| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 中英文缩略表 | 第7-11页 |
| 1 前言 | 第11-18页 |
| 1.1 禽流感病毒简介 | 第11-12页 |
| 1.1.1 禽流感病毒的结构与分类 | 第11页 |
| 1.1.2 H9N2 AIV的共感染 | 第11-12页 |
| 1.2 肠道微生物菌群的研究 | 第12-17页 |
| 1.2.1 肠道微生物菌群与宿主健康息息相关。 | 第12-14页 |
| 1.2.1.1 肠道微生物与宿主的肠道生理结构和功能 | 第12-13页 |
| 1.2.1.2 肠道微生物与宿主的物质代谢 | 第13页 |
| 1.2.1.3 肠道微生物与宿主免疫调节 | 第13-14页 |
| 1.2.1.4 肠道微生物与宿主的异物代谢 | 第14页 |
| 1.2.2 肠道微生物菌群与宿主疾病的研究 | 第14-16页 |
| 1.2.2.1 肠道微生物与全身代谢疾病 | 第14-15页 |
| 1.2.2.2 肠道微生物与肠易激综合征 | 第15-16页 |
| 1.2.3 宏基因组高通量测序的研究与应用 | 第16-17页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第17-18页 |
| 2 试验材料与方法 | 第18-27页 |
| 2.1 试验材料 | 第18-21页 |
| 2.1.1 毒株 | 第18页 |
| 2.1.2 SPF鸡胚和SPF鸡 | 第18页 |
| 2.1.3 引物 | 第18-20页 |
| 2.1.3.1 测序引物 | 第18-19页 |
| 2.1.3.2 荧光定量引物 | 第19-20页 |
| 2.1.4 菌种与质粒 | 第20页 |
| 2.1.5 标准阳性血清与抗原 | 第20页 |
| 2.1.6 主要试剂及配制 | 第20-21页 |
| 2.1.7 酶及其他试剂、试剂盒 | 第21页 |
| 2.1.8 主要仪器设备 | 第21页 |
| 2.2 方法 | 第21-27页 |
| 2.2.1 H9N2 AIV的纯化与HA基因序列分析 | 第21-24页 |
| 2.2.1.1 病毒的纯化及保存 | 第21-22页 |
| 2.2.1.2 病毒EID50的测定 | 第22页 |
| 2.2.1.3 H9N2 AIV HA基因的克隆、测序及分析 | 第22-24页 |
| 2.2.2 动物实验 | 第24-25页 |
| 2.2.2.1 动物饲养、攻毒 | 第24页 |
| 2.2.2.2 样品采集 | 第24-25页 |
| 2.2.2.3 排毒检测 | 第25页 |
| 2.2.2.4 样品处理 | 第25页 |
| 2.2.3 Illumina宏基因组测序 | 第25-26页 |
| 2.2.4 绝对荧光定量PCR | 第26-27页 |
| 2.2.4.1 标准质粒的构建 | 第26页 |
| 2.2.4.2 标准曲线的构建 | 第26-27页 |
| 2.2.4.3 绝对荧光定量PCR反应 | 第27页 |
| 2.2.5 相对荧光定量PCR | 第27页 |
| 2.2.6 数据分析 | 第27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-50页 |
| 3.1 H9N2 AIV病毒毒价的测定与HA基因序列分析 | 第27-30页 |
| 3.1.1 H9N2 AIV病毒毒价的测定结果 | 第27页 |
| 3.1.2 HA基因遗传进化分析 | 第27-28页 |
| 3.1.3 HA基因同源性分析 | 第28-30页 |
| 3.2 排毒检测 | 第30页 |
| 3.3 H9N2 AIV对肉鸡肠道菌群影响的宏基因组测序分析 | 第30-47页 |
| 3.3.1 回肠粘膜菌群序列样品深度分析 | 第30页 |
| 3.3.2 回肠粘膜菌群OTU Venn图的分析 | 第30-32页 |
| 3.3.3 回肠粘膜菌群物种及其丰度分析 | 第32-39页 |
| 3.3.3.1 回肠粘膜菌群物种多样性指数分析 | 第32-33页 |
| 3.3.3.2 回肠粘膜菌群物种结构组成变化分析 | 第33-37页 |
| 3.3.3.3 H9N2 AIV对鸡回肠粘膜菌群结构的影响 | 第37-39页 |
| 3.3.4 盲肠粘膜中菌群OTU及其丰度分析 | 第39-41页 |
| 3.3.4.1 盲肠粘膜菌群序列样品深度分析 | 第39页 |
| 3.3.4.2 盲肠粘膜菌群OTU Venn图的分析 | 第39-41页 |
| 3.3.5 盲肠粘膜菌群物种及其丰度分析 | 第41-47页 |
| 3.3.5.1 盲肠粘膜菌群物种多样性指数分析 | 第41-42页 |
| 3.3.5.2 盲肠粘膜群落结构变化 | 第42-45页 |
| 3.3.5.3 H9N2 AIV对鸡盲肠粘膜菌群物种结构的影响 | 第45-47页 |
| 3.4 qPCR检测肠道内埃希氏菌属的变化 | 第47-48页 |
| 3.5 H9N2 AIV对肉鸡肠道紧密连接的影响 | 第48-50页 |
| 3.5.1 回肠形态结构HE染色结果 | 第48-49页 |
| 3.5.2 肠道粘膜结构蛋白mRNA的表达量变化 | 第49-50页 |
| 4 讨论 | 第50-56页 |
| 4.1 H9N2 AIV流行情况 | 第50-51页 |
| 4.2 感染H9N2 AIV的肉鸡肠道菌群的宏基因组测序分析 | 第51-54页 |
| 4.3 H9N2 AIV对肉鸡肠道紧密连接功能的影响 | 第54-55页 |
| 4.4 结论 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-64页 |
