| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第8-18页 |
| 1.1 引言 | 第8页 |
| 1.2 测序技术的诞生与“人类基因组计划” | 第8-9页 |
| 1.3 高通量测序技术问世 | 第9-13页 |
| 1.3.1 高通量测序技术的诞生 | 第10-11页 |
| 1.3.2 第三代测序技术 | 第11页 |
| 1.3.3 各类测序技术间的比较 | 第11-13页 |
| 1.4 高通量测序技术的应用与千人基因组计划 | 第13-15页 |
| 1.4.1 全基因组测序 | 第13-14页 |
| 1.4.2 宏基因组测序 | 第14页 |
| 1.4.3 研究DNA和蛋白质的相互作用 | 第14页 |
| 1.4.4 “千人基因组计划” | 第14-15页 |
| 1.5 高通量测序目前存在的问题 | 第15页 |
| 1.6 课题的研究的意义与内容 | 第15-16页 |
| 1.6.1 课题背景及意义 | 第15-16页 |
| 1.6.2 课题研究内容 | 第16页 |
| 1.7 论文章节安排 | 第16-17页 |
| 1.8 本章小结 | 第17-18页 |
| 第二章 高通量测序的偏差及现行解决方案 | 第18-24页 |
| 2.1 高通量测序的偏差分类 | 第18-22页 |
| 2.1.1 不完善的化学反应引入的偏差 | 第18-20页 |
| 2.1.2 采用光学检测而带来的偏差 | 第20-22页 |
| 2.2 现行的碱基识别工具 | 第22-23页 |
| 2.3 本章小结 | 第23-24页 |
| 第三章 AG-100测序平台的误差模型分析及碱基识别方案研究 | 第24-35页 |
| 3.1 引言 | 第24页 |
| 3.2 荧光光谱串扰的校正思想 | 第24-29页 |
| 3.2.1 串扰模型 | 第24-25页 |
| 3.2.2 串扰矩阵分析 | 第25-28页 |
| 3.2.3 串扰校正流程 | 第28-29页 |
| 3.3 相位偏移校正 | 第29-31页 |
| 3.3.1 基于连接法测序的相位偏移处理 | 第29-30页 |
| 3.3.2 相位偏移处理的基本过程 | 第30-31页 |
| 3.4 AGNGS碱基识别软件 | 第31-34页 |
| 3.5 本章小结 | 第34-35页 |
| 第四章 两核苷酸同时合成DNA测序的解码方案研究 | 第35-52页 |
| 4.1 引言 | 第35页 |
| 4.2 两核苷酸同时合成DNA测序技术 | 第35-40页 |
| 4.2.1 两核苷酸同时合成DNA测序原理 | 第35-36页 |
| 4.2.2 两核苷酸同时合成DNA测序技术特点分析 | 第36-40页 |
| 4.2.3 解码方案相关术语 | 第40页 |
| 4.3 基于两组编码序列信息的解码方案 | 第40-42页 |
| 4.4 基于三组编码序列信息的解码方案的初步研究 | 第42-50页 |
| 4.4.1 无测序错误下基于三组编码序列信息的解码方案 | 第42-43页 |
| 4.4.2 存在测序错误下基于三组编码序列信息的解码方案 | 第43-50页 |
| 4.5 本章小结 | 第50-52页 |
| 第五章 总结与展望 | 第52-54页 |
| 5.1 工作总结 | 第52-53页 |
| 5.2 展望 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-58页 |
| 附录A AGNGS软件说明 | 第58-60页 |
| 附录B 解码测序、454、Illumina三大平台每序列平均拍照次数模拟试验 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 作者简介 | 第63页 |
