| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-22页 |
| ·系统生物学与生物信息学 | 第9-10页 |
| ·基因规模代谢网络模型 | 第10-12页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的应用 | 第12页 |
| ·代谢网络模型的分析方法 | 第12-15页 |
| ·代谢网络分析平台 | 第15-17页 |
| ·非独立性的工具箱 | 第15-16页 |
| ·独立性的模拟平台 | 第16-17页 |
| ·基于基因组代谢网络模型的代谢优化算法 | 第17-21页 |
| ·课题研究内容及意义 | 第21-22页 |
| 第二章 IdealKnock | 第22-32页 |
| ·引言 | 第22页 |
| ·模拟环境和平台 | 第22-23页 |
| ·模型 | 第22页 |
| ·模拟平台 | 第22-23页 |
| ·培养基设置 | 第23页 |
| ·代谢网络可视化 | 第23页 |
| ·IdealKnock的计算框架 | 第23-32页 |
| ·理想型流量分布和理想点 | 第23-24页 |
| ·关键反应组的获取 | 第24页 |
| ·理想生产线和可达理想点 | 第24-28页 |
| ·可达理想点的样本获取 | 第28-29页 |
| ·敲除靶点识别 | 第29-30页 |
| ·IdealKnock与OptKnock的联用 | 第30-32页 |
| 第三章 结果与分析 | 第32-48页 |
| ·IdealKnock对82个细胞自身代谢物的生产测试 | 第32-37页 |
| ·IdealKnock的具体测试实例 | 第37-39页 |
| ·敲除策略分析实例 | 第39-47页 |
| ·生产琥珀酸的敲除策略分析 | 第39-44页 |
| ·生产番茄红素的敲除策略分析 | 第44-47页 |
| ·本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 结论与展望 | 第48-51页 |
| ·结论 | 第48-49页 |
| ·展望 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 附录1 | 第60-71页 |
| 附录2 | 第71-74页 |
| 硏究生阶段硏究成果 | 第74页 |