| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 新一代测序技术在转录本上的应用 | 第11-17页 |
| 1.1.1 RNA-seq技术简介 | 第11-12页 |
| 1.1.2 RNA-seq技术原理及优势 | 第12-13页 |
| 1.1.3 新一代测序技术数据分析 | 第13-15页 |
| 1.1.4 新一代测序技术的应用 | 第15-17页 |
| 1.2 调控网络的生物信息方法 | 第17-22页 |
| 1.2.1 生物网络的简介 | 第17-18页 |
| 1.2.2 生物网络的模型 | 第18-20页 |
| 1.2.3 生物网络的分析 | 第20-22页 |
| 第二章 数据和方法 | 第22-38页 |
| 2.1 大鼠实验室数据 | 第22-24页 |
| 2.1.1 大鼠数据收集 | 第22-23页 |
| 2.1.2 数据处理 | 第23-24页 |
| 2.2 转录因子收集 | 第24-27页 |
| 2.2.1 转录因子数据库 | 第25-26页 |
| 2.2.2 转录因子数据收集 | 第26-27页 |
| 2.3 数据处理方法 | 第27-38页 |
| 2.3.1 差异表达分析 | 第27-28页 |
| 2.3.2 主成分分析 | 第28-29页 |
| 2.3.3 相关性分析 | 第29-32页 |
| 2.3.4 生物功能富集分析 | 第32-34页 |
| 2.3.5 聚类分析 | 第34-36页 |
| 2.3.6 转录因子调控分析 | 第36-38页 |
| 第三章 基于RNA-seq的大鼠11个组织在4个不同发育时期的全景图 | 第38-60页 |
| 3.1 组织在不同发育时期的基因及转录本表达全貌 | 第39-46页 |
| 3.1.1 数据质量检测 | 第39-40页 |
| 3.1.2 组织间基因表达模式比较 | 第40-41页 |
| 3.1.3 组织基因表达个数及管家基因预测 | 第41-45页 |
| 3.1.4 各组织差异转录本分析 | 第45-46页 |
| 3.2 大鼠组织功能上的异同分析 | 第46-52页 |
| 3.2.1 组织差异表达基因及功能关联网络 | 第46-50页 |
| 3.2.2 组织中的基因共表达网络 | 第50-52页 |
| 3.3 组织中衰老和性别差异 | 第52-56页 |
| 3.4 幼儿时期组织发育的转录调控网络的构建 | 第56-60页 |
| 第四章 总结 | 第60-62页 |
| 附录 | 第62-71页 |
| 附录一 幼儿时期心脏的转录调控关系 | 第62-69页 |
| 附录二 模糊C均值法及聚类质量评估R语言代码集成函数 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-74页 |
| 后记 | 第74-75页 |