| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩写词表 | 第13-14页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-24页 |
| 1.1 褐壳鸡蛋蛋壳颜色研究进展 | 第15-18页 |
| 1.1.1 褐壳鸡蛋蛋壳颜色色素成分及其结构特性 | 第15页 |
| 1.1.2 蛋壳原卟啉Ⅸ的沉积过程及来源 | 第15-16页 |
| 1.1.3 褐壳鸡蛋蛋壳颜色调控基因研究 | 第16-17页 |
| 1.1.4 影响褐壳鸡蛋蛋壳颜色深浅的主要因素 | 第17-18页 |
| 1.1.5 蛋壳颜色深浅与孵化率 | 第18页 |
| 1.2 血红素生物合成通路 | 第18-19页 |
| 1.3 转录组学与转录组 | 第19-21页 |
| 1.3.1 转录组学与转录组概述 | 第19-20页 |
| 1.3.2 RNA-Seq技术简介 | 第20页 |
| 1.3.3 RNA-Seq技术在家禽中的应用 | 第20-21页 |
| 1.4 蛋白质组学与蛋白质组 | 第21-24页 |
| 1.4.1 蛋白质组与蛋白质组学概述 | 第21页 |
| 1.4.2 蛋白质组研究技术方法 | 第21-23页 |
| 1.4.3 蛋白质组在家禽中的应用 | 第23-24页 |
| 第二章 褐壳鸡蛋蛋壳原卟啉Ⅸ来源分析 | 第24-37页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第24页 |
| 2.1.2 主要试验仪器 | 第24-25页 |
| 2.1.3 试验试剂及溶液配制 | 第25页 |
| 2.2 试验方法 | 第25-31页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第25页 |
| 2.2.2 原卟啉Ⅸ标准品标准曲线的建立 | 第25-26页 |
| 2.2.3 组织原卟啉Ⅸ提取及含量测定 | 第26页 |
| 2.2.4 引物设计与合成 | 第26-27页 |
| 2.2.5 组织总RNA提取(离心柱试剂盒法) | 第27页 |
| 2.2.6 总RNA质量检测 | 第27-28页 |
| 2.2.7 cDNA第一条链制备及检测 | 第28-29页 |
| 2.2.8 荧光定量PCR | 第29-31页 |
| 2.3 统计方法 | 第31-32页 |
| 2.4 试验结果与分析 | 第32-36页 |
| 2.4.1 两组蛋壳颜色测定值 | 第32页 |
| 2.4.2 原卟啉Ⅸ标准品标准曲线 | 第32-33页 |
| 2.4.3 不同组织原卟啉Ⅸ含量 | 第33-34页 |
| 2.4.4 总RNA质量检测结果 | 第34页 |
| 2.4.5 cDNA质量检测 | 第34页 |
| 2.4.6 候选基因荧光定量PCR结果 | 第34-36页 |
| 2.5 讨论 | 第36-37页 |
| 第三章 蛋壳腺组织转录组分析 | 第37-53页 |
| 3.1 试验材料 | 第37页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第37页 |
| 3.1.2 主要试验仪器及试剂 | 第37页 |
| 3.2 试验方法 | 第37-40页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第37-38页 |
| 3.2.2 总RNA提取 | 第38页 |
| 3.2.3 RNA高通量测序 | 第38-39页 |
| 3.2.4 测序数据分析 | 第39页 |
| 3.2.5 差异表达基因验证 | 第39-40页 |
| 3.3 试验结果 | 第40-51页 |
| 3.3.1 蛋壳品质结果 | 第40-41页 |
| 3.3.2 RNA质量检测结果 | 第41页 |
| 3.3.3 碱基组成及质量分析 | 第41-44页 |
| 3.3.4 样品测序随机性评估 | 第44-45页 |
| 3.3.5 reads比对到参考基因组及参考基因结果 | 第45页 |
| 3.3.6 深褐壳组和浅褐壳组蛋壳腺差异表达基因筛选 | 第45-46页 |
| 3.3.7 差异表达基因功能分析及pathway分析 | 第46-48页 |
| 3.3.8 荧光定量PCR验证结果 | 第48-51页 |
| 3.4 讨论 | 第51-53页 |
| 第四章 褐壳蛋鸡蛋壳腺组织蛋白质组研究 | 第53-77页 |
| 4.1 试验材料与方法 | 第53-57页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第53页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第53-57页 |
| 4.1.3 数据信息分析 | 第57页 |
| 4.2 试验结果 | 第57-74页 |
| 4.2.1 标准曲线及样品蛋白质浓度 | 第57-58页 |
| 4.2.2 SDS检测胶图 | 第58-59页 |
| 4.2.3 肽段匹配误差分布 | 第59-60页 |
| 4.2.4 鉴定结果统计 | 第60-61页 |
| 4.2.5 蛋白质相对分子质量分布 | 第61页 |
| 4.2.6 肽段序列长度分布 | 第61-62页 |
| 4.2.7 肽段序列覆盖度 | 第62页 |
| 4.2.8 Unique肽段数量分布 | 第62-63页 |
| 4.2.9 蛋白质丰度比分布 | 第63-64页 |
| 4.2.10 筛选差异蛋白 | 第64页 |
| 4.2.11 鉴定蛋白GO注释 | 第64-66页 |
| 4.2.12 鉴定蛋白质COG注释 | 第66页 |
| 4.2.13 鉴定蛋白质代谢通路注释 | 第66-67页 |
| 4.2.14 差异蛋白的GO富集分析 | 第67-73页 |
| 4.2.15 差异蛋白的Pathway富集分析 | 第73-74页 |
| 4.3 讨论 | 第74-77页 |
| 第五章 转录组与蛋白质组联合分析 | 第77-88页 |
| 5.1 蛋白质组与转录组关联数量关系 | 第77页 |
| 5.2 转录组与蛋白质组相关性分析 | 第77-83页 |
| 5.3 讨论 | 第83-88页 |
| 第六章 小结 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 个人简介 | 第101-102页 |
| 附表 | 第102-106页 |
