| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-18页 |
| 1.1 分子伴侣简介 | 第8-9页 |
| 1.2 宿主-病原体相互作用的耐酸机制 | 第9页 |
| 1.3 肠道致病菌细胞质中的耐酸机制 | 第9-10页 |
| 1.4 肠道致病菌周质空间中耐酸机制的研究进展 | 第10-14页 |
| 1.4.1 分子伴侣HdeA的保护机制 | 第10-11页 |
| 1.4.2 分子伴侣HdeA的解离 | 第11页 |
| 1.4.3 分子伴侣HdeA的底物释放机制 | 第11-13页 |
| 1.4.4 分子伴侣HdeA活性的结构基础 | 第13-14页 |
| 1.5 模拟方法简介 | 第14-16页 |
| 1.5.1 分子对接技术 | 第14-15页 |
| 1.5.2 分子动力学模拟技术 | 第15-16页 |
| 1.6 本课题的研究内容与意义 | 第16-18页 |
| 第二章 不同p H值下HdeA构象变化的分子动力学模拟 | 第18-31页 |
| 2.1 引言 | 第18-19页 |
| 2.2 理论与计算方法 | 第19-22页 |
| 2.2.1 硬件平台 | 第19页 |
| 2.2.2 软件平台 | 第19-21页 |
| 2.2.2.1 Amber简介 | 第19-21页 |
| 2.2.2.2 VMD简介 | 第21页 |
| 2.2.2.3 Pymol简介 | 第21页 |
| 2.2.3 基于GB隐式溶剂模型的CPHMD技术 | 第21-22页 |
| 2.2.4 pKa和 ΔΔG值的计算 | 第22页 |
| 2.3 试验过程 | 第22-24页 |
| 2.3.1 模拟体系的建立 | 第22-23页 |
| 2.3.2 分子动力学模拟 | 第23-24页 |
| 2.4 试验结果分析 | 第24-30页 |
| 2.4.1 模拟体系的稳定性分析 | 第24-25页 |
| 2.4.2 pKa和 ΔΔG值分析 | 第25-27页 |
| 2.4.3 不同pH值下HdeA的构象变化分析 | 第27-30页 |
| 2.5 本章小结 | 第30-31页 |
| 第三章 HdeA与底物蛋白作用机制的分子模拟研究 | 第31-61页 |
| 3.1 引言 | 第31-32页 |
| 3.2 理论与计算方法 | 第32-36页 |
| 3.2.1 蛋白质三维结构模型的构建及优化 | 第32-34页 |
| 3.2.2 模型质量的评价 | 第34页 |
| 3.2.3 恒定pH分子动力学模拟 | 第34-35页 |
| 3.2.4 分子对接 | 第35页 |
| 3.2.5 分子动力学模拟 | 第35页 |
| 3.2.6 结合自由能的计算和能量分解 | 第35-36页 |
| 3.3 试验过程 | 第36-38页 |
| 3.3.1 HdeA模型文件的准备 | 第36页 |
| 3.3.2 DegP和SurA模型文件的准备 | 第36-37页 |
| 3.3.3 HdeA与底物蛋白的分子对接 | 第37页 |
| 3.3.4 复合物体系的分子动力学模拟 | 第37-38页 |
| 3.4 试验结果分析 | 第38-59页 |
| 3.4.1 HdeA在pH=2 时的构象 | 第38-39页 |
| 3.4.2 DegP和SurA的模建结果讨论 | 第39-43页 |
| 3.4.2.1 I-TASSER模型构建结果 | 第39-40页 |
| 3.4.2.2 DegP和SurA模型的动力学优化及评价结果 | 第40-43页 |
| 3.4.3 DegP和SurA在pH=2 时的构象 | 第43-44页 |
| 3.4.4 HdeA与底物蛋白的对接结果 | 第44-46页 |
| 3.4.5 复合物体系的分子动力学模拟结果 | 第46-59页 |
| 3.4.5.1 复合物体系的稳定性分析 | 第46-47页 |
| 3.4.5.2 复合物体系的结合模式分析 | 第47-51页 |
| 3.4.5.3 复合物体系的结合自由能分析 | 第51-52页 |
| 3.4.5.4 复合物体系的氢键分析 | 第52-56页 |
| 3.4.5.5 复合物体系的能量分解 | 第56-59页 |
| 3.5 本章小结 | 第59-61页 |
| 第四章 结论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
