| 摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 前言 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-23页 |
| 1.1 影响植物开花的五种途径 | 第14-16页 |
| 1.1.1 光周期途径与生物钟 | 第14-15页 |
| 1.1.2 自主成花途径 | 第15页 |
| 1.1.3 赤霉素途 | 第15页 |
| 1.1.4 年龄途径 | 第15页 |
| 1.1.5 春化途径 | 第15-16页 |
| 1.2 开花信号网络的整合 | 第16-17页 |
| 1.3 春化分子机制的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.3.1 春化相关基因 | 第17-18页 |
| 1.3.2 非编码RNA对植物春化的影响 | 第18-19页 |
| 1.4 转录组测序技术的研究进展及应用 | 第19-20页 |
| 1.4.1 转录组测序 | 第19页 |
| 1.4.2 转录组测序技术在蔬菜学上的应用 | 第19-20页 |
| 1.5 植物春化作用与DNA甲基化的联系 | 第20-23页 |
| 1.5.1 DNA甲基化类型 | 第20页 |
| 1.5.2 DNA甲基化检测方法 | 第20-21页 |
| 1.5.3 DNA甲基化与春化作用 | 第21-23页 |
| 第二章 大白菜春化种子转录组分析 | 第23-36页 |
| 2.1 试验材料与用具 | 第23页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第23页 |
| 2.1.2 试剂和用具 | 第23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-25页 |
| 2.2.1 种子处理 | 第23页 |
| 2.2.2 样品总RNA的提取与检测 | 第23-24页 |
| 2.2.3 测序文库的构建及转录组测序 | 第24页 |
| 2.2.4 大白菜种子春化差异基因的比较分析 | 第24页 |
| 2.2.5 差异基因的GO和KEGG分析 | 第24-25页 |
| 2.3 结果与分析 | 第25-35页 |
| 2.3.1 大白菜'FT'种子不同春化处理时间对抽薹影响 | 第25页 |
| 2.3.2 测序质量评估 | 第25-27页 |
| 2.3.3 与参考基因组的比对 | 第27-28页 |
| 2.3.4 与参考基因的比对 | 第28-29页 |
| 2.3.5 reads在参考基因上的分布 | 第29页 |
| 2.3.6 春化与非春化样品基因覆盖度的统计分析 | 第29-30页 |
| 2.3.7 差异基因筛选与分析 | 第30-32页 |
| 2.3.8 Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第32-34页 |
| 2.3.9 与春化开花相关的富集分析 | 第34页 |
| 2.3.10 KEGG Pathway显著性富集分析 | 第34-35页 |
| 2.4 讨论与小结 | 第35-36页 |
| 第三章 大白菜春化种子全基因组甲基化分析 | 第36-45页 |
| 3.1 试验材料 | 第36页 |
| 3.2 实验方法 | 第36-37页 |
| 3.2.1 种子处理 | 第36页 |
| 3.2.2 DNA的提取及检测 | 第36-37页 |
| 3.2.3 亚硫酸盐测序分析 | 第37页 |
| 3.2.4 甲基化水平计算 | 第37页 |
| 3.2.5 甲基化区域的检测 | 第37页 |
| 3.2.6 甲基化水平程度差异 | 第37页 |
| 3.3 结果与分析 | 第37-44页 |
| 3.3.1 数据质量分析 | 第37-38页 |
| 3.3.2 全基因组甲基化水平分析 | 第38页 |
| 3.3.3 mCG、mCHG和mCHH甲基化水平分析 | 第38-40页 |
| 3.3.4 基因组不同转录元件间的DNA平均甲基化水平分析 | 第40页 |
| 3.3.5 甲基化的CG、CHG和CHH附近碱基的序列特征分析 | 第40-42页 |
| 3.3.6 甲基化差异区域(DMRs)分析 | 第42页 |
| 3.3.7 DMGs GO富集和KEGG Pathway分析 | 第42-44页 |
| 3.4 讨论与小结 | 第44-45页 |
| 第四章 大白菜春化种子转录组与甲基化数据结合分析 | 第45-52页 |
| 4.1 实验方法 | 第45页 |
| 4.1.1 转录组与甲基化差异基因结合分析 | 第45页 |
| 4.1.2 相关基因的荧光定量PCR验证 | 第45页 |
| 4.2 结果分析 | 第45-51页 |
| 4.2.1 差异表达基因与甲基化差异表达基因关联性分析 | 第45-49页 |
| 4.2.2 荧光定量PCR鉴定分析 | 第49-51页 |
| 4.3 小结 | 第51-52页 |
| 讨论 | 第52-55页 |
| 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-66页 |
| 附录 | 第66-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
