| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-17页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-13页 |
| 1.2 研究现状 | 第13-14页 |
| 1.3 研究的内容 | 第14-15页 |
| 1.4 论文的组织 | 第15-17页 |
| 第二章 基于De Bruijn图的基因拼接算法 | 第17-26页 |
| 2.1 De Bruijn图的特点与长处 | 第17页 |
| 2.2 De Bruijn图的原理 | 第17-18页 |
| 2.3 基因拼接的流程 | 第18-22页 |
| 2.3.1 De Bruijn图的简化 | 第21-22页 |
| 2.4 相关拼接技术分析 | 第22-25页 |
| 2.4.1 Velvet拼接技术 | 第22页 |
| 2.4.2 ABYSS拼接技术 | 第22-23页 |
| 2.4.3 PASHA拼接技术 | 第23-25页 |
| 2.5 本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 动态哈希在算法中的使用 | 第26-34页 |
| 3.1 哈希技术的原理 | 第26-28页 |
| 3.1.1 处理冲突的方法 | 第26-28页 |
| 3.1.2 动态哈希 | 第28页 |
| 3.2 算法中的哈希函数 | 第28-33页 |
| 3.2.1 哈希表初始大小 | 第29页 |
| 3.2.2 对原始数据的变换 | 第29-30页 |
| 3.2.3 冲突处理与装填因子 | 第30-31页 |
| 3.2.4 算法中的扩展策略 | 第31-33页 |
| 3.3 本章小结 | 第33-34页 |
| 第四章 并行I/O策略与进程间通信策略 | 第34-44页 |
| 4.1 文件I/O | 第34-35页 |
| 4.2 消息传递接口MPI | 第35-36页 |
| 4.3 并行I/O策略 | 第36-39页 |
| 4.3.1 文件切分方法 | 第38-39页 |
| 4.4 进程间通信的策略 | 第39-42页 |
| 4.4.1 构建De Bruijn图进行的集合通信 | 第39-41页 |
| 4.4.2 生成scaffold进行的点到点通信 | 第41-42页 |
| 4.5 本章小结 | 第42-44页 |
| 第五章 性能比较与分析 | 第44-53页 |
| 5.1 环境设置及实验数据 | 第44-45页 |
| 5.2 性能对比 | 第45-51页 |
| 5.3 结论分析 | 第51-52页 |
| 5.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 第六章 总结与展望 | 第53-57页 |
| 6.1 工作总结 | 第53-54页 |
| 6.2 下一步工作展望 | 第54-57页 |
| 6.2.1 参考Pregel模型 | 第54-55页 |
| 6.2.2 使用协处理器 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 攻读学位期间发表的主要学术论文 | 第62-63页 |
| 附件 | 第63页 |