| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 引言 | 第11-15页 |
| 第一部分 临床分离产ESBLs大肠埃希菌耐药表现分析及常见耐药基因检测 | 第15-24页 |
| 1 材料 | 第15-16页 |
| ·菌株 | 第15页 |
| ·主要仪器和耗材 | 第15页 |
| ·主要试剂及配制 | 第15-16页 |
| ·主要试剂 | 第15-16页 |
| ·培养基配制 | 第16页 |
| 2 方法 | 第16-19页 |
| ·细菌鉴定及药敏分析 | 第16页 |
| ·提取细菌DNA | 第16-17页 |
| ·PCR引物设计与合成 | 第17-18页 |
| ·PCR扩增 | 第18-19页 |
| ·PCR产物测序及比对 | 第19页 |
| 3 结果 | 第19-22页 |
| ·药敏实验结果 | 第19-20页 |
| ·耐药基因PCR扩增结果 | 第20-21页 |
| ·PCR产物测序结果 | 第21-22页 |
| 4 讨论 | 第22-24页 |
| 第二部分 目标捕获-高通量测序方法的建立 | 第24-33页 |
| 1 材料 | 第24页 |
| ·菌株 | 第24页 |
| ·主要仪器和耗材 | 第24页 |
| ·主要试剂 | 第24页 |
| 2 方法 | 第24-28页 |
| ·探针设计 | 第24-25页 |
| ·DNA提取 | 第25页 |
| ·DNA文库制备 | 第25-26页 |
| ·超声片段化 | 第25页 |
| ·末端补平 | 第25页 |
| ·样本纯化 | 第25-26页 |
| ·片段两端加A（ A-Tailing） | 第26页 |
| ·连接adaptor | 第26页 |
| ·PCR扩增文库 | 第26页 |
| ·样本文库的富集 | 第26-27页 |
| ·文库杂交 | 第26-27页 |
| ·磁珠捕获 | 第27页 |
| ·Index PCR | 第27页 |
| ·高通量测序 | 第27-28页 |
| ·簇生成 | 第27页 |
| ·Hiseq 2000上机测序 | 第27-28页 |
| ·测序结果分析 | 第28页 |
| ·目标捕获 -测序方法的评价 | 第28页 |
| ·部分耐药基因的PCR-Sanger验证 | 第28页 |
| ·可重复性检验 | 第28页 |
| 3 结果 | 第28-31页 |
| ·细菌总DNA提取及质量检测 | 第28-29页 |
| ·Illumina测序数据统计 | 第29-30页 |
| ·目标捕获 -测序方法的PCR-Sanger验证及可重复性检验 | 第30-31页 |
| 4 讨论 | 第31-33页 |
| 第三部分 目标捕获-测序技术检测临床耐药细菌的应用 | 第33-41页 |
| 1 材料 | 第33页 |
| ·菌株 | 第33页 |
| ·主要仪器和耗材 | 第33页 |
| ·主要试剂 | 第33页 |
| 2 方法 | 第33-34页 |
| ·探针设计 | 第33页 |
| ·DNA提取 | 第33页 |
| ·文库制备及高通量测序 | 第33-34页 |
| ·测序结果分析 | 第34页 |
| ·多位点序列分型( MLST) | 第34页 |
| 3 结果 | 第34-38页 |
| ·Illumina测序数据统计 | 第34-35页 |
| ·16S r RNA基因序列鉴定菌株种属结果 | 第35页 |
| ·耐药基因结果 | 第35-37页 |
| ·MLST分型结果 | 第37-38页 |
| 4 讨论 | 第38-41页 |
| 结论 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-47页 |
| 附录A细菌分型方案的发展及其比较 | 第47-54页 |
| 在学研究成果 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
