基于信息整合方法系统分析拟南芥基因与表型的关联
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 第1章 引言 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景 | 第11-12页 |
| 1.1.1 拟南芥生物学特性 | 第11页 |
| 1.1.2 拟南芥基因组及其注释 | 第11-12页 |
| 1.2 相关研究进展 | 第12-15页 |
| 1.2.1 表型描述现状 | 第12-13页 |
| 1.2.2 生物网络研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2.3 基因-表型关系预测现状 | 第14-15页 |
| 1.3 研究内容 | 第15-17页 |
| 第2章 数据收集和生物信息学方法 | 第17-28页 |
| 2.1 拟南芥突变体数据收集 | 第17-18页 |
| 2.2 突变体表型信息数据存储标准 | 第18-19页 |
| 2.3 拟南芥基因表达谱芯片 | 第19-20页 |
| 2.3.1 基因表达谱芯片技术 | 第19页 |
| 2.3.2 芯片数据来源 | 第19-20页 |
| 2.4 拟南芥蛋白质相互作用数据 | 第20-21页 |
| 2.4.1 蛋白质相互作用网络介绍 | 第20页 |
| 2.4.2 蛋白质相互作用信息收集 | 第20-21页 |
| 2.5 拟南芥生物学通路 | 第21页 |
| 2.6 功能注释数据 | 第21-22页 |
| 2.6.1 基因本体论 | 第21-22页 |
| 2.6.2 拟南芥基因本体论数据 | 第22页 |
| 2.7 数据量化方法 | 第22-24页 |
| 2.7.1 相互作用网络距离计算 | 第22-23页 |
| 2.7.2 最小共享生物过程计算 | 第23-24页 |
| 2.7.3 Pearson相关系数计算 | 第24页 |
| 2.8 朴素贝叶斯分类法 | 第24-26页 |
| 2.9 基因功能富集分析 | 第26-27页 |
| 2.10 基因/表型网络构建方法 | 第27-28页 |
| 第3章 拟南芥突变体生物学特性 | 第28-36页 |
| 3.1 染色体分布 | 第28-29页 |
| 3.2 表型对应基因分布 | 第29页 |
| 3.3 突变基因在PPI网络中的拓扑学属性 | 第29-31页 |
| 3.4 对应相同表型的突变基因之间的功能关联 | 第31-34页 |
| 3.5 多突变体的显著特性 | 第34-36页 |
| 第4章 拟南芥表型关联网络 | 第36-41页 |
| 4.1 表型关联网络构建 | 第36-37页 |
| 4.2 表型关联网络拓扑结构关键节点分析 | 第37-38页 |
| 4.3 表型关联网络生物学分析 | 第38-41页 |
| 第5章 拟南芥基因关联网络 | 第41-46页 |
| 5.1 基因关联网络构建及模块分析 | 第41-42页 |
| 5.2 基因关联网络子网络生物学分析 | 第42-46页 |
| 第6章 讨论 | 第46-50页 |
| 6.1 拟南芥基因功能预测 | 第46-49页 |
| 6.1.1 朴素贝叶斯分类器预测新的基因表型 | 第46-47页 |
| 6.1.2 模型分类结果的验证 | 第47-49页 |
| 6.2 总结与展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录 | 第56-63页 |
| 附表一 芯片数据来源 | 第56页 |
| 附表二 “茎生叶”和“果实”共享的生物通路信息 | 第56-58页 |
| 附表三 模型特征向量相关系数 | 第58-59页 |
| 附表四 模型AUC值 | 第59-61页 |
| 附表五 基因表型的预测结果部分展示 | 第61-63页 |
| 后记 | 第63-64页 |
| 科研成果 | 第64页 |
