| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-19页 |
| ·病毒插入 | 第11-12页 |
| ·病毒插入的原理 | 第11-12页 |
| ·病毒插入与测序技术 | 第12页 |
| ·全基因组测序技术 | 第12-18页 |
| ·文库制备的流程 | 第12-13页 |
| ·测序成像 | 第13-18页 |
| ·新一代测序技术的应用与特点 | 第18页 |
| ·应用于病毒插入检测的新一代测序研究现状 | 第18-19页 |
| 第二章 病毒插入位点探测流程 | 第19-30页 |
| ·数据预处理 | 第19-20页 |
| ·读段比对到人类参考基因组上 | 第20-21页 |
| ·提取soft clip与配对读段比对缺失的读段的相关信息 | 第21-24页 |
| ·病毒参考基因组的重比对 | 第24-25页 |
| ·整理跨人类与病毒基因组的测序片段 | 第25-26页 |
| ·确定插入位置 | 第26-28页 |
| ·评估插入位置的准确性 | 第28-29页 |
| ·后续的基因注释 | 第29-30页 |
| 第三章 算法的实现与实例 | 第30-54页 |
| ·数据的来源 | 第30-32页 |
| ·数据的预处理 | 第32-39页 |
| ·数据的整合 | 第39-42页 |
| ·可信度的评估及检验 | 第42-45页 |
| ·碎片化断点序列的组装 | 第45-54页 |
| 第四章 总结与未来的展望 | 第54-55页 |
| ·研究总结 | 第54页 |
| ·本研究后续改进的方向 | 第54页 |
| ·未来展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-58页 |
| 附录 | 第58-67页 |
| 后记 | 第67页 |