| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-28页 |
| ·绒山羊概况 | 第13-14页 |
| ·我国绒山羊概述 | 第13页 |
| ·辽宁绒山羊简介 | 第13-14页 |
| ·陕北白绒山羊简介 | 第14页 |
| ·山羊功能基因组研究现状 | 第14-16页 |
| ·绒山羊遗传图谱研究概况 | 第14-15页 |
| ·山羊基因组研究新进展 | 第15-16页 |
| ·非模式生物转录组研究概况 | 第16-21页 |
| ·非模式生物转录组研究的一般流程及方法 | 第21-26页 |
| ·样品准备 | 第22-23页 |
| ·cDNA 文库制备与测序 | 第23-24页 |
| ·测序数据过滤 | 第24页 |
| ·测序读段从头组装 | 第24-25页 |
| ·基因注释 | 第25-26页 |
| ·生物信息学分析 | 第26页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第26-28页 |
| 第二章 辽宁绒山羊转录组测序分析及 SSR 搜索 | 第28-46页 |
| ·材料与试剂 | 第28-29页 |
| ·材料 | 第28页 |
| ·试剂 | 第28页 |
| ·仪器与设备 | 第28-29页 |
| ·实验方法 | 第29-32页 |
| ·组织总 RNA 提取 | 第29页 |
| ·mRNA 纯化 | 第29页 |
| ·cDNA 合成 | 第29-30页 |
| ·cDNA 测序 | 第30页 |
| ·EST 拼装 | 第30页 |
| ·功能注释、分类和代谢途径分析 | 第30-31页 |
| ·简单重复序列（SSR）搜索 | 第31-32页 |
| ·实验结果 | 第32-42页 |
| ·辽宁绒山羊 13 种组织总 RNA 提取 | 第32页 |
| ·辽宁绒山羊转录组测序与从头组装 | 第32-33页 |
| ·辽宁绒山羊 unigenes 的功能注释、分类和代谢途径分析 | 第33-39页 |
| ·简单重复序列（SSR）搜索及分析 | 第39-42页 |
| ·讨论 | 第42-44页 |
| ·小结 | 第44-46页 |
| 第三章 辽宁绒山羊转录组序列比对分析 | 第46-55页 |
| ·实验方法 | 第46-47页 |
| ·基因覆盖度计算 | 第46页 |
| ·比对分析 | 第46-47页 |
| ·实验结果 | 第47-52页 |
| ·基因覆盖率分析 | 第47-48页 |
| ·辽宁绒山羊 unigenes 在山羊染色体上的定位 | 第48-49页 |
| ·辽宁绒山羊 unigenes 与已报道的山羊蛋白质编码基因的比对结果 | 第49-50页 |
| ·新山羊基因的发现 | 第50-52页 |
| ·讨论 | 第52-54页 |
| ·小结 | 第54-55页 |
| 第四章 辽宁绒山羊 2 品系皮肤差异表达基因筛选 | 第55-66页 |
| ·材料与试剂 | 第55页 |
| ·材料 | 第55页 |
| ·试剂、仪器与设备 | 第55页 |
| ·实验方法 | 第55-57页 |
| ·皮肤组织总 RNA 抽提及 mRNA 纯化 | 第55-56页 |
| ·cDNA 合成与测序 | 第56页 |
| ·测序质量评估 | 第56页 |
| ·基因表达量分析 | 第56页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第56-57页 |
| ·显著性富集分析 | 第57页 |
| ·实验结果 | 第57-63页 |
| ·测序结果及质量评估 | 第57-58页 |
| ·基因表达分析 | 第58-61页 |
| ·GO 功能显著性富集分析 | 第61-62页 |
| ·代谢通路显著性富集分析 | 第62页 |
| ·角蛋白基因和角蛋白关联蛋白基因 | 第62-63页 |
| ·讨论 | 第63-64页 |
| ·小结 | 第64-66页 |
| 第五章 两种类型陕北白绒山羊皮肤差异表达基因筛选 | 第66-73页 |
| ·材料与试剂 | 第66页 |
| ·材料 | 第66页 |
| ·试剂、仪器与设备 | 第66页 |
| ·实验方法 | 第66页 |
| ·实验结果 | 第66-70页 |
| ·测序结果及质量评估 | 第66-67页 |
| ·基因表达分析 | 第67-69页 |
| ·GO 功能显著性富集分析 | 第69-70页 |
| ·代谢通路显著性富集分析 | 第70页 |
| ·讨论 | 第70-71页 |
| ·小结 | 第71-73页 |
| 全文结论 | 第73-74页 |
| 创新之处和进一步研究的课题 | 第74-75页 |
| 创新之处 | 第74页 |
| 进一步研究的课题 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-85页 |
| 附录 | 第85-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
| 作者简介 | 第92页 |
