| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第15-38页 |
| 1.1 赖氨酸酰化修饰概述 | 第15-21页 |
| 1.1.1 乙酰-CoA和赖氨酸乙酰化修饰 | 第15-18页 |
| 1.1.2 赖氨酸非乙酰化酰基化修饰 | 第18-20页 |
| 1.1.3 蛋白酰化机制与去酰化机制 | 第20-21页 |
| 1.2 原核生物赖氨酸酰化修饰概述 | 第21-25页 |
| 1.2.1 原核生物乙酰化与其他非乙酰化酰基化修饰 | 第21-23页 |
| 1.2.2 原核生物酰化修饰影响多种蛋白功能 | 第23页 |
| 1.2.3 原核生物的赖氨酸酰化机制与去酰化机制 | 第23-25页 |
| 1.3 酰基CoA浓度直接影响了酰化修饰的水平 | 第25-26页 |
| 1.4 原核生物的酰基CoA是多种生物体内代谢产物的合成前体 | 第26-36页 |
| 1.4.1 酰基CoA是聚酮类物质的前体 | 第26-29页 |
| 1.4.2 酰基CoA是生物碱类物质的前体 | 第29-31页 |
| 1.4.3 酰基CoA是生物能源类物质的前体 | 第31-34页 |
| 1.4.4 酰基CoA前体供应提高促进产物产量增加 | 第34-36页 |
| 1.5 本课题的研究目的与意义 | 第36-38页 |
| 第2章 S.erythraea菌赖氨酸丙二酰化组及其生理功能 | 第38-69页 |
| 2.1 引言 | 第38-39页 |
| 2.2 实验原理 | 第39页 |
| 2.3 实验材料 | 第39-43页 |
| 2.3.1 菌种和质粒 | 第39-40页 |
| 2.3.2 实验试剂 | 第40-41页 |
| 2.3.3 实验仪器 | 第41-42页 |
| 2.3.4 培养基及溶液 | 第42-43页 |
| 2.4 实验方法 | 第43-52页 |
| 2.4.1 蛋白电泳及Western blot | 第43-44页 |
| 2.4.2 定性赖氨酸丙二酰化组学实验 | 第44-46页 |
| 2.4.3 生物信息学分析 | 第46页 |
| 2.4.4 定性丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸/组氨酸磷酸化实验 | 第46-47页 |
| 2.4.5 定量蛋白丙二酰化组学实验 | 第47-49页 |
| 2.4.6 重组质粒的构建 | 第49-50页 |
| 2.4.7 蛋白定点突变实验 | 第50页 |
| 2.4.8 重组蛋白的表达与纯化 | 第50-51页 |
| 2.4.9 丙二酰化蛋白的酶活测定 | 第51页 |
| 2.4.10 S.erythraea菌和S.coelicolor菌培养及蛋白提取 | 第51页 |
| 2.4.11 S.coelicolor菌中十一烷基灵菌红素的测定 | 第51-52页 |
| 2.4.12 HPLC测红霉素 | 第52页 |
| 2.4.13 HPLC测酰基CoA小分子 | 第52页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第52-67页 |
| 2.5.1 S.erythraea菌Lys酰化修饰组和S/T/Y/H磷酸化组的比较 | 第52-58页 |
| 2.5.2 S.erythraea菌的赖氨酸丙二酰化蛋白GO分析及KEGG分析 | 第58-61页 |
| 2.5.3 S.erythraea菌的赖氨酸丙二酰化影响蛋白功能 | 第61-64页 |
| 2.5.4 S.erythraea菌在对数生长期和稳定期的定量蛋白丙二酰化组学研究 | 第64-65页 |
| 2.5.5 丙二酰-CoA动态变化与蛋白丙二酰化修饰的关系 | 第65-67页 |
| 2.6 本章小结 | 第67-69页 |
| 第3章 蛋白酰基化反馈调控机制对红霉素合成的影响 | 第69-90页 |
| 3.1 引言 | 第69-71页 |
| 3.2 实验原理 | 第71页 |
| 3.3 实验材料 | 第71-75页 |
| 3.3.1 菌种和质粒 | 第71页 |
| 3.3.2 实验试剂 | 第71-73页 |
| 3.3.3 实验仪器 | 第73-74页 |
| 3.3.4 培养基及溶液 | 第74-75页 |
| 3.4 实验方法 | 第75-77页 |
| 3.4.1 S.erythraea菌培养 | 第75页 |
| 3.4.2 S.erythraea菌蛋白提取 | 第75页 |
| 3.4.3 S.erythraea菌全蛋白Western blot分析 | 第75页 |
| 3.4.4 S.erythraea野生菌及高产菌定量酰化组学 | 第75-76页 |
| 3.4.5 HPLC测酰基CoA小分子 | 第76页 |
| 3.4.6 HPLC测红霉素 | 第76页 |
| 3.4.7 HPLC测S-腺苷甲硫氨酸(SAM)的量 | 第76页 |
| 3.4.8 重组质粒的构建 | 第76页 |
| 3.4.9 重组质粒的点突变 | 第76-77页 |
| 3.4.10 重组蛋白的表达与纯化 | 第77页 |
| 3.4.11 蛋白酶活性的测定 | 第77页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第77-88页 |
| 3.5.1 S.erythraea菌WT菌和E3高产菌蛋白丙酰化修饰差异及其原因 | 第77-79页 |
| 3.5.2 赖氨酸丙酰化修饰影响S.erythraea WT菌丙酰-CoA合成途径 | 第79-84页 |
| 3.5.3 蛋白丙酰化影响工业生产过程中红霉素的产量 | 第84-87页 |
| 3.5.4 S.erythraea高产菌去酰基化酶的过表达缓解蛋白丙酰化抑制效应 | 第87-88页 |
| 3.6 本章小结 | 第88-90页 |
| 第4章 蛋白酰化调控存在于多种以酰基-CoA为前体的产物合成中 | 第90-113页 |
| 4.1 引言 | 第90-91页 |
| 4.2 实验原理 | 第91-92页 |
| 4.3 实验材料 | 第92-95页 |
| 4.3.1 菌种和质粒 | 第92页 |
| 4.3.2 实验试剂 | 第92-93页 |
| 4.3.3 实验仪器 | 第93-94页 |
| 4.3.4 培养基及溶液 | 第94-95页 |
| 4.4 实验方法 | 第95-98页 |
| 4.4.1 S.coelicolor,C.acetobutylicum菌以及E.coli菌的培养 | 第95-96页 |
| 4.4.2 S.coelicolor菌,C.acetobutylicum菌以及E.coli菌的蛋白提取 | 第96页 |
| 4.4.3 S.coelicolor菌,C.acetobutylicum菌以及E.coli菌的Western blot分析 | 第96页 |
| 4.4.4 定量赖氨酸丁酰化组学 | 第96页 |
| 4.4.5 单个蛋白赖氨酸丙二酰化修饰定性及定量分析 | 第96-97页 |
| 4.4.6 S.coelicolor菌中十一烷基灵菌红素的测定 | 第97页 |
| 4.4.7 C.acetobutylicum菌醇产量测定 | 第97页 |
| 4.4.8 E.coli菌中赤松素产量及肉桂酸产量的测定 | 第97页 |
| 4.4.9 重组质粒的点突变 | 第97-98页 |
| 4.5 结果与讨论 | 第98-110页 |
| 4.5.1 S.coelicolor菌中蛋白丙二酰化对灵菌红素合成的影响 | 第98-100页 |
| 4.5.2 C.acetobutylicum菌中蛋白丁酰化对丁醇合成的影响 | 第100-104页 |
| 4.5.3 人工构建的E.coli细胞工厂中的蛋白丙二酰化对赤松素合成的影响 | 第104-109页 |
| 4.5.4 修饰位点改造缓解赤松素生物合成途径的蛋白丙二酰化抑制效应 | 第109-110页 |
| 4.6 本章小结 | 第110-113页 |
| 第5章 基于代谢物变构调控的乙酰转移酶功能研究 | 第113-130页 |
| 5.1 引言 | 第113-114页 |
| 5.2 实验原理 | 第114页 |
| 5.3 实验材料 | 第114-117页 |
| 5.3.1 菌种和质粒 | 第114页 |
| 5.3.2 实验试剂 | 第114-115页 |
| 5.3.3 实验仪器 | 第115-116页 |
| 5.3.4 培养基及溶液 | 第116-117页 |
| 5.4 实验方法 | 第117-118页 |
| 5.4.1 重组质粒的构建 | 第117页 |
| 5.4.2 重组质粒的点突变 | 第117-118页 |
| 5.4.3 重组蛋白的表达与纯化 | 第118页 |
| 5.4.4 酶催化的蛋白乙酰化反应 | 第118页 |
| 5.4.5 乙酰-CoA合成酶的活性分析 | 第118页 |
| 5.4.6 乙酰转移酶的活性分析 | 第118页 |
| 5.4.7 MaAcs的Western blot分析 | 第118页 |
| 5.4.8 荧光共振能量转移用于氨基酸的筛选 | 第118页 |
| 5.5 结果与讨论 | 第118-128页 |
| 5.5.1 放线菌中一类含有ACT结构域和GNAT结构域的乙酰转移酶 | 第118-122页 |
| 5.5.2 MaKat可以受到Arg和Cys的变构调控 | 第122-125页 |
| 5.5.3 Arg和Cys正调控MaKat的活性以提高底物MaAcs的乙酰化水平 | 第125-127页 |
| 5.5.4 ACT结构域中与Arg和Cys结合密切相关的氨基酸探究 | 第127-128页 |
| 5.6 本章小结 | 第128-130页 |
| 第6章 总结与展望 | 第130-134页 |
| 参考文献 | 第134-148页 |
| 附录1 | 第148-151页 |
| 附录2 | 第151-156页 |
| 附录3 | 第156-160页 |
| 附录4 | 第160-171页 |
| 附录5 | 第171-178页 |
| 附录6 | 第178-181页 |
| 附录7 | 第181-199页 |
| 附录8 | 第199-200页 |
| 致谢 | 第200-201页 |
