| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-24页 |
| 1.1 蛋白质的结构 | 第13-14页 |
| 1.2 蛋白质的结构和功能 | 第14-15页 |
| 1.3 蛋白质的能量地貌理论 | 第15-18页 |
| 1.3.1 折叠能量地貌理论 | 第15-16页 |
| 1.3.2 功能性能地貌理论 | 第16页 |
| 1.3.3 结合能量地貌理论 | 第16-18页 |
| 1.4 分子动力学模拟 | 第18-20页 |
| 1.5 论文的选题和意义 | 第20-24页 |
| 第2章 钙调蛋白多特异性识别的分子机制 | 第24-51页 |
| 2.1 引言 | 第24-26页 |
| 2.1.1 钙调蛋白和多特异性识别 | 第24-25页 |
| 2.1.2 研究思路 | 第25-26页 |
| 2.2 模型和方法 | 第26-32页 |
| 2.2.1 基础结构 | 第26页 |
| 2.2.2 粗粒化 | 第26-27页 |
| 2.2.3 双势阱吸引势 | 第27-28页 |
| 2.2.4 排斥相互作用 | 第28-29页 |
| 2.2.5 静电相互作用 | 第29页 |
| 2.2.6 疏水相互作用 | 第29页 |
| 2.2.7 骨架相互作用势和柔性 | 第29-30页 |
| 2.2.8 模建钙离子 | 第30-31页 |
| 2.2.9 简谐限制 | 第31页 |
| 2.2.10 模拟参数与细节 | 第31-32页 |
| 2.2.11 反应坐标 | 第32页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第32-48页 |
| 2.3.1 Ca~(2+)-CaM和skMLCK的折叠和结合地貌 | 第32-34页 |
| 2.3.2 非天然静电作用作为CaM与skMLCK偏好性结合的驱动力 | 第34-35页 |
| 2.3.3 非天然疏水作用 | 第35-38页 |
| 2.3.4 天然相互作用影响CaM-skMLCK结合的亲和性和特异性 | 第38-39页 |
| 2.3.5 Ca~(2+)和柔性对混合结合机制的影响 | 第39-41页 |
| 2.3.6 部分折叠的中间态 | 第41-43页 |
| 2.3.7 同时涉及局部和全局构象变化的结合过程 | 第43-45页 |
| 2.3.8 结合肽的天然无规则性质 | 第45-46页 |
| 2.3.9 模拟与FRET实验的对比 | 第46-48页 |
| 2.4 结论 | 第48-51页 |
| 第3章 动力学构象变化调节蛋白质与DNA的识别 | 第51-84页 |
| 3.1 引言 | 第51-53页 |
| 3.1.1 DNA聚合酶和Y族聚和酶DPO4 | 第51-52页 |
| 3.1.2 研究思路 | 第52-53页 |
| 3.2 模型和方法 | 第53-59页 |
| 3.2.1 DPO4和DNA的结构 | 第53-54页 |
| 3.2.2 双势阱吸引势 | 第54-55页 |
| 3.2.3 DPO4 和 DNA 结合势U_(DPO4-DNA) | 第55页 |
| 3.2.4 静电相互作用 | 第55-56页 |
| 3.2.5 排斥相互作用 | 第56页 |
| 3.2.6 骨架相互作用势和柔性 | 第56-58页 |
| 3.2.7 DNA自由度的处理 | 第58页 |
| 3.2.8 反应坐标 | 第58-59页 |
| 3.2.9 模拟参数与细节 | 第59页 |
| 3.3 结果 | 第59-76页 |
| 3.3.1 DPO4和DNA结合的动力学 | 第59-61页 |
| 3.3.2 温度调节DPO4在与DNA结合时的构象动力学 | 第61-64页 |
| 3.3.3 非特异性识别向特异性识别的转化 | 第64-69页 |
| 3.3.4 通过盐浓度调节结合动力学 | 第69-71页 |
| 3.3.5 linker的柔性有利于DPO4和DNA的识别 | 第71-72页 |
| 3.3.6 DPO4的构象动力学调节其与DNA的识别 | 第72-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-83页 |
| 3.4.1 结合影响构象转变 | 第76-78页 |
| 3.4.2 linker的柔性 | 第78页 |
| 3.4.3 与DPO4-DNA结合实验对比研究 | 第78-79页 |
| 3.4.4 结合的机制 | 第79-82页 |
| 3.4.5 Y族聚合酶与DNA结合时的特性 | 第82-83页 |
| 3.5 总结 | 第83-84页 |
| 第4章 总结与展望 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-103页 |
| 作者简介 | 第103-105页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107页 |
