| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-35页 |
| 1.1 引言 | 第12-13页 |
| 1.2 植物研究中高通量测序技术的应用 | 第13-17页 |
| 1.3 丹参研究概况 | 第17-24页 |
| 1.4 穿龙薯蓣研究概况 | 第24-32页 |
| 1.5 本课题研究意义 | 第32-33页 |
| 1.6 技术路线 | 第33-35页 |
| 第二章 材料与方法 | 第35-49页 |
| 2.1 材料、试剂与设备 | 第35-37页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第35-36页 |
| 2.1.1.1 丹参材料 | 第35页 |
| 2.1.1.2 穿龙薯蓣材料 | 第35-36页 |
| 2.1.2 试剂 | 第36页 |
| 2.1.3 主要设备 | 第36-37页 |
| 2.1.4 基础数据 | 第37页 |
| 2.2 方法 | 第37-49页 |
| 2.2.1 茉莉酸甲酯诱导处理 | 第37-38页 |
| 2.2.1.1 丹参毛状根诱导处理 | 第37页 |
| 2.2.1.2 穿龙薯蓣根茎诱导处理 | 第37-38页 |
| 2.2.2 基因组大小预测及初步评估 | 第38-39页 |
| 2.2.2.1 流式细胞仪法 | 第38页 |
| 2.2.2.2 K-mer分析法 | 第38-39页 |
| 2.2.3 植物基因组DNA提取 | 第39-40页 |
| 2.2.4 植物中RNA提取 | 第40页 |
| 2.2.5 cDNA合成 | 第40-41页 |
| 2.2.6 DNA条形码鉴定 | 第41-43页 |
| 2.2.7 引物设计和荧光定量PCR | 第43-44页 |
| 2.2.8 Illumina高通量测序文库构建 | 第44-45页 |
| 2.2.8.1 DNA小片段文库构建 | 第44页 |
| 2.2.8.2 RNA文库构建 | 第44-45页 |
| 2.2.9 序列拼接组装 | 第45-46页 |
| 2.2.9.1 数据过滤质控 | 第45页 |
| 2.2.9.2 叶绿体基因组组装 | 第45-46页 |
| 2.2.9.3 转录组组装 | 第46页 |
| 2.2.10 生物信息学分析 | 第46-48页 |
| 2.2.10.1 基因差异表达分析 | 第46页 |
| 2.2.10.2 基因注释 | 第46-47页 |
| 2.2.10.3 共表达网络分析 | 第47-48页 |
| 2.2.10.4 基因预测与分析 | 第48页 |
| 2.2.11 次生代谢产物的含量测定 | 第48-49页 |
| 第三章 结果与分析 | 第49-86页 |
| 3.1 丹参酚酸生物合成途径相关基因的全基因组挖掘 | 第49-63页 |
| 3.1.1 酚酸合成相关基因鉴定 | 第49-51页 |
| 3.1.2 茉莉酸甲酯处理有效性评价 | 第51-52页 |
| 3.1.3 苯丙烷支路基因的表达分析 | 第52-57页 |
| 3.1.3.1 苯丙氨酸裂解酶基因表达 | 第52-53页 |
| 3.1.3.2 肉桂酸-4-羧化酶基因表达 | 第53-54页 |
| 3.1.3.3 4-香豆酸:辅酶A连接酶基因表法 | 第54-57页 |
| 3.1.4 酪氨酸衍生代谢支路基因的表达 | 第57-60页 |
| 3.1.4.1 酪氨酸氨基转移酶基因表达 | 第57-58页 |
| 3.1.4.2 4-羟基苯丙酮酸还原酶基因的表达 | 第58-60页 |
| 3.1.5 迷迭香酸合成酶基因的表达 | 第60-62页 |
| 3.1.6 CYP98AP450基因的表达 | 第62-63页 |
| 3.2 穿龙薯蓣的高通量测序及分析 | 第63-85页 |
| 3.2.1 穿龙薯蓣的DNA条形码鉴定 | 第63页 |
| 3.2.2 穿龙薯蓣叶绿体基因组 | 第63-66页 |
| 3.2.2.1 基本特征 | 第63-65页 |
| 3.2.2.2 超级DNA条形码分析 | 第65-66页 |
| 3.2.3 穿龙薯蓣基因组大小预测及初步评估 | 第66-69页 |
| 3.2.3.1 流式细胞仪法 | 第66-67页 |
| 3.2.3.2 K-mer分析法 | 第67-69页 |
| 3.2.4 转录组组装、注释及分析 | 第69-71页 |
| 3.2.4.1 转录组组装结果及评价 | 第69页 |
| 3.2.4.2 转录组序列的注释 | 第69-70页 |
| 3.2.4.3 组织差异表达分析及GO富集分析 | 第70-71页 |
| 3.2.5 薯蓣皂苷生物合成相关基因的挖掘分析 | 第71-85页 |
| 3.2.5.1 薯蓣皂苷生物合成途径 | 第71-73页 |
| 3.2.5.2 薯蓣皂苷生物合成相关基因 | 第73-79页 |
| 3.2.5.3 共表达网络分析 | 第79-85页 |
| 3.3 化学含量分析 | 第85-86页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第86-97页 |
| 4.1 基于基因组的丹参酚酸生物合成相关基因的挖掘 | 第86-90页 |
| 4.1.1 丙氨酸解氨酶基因 | 第86页 |
| 4.1.2 细胞色素P450基因 | 第86-87页 |
| 4.1.3 4-香豆酸：辅酶A连接酶基因 | 第87-88页 |
| 4.1.4 酪氨酸衍生支路基因 | 第88-89页 |
| 4.1.5 迷迭香酸合酶基因 | 第89页 |
| 4.1.6 结论 | 第89-90页 |
| 4.2 穿龙薯蓣薯蓣皂苷生物合成途径基因挖掘与分析 | 第90-97页 |
| 4.2.1 穿龙薯蓣材料的分子鉴定 | 第90页 |
| 4.2.2 穿龙薯蓣基因大小及复杂度评估 | 第90-91页 |
| 4.2.3 穿龙薯蓣转录组分析 | 第91-92页 |
| 4.2.4 薯蓣皂苷生物合成途径推测 | 第92页 |
| 4.2.5 薯蓣皂苷生物合成相关基因分析 | 第92-94页 |
| 4.2.6 共表达网络分析 | 第94页 |
| 4.2.7 结论 | 第94-97页 |
| 附录 | 第97-119页 |
| 附录Ⅰ 6,7-V培养基配方 | 第97-98页 |
| 附录Ⅱ 荧光定量PCR所用特异性引物 | 第98-100页 |
| 附录Ⅲ 用于基因挖掘所用序列 | 第100-104页 |
| 附录Ⅳ 化学含量测定分析相关标准曲线 | 第104-105页 |
| 附录Ⅴ 酚酸生物合成相关基因家族成员多序列比对分析 | 第105-110页 |
| 附录Ⅵ 基因启动子区域的顺式作用调控元件列表 | 第110-119页 |
| 参考文献 | 第119-143页 |
| 作者简历 | 第143-145页 |
| 致谢 | 第145页 |
