节 讨论 | 第95-101页 |
| 第三章 Z-DNA数据库的构建和网络查询 | 第101-109页 |
| 第一节 材料和方法 | 第102-105页 |
| 1.1 数据库的构建 | 第102-103页 |
| 1.2 R平台下搭建动态网页的利器Shiny | 第103-105页 |
| 第二节 结果 | 第105-108页 |
| 2.1 网页结构 | 第105-107页 |
| 2.2 网站部署 | 第107-108页 |
| 第三节 讨论 | 第108-109页 |
| 第四章 Z-DNA与结肠癌拷贝数变异的潜在关系 | 第109-122页 |
| 第一节 材料和方法 | 第110-113页 |
| 1.1 结肠癌拷贝数变异区域 | 第110-112页 |
| 1.2 Z-DNA的与结肠癌CNVs关系的确定 | 第112页 |
| 1.3 其它材料与方法 | 第112-113页 |
| 第二节 结果 | 第113-119页 |
| 2.1 显著扩增的峰值区域中含有更多的ZDRs | 第113-116页 |
| 2.2 显著缺失的峰值区域中ZDRs的结果 | 第116-119页 |
| 第三节 讨论 | 第119-122页 |
| 结论 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-135页 |
| 攻读学位期间成果 | 第135-136页 |
| 附录 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137-138页 |
