| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 微生物群落结构和多样性研究进展 | 第15-23页 |
| 1 宏基因组 | 第15-22页 |
| 1.1 宏基因组学的提出 | 第15-16页 |
| 1.2 宏基因组学的缺点 | 第16页 |
| 1.3 研究微生物群落结构和多样性的方法 | 第16-19页 |
| 1.3.1 限制性片段长度多态性分析法 | 第16-17页 |
| 1.3.2 变性梯度凝胶电泳 | 第17页 |
| 1.3.3 高通量测序 | 第17-19页 |
| 1.4 宏基因组学的应用 | 第19-22页 |
| 1.4.1 发现生物催化剂 | 第19页 |
| 1.4.2 发现新基因 | 第19-20页 |
| 1.4.3 在医学方面的应用 | 第20页 |
| 1.4.4 发现有价值的化合物 | 第20-21页 |
| 1.4.5 研究微生物群落结构和多样性 | 第21-22页 |
| 2 本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 不同土壤样品文库的构建测序及基本数据分析 | 第23-39页 |
| 1 实验材料 | 第24页 |
| 2 实验器材与主要试剂 | 第24-25页 |
| 2.1 实验器材 | 第24-25页 |
| 2.2 主要生化试剂 | 第25页 |
| 2.3 主要分子生物学试剂与试剂盒 | 第25页 |
| 3 实验步骤与方法 | 第25-29页 |
| 3.1 提取土壤总DNA | 第25页 |
| 3.2 琼脂糖凝胶电泳检测DNA | 第25页 |
| 3.3 16S rDNA V4区的扩增 | 第25-26页 |
| 3.4 PCR产物的回收纯化 | 第26页 |
| 3.5 16S rDNA V4测序 | 第26-27页 |
| 3.6 illuminate质控报告 | 第27-28页 |
| 3.7 数据拆分 | 第28页 |
| 3.8 Tags拼接 | 第28页 |
| 3.9 Tags截取 | 第28页 |
| 3.10 Tags长度过滤 | 第28页 |
| 3.11 Tags去嵌合体序列 | 第28-29页 |
| 4 实验结果 | 第29-38页 |
| 4.1 提取DNA质量检测 | 第29-30页 |
| 4.2 16S弥勒和元谋样品基本数据结果 | 第30-33页 |
| 4.2.1 Illumina质控报告图谱 | 第30-31页 |
| 4.2.2 宏基因组测序原始数据信息 | 第31-33页 |
| 4.2.2.1 测序的原始数据信息 | 第31-32页 |
| 4.2.2.2 数据质量信息 | 第32-33页 |
| 4.3 玉溪样品基本数据结果 | 第33-35页 |
| 4.3.1 Illumina质控报告图谱 | 第33-34页 |
| 4.3.2 宏基因组测序原始数据信息 | 第34-35页 |
| 4.3.2.1 测序的原始数据信息 | 第34-35页 |
| 4.3.2.2 数据质量信息 | 第35页 |
| 4.4 18S元谋样品基本数据结果 | 第35-38页 |
| 4.4.1 Illumina质控报告图谱 | 第35-36页 |
| 4.4.2 宏基因组测序原始数据信息 | 第36-38页 |
| 4.4.2.1 测序的原始数据信息 | 第36-37页 |
| 4.4.2.2 数据质量信息 | 第37-38页 |
| 5 小结 | 第38-39页 |
| 第三章 细菌种群多样性比较分析 | 第39-69页 |
| 1 实验步骤与方法 | 第39-46页 |
| 1.1 赋予物种分类单元 | 第39页 |
| 1.2 操作分类单元(OTU：Operation Taxonomic Unit)分类 | 第39-40页 |
| 1.2.1 OTU丰度分析 | 第39页 |
| 1.2.2 OTU物种注释 | 第39-40页 |
| 1.3 样品复杂度分析 | 第40-42页 |
| 1.3.1 Alpha多样性(Alpha diversity)分析 | 第40-42页 |
| 1.3.1.1 样品的Rank Abundance曲线 | 第40页 |
| 1.3.1.2 Chao值的计算 | 第40-41页 |
| 1.3.1.3 Shannon值的计算 | 第41页 |
| 1.3.1.4 绘制稀释曲线 | 第41-42页 |
| 1.4 多样品间的比较分析 | 第42-46页 |
| 1.4.1 Beta (β)多样性分析 | 第42页 |
| 1.4.2 样品间显著差异的细菌种群丰度比较 | 第42页 |
| 1.4.3 PCA分析 | 第42-44页 |
| 1.4.4 聚类分析 | 第44-46页 |
| 2 实验结果 | 第46-67页 |
| 2.1 样品的线虫数 | 第46页 |
| 2.2 OTU数目统计 | 第46-47页 |
| 2.3 最佳分类水平 | 第47页 |
| 2.4 Alpha(α)多样性分析 | 第47-49页 |
| 2.4.1 Rank-abundance曲线 | 第47-48页 |
| 2.4.2 稀释曲线 | 第48-49页 |
| 2.5 样品间多样性分析 | 第49-67页 |
| 2.5.1 样品间共有菌种 | 第49-51页 |
| 2.5.2 样品中优势菌种和差异比较 | 第51-61页 |
| 2.5.2.1 门水平各样品优势菌种 | 第51-52页 |
| 2.5.2.2 门水平各样品优势菌种差异比较 | 第52-53页 |
| 2.5.2.3 科水平各样品优势菌种 | 第53-56页 |
| 2.5.2.4 科水平各样品优势菌种差异比较 | 第56-58页 |
| 2.5.2.5 属水平各样品优势菌种 | 第58-59页 |
| 2.5.2.6 属水平各样品优势菌种差异比较 | 第59-61页 |
| 2.5.3 各样品的主成分分析(PCA) | 第61-64页 |
| 2.5.3.1 门水平主成分分析 | 第61-62页 |
| 2.5.3.2 科水平主成分分析 | 第62-63页 |
| 2.5.3.3 属水平主成分分析 | 第63-64页 |
| 2.5.4 聚类分析 | 第64-66页 |
| 2.5.5 属水平的物种丰度聚类图 | 第66-67页 |
| 3 小结 | 第67-69页 |
| 第四章 不同时段细菌种群多样性变化比较分析 | 第69-85页 |
| 1 实验步骤与方法 | 第69页 |
| 2 实验结果 | 第69-84页 |
| 2.1 样品的线虫数 | 第69页 |
| 2.2 OTU数目统计 | 第69-70页 |
| 2.3 最佳分类水平 | 第70-71页 |
| 2.4 Alpha(α)多样性分析 | 第71-72页 |
| 2.4.1 Rank-abundance曲线 | 第71页 |
| 2.4.2 稀释曲线 | 第71-72页 |
| 2.5 样品间多样性分析 | 第72-84页 |
| 2.5.1 样品间共有菌种 | 第72-73页 |
| 2.5.2 样品中优势菌种和差异比较 | 第73-77页 |
| 2.5.2.1 门水平各样品优势菌种和差异比较 | 第73-74页 |
| 2.5.2.2 科水平各样品优势菌种和差异比较 | 第74-76页 |
| 2.5.2.3 属水平各样品优势菌种和差异比较 | 第76-77页 |
| 2.5.3 各样品的主成分分析(PCA) | 第77-80页 |
| 2.5.3.1 门水平主成分分析 | 第77-78页 |
| 2.5.3.2 科水平主成分分析 | 第78-79页 |
| 2.5.3.3 属水平主成分分析 | 第79-80页 |
| 2.5.4 聚类分析 | 第80-82页 |
| 2.5.5 属水平的物种丰度聚类图 | 第82-84页 |
| 3 小结 | 第84-85页 |
| 第五章 元谋真菌种群多样性比较分析 | 第85-102页 |
| 1 实验步骤和方法 | 第85页 |
| 2 实验结果 | 第85-101页 |
| 2.1 样品的线虫数 | 第85页 |
| 2.2 OTU数目统计表 | 第85-86页 |
| 2.3 最佳分类水平 | 第86-87页 |
| 2.4 Alpha(α)多样性分析 | 第87-88页 |
| 2.4.1 Rank-abundance曲线 | 第87页 |
| 2.4.2 稀释曲线 | 第87-88页 |
| 2.5 样品间多样性分析 | 第88-101页 |
| 2.5.1 样品间共有菌种 | 第88-89页 |
| 2.5.2 样品中优势菌种和差异比较 | 第89-96页 |
| 2.5.2.1 门水平各样品优势菌种 | 第89-90页 |
| 2.5.2.2 门水平各样品优势菌种差异比较 | 第90-91页 |
| 2.5.2.3 科水平各样品优势菌种 | 第91-92页 |
| 2.5.2.4 科水平各样品优势菌种差异比较 | 第92-93页 |
| 2.5.2.5 属水平各样品优势菌种 | 第93-95页 |
| 2.5.2.6 属水平各样品优势菌种差异比较 | 第95-96页 |
| 2.5.3 各样品的主成分分析(PCA) | 第96-99页 |
| 2.5.3.1 门水平主成分分析 | 第96-97页 |
| 2.5.3.2 科水平主成分分析 | 第97-98页 |
| 2.5.3.3 属水平主成分分析 | 第98-99页 |
| 2.5.4 聚类分析 | 第99-100页 |
| 2.5.5 属水平的物种丰度聚类图 | 第100-101页 |
| 3 小结 | 第101-102页 |
| 第六章 土壤微生物的分离纯化以及线虫生测 | 第102-117页 |
| 1 实验材料 | 第102页 |
| 1.1 土壤样品的收集 | 第102页 |
| 1.2 实验用菌和线虫种类 | 第102页 |
| 2 主要试剂、所用培养基和缓冲液 | 第102-103页 |
| 2.1 主要试剂 | 第102-103页 |
| 2.1.1 生化试剂 | 第102页 |
| 2.1.2 分子试剂与试剂盒 | 第102-103页 |
| 2.2 实验用培养基和缓冲液 | 第103页 |
| 3 实验过程和方法 | 第103-109页 |
| 3.1 采用等比平板稀释法制备土壤样品稀释液 | 第103-104页 |
| 3.2 单菌落的挑取及纯化 | 第104-105页 |
| 3.3 细菌基因组的提取 | 第105页 |
| 3.4 真菌基因组的提取 | 第105页 |
| 3.5 放线菌基因组的提取(酶裂解法) | 第105-106页 |
| 3.6 16S rDNA的扩增 | 第106页 |
| 3.7 真菌DNA的扩增 | 第106-107页 |
| 3.8 放线菌DNA的扩增 | 第107页 |
| 3.9 南方根结线虫的培养和孵化 | 第107-108页 |
| 3.10 菌株的杀线虫活力测定 | 第108-109页 |
| 3.10.1 细菌南方根结线虫的校正致死率测定 | 第108页 |
| 3.10.2 真菌南方根结线虫的校正致死率测定 | 第108-109页 |
| 3.10.3 放线菌南方根结线虫的校正致死率测定 | 第109页 |
| 3.10.4 线虫校正致死率的计算 | 第109页 |
| 4 实验结果 | 第109-115页 |
| 4.1 生测结果 | 第109-111页 |
| 4.2 真菌种类 | 第111-112页 |
| 4.3 放线菌种类 | 第112-113页 |
| 4.4 细菌种类 | 第113-115页 |
| 5 小结 | 第115-117页 |
| 全文总结 | 第117-119页 |
| 附录 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-128页 |
| 攻读硕士学位期间完成的科研成果 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129页 |
