| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-23页 |
| ·植物线粒体基因组的结构特征 | 第9-11页 |
| ·植物线粒体基因组的存在形式 | 第9页 |
| ·植物线粒体基因组的大小及组成 | 第9-11页 |
| ·植物线粒体基因组的基因间区 | 第11页 |
| ·线粒体基因组的水平基因迁移 | 第11页 |
| ·植物线粒体基因组的基因组成 | 第11-15页 |
| ·蛋白编码基因 | 第12-14页 |
| ·非蛋白编码基因 | 第14页 |
| ·多拷贝基因 | 第14-15页 |
| ·植物线粒体基因的共线性 | 第15-16页 |
| ·线粒体基因的RNA编辑 | 第16-17页 |
| ·线粒体基因密码子的不通用性 | 第16页 |
| ·线粒体RNA编辑的作用方式 | 第16-17页 |
| ·RNA编辑对线粒体基因表达的意义 | 第17页 |
| ·植物线粒体与细胞质雄性不育 | 第17-20页 |
| ·细胞质雄性不育 | 第17页 |
| ·植物线粒体基因是CMS因子的载体 | 第17-19页 |
| ·植物CMS分子机理的研究 | 第19-20页 |
| ·棉花CMS基因的研究 | 第20-21页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第21-23页 |
| 第二章 海岛棉线粒体BAC克隆的筛选和一个克隆的测序 | 第23-39页 |
| ·材料与方法 | 第23-27页 |
| ·实验材料 | 第23页 |
| ·试剂与药品 | 第23页 |
| ·实验器材 | 第23页 |
| ·引物设计 | 第23-25页 |
| ·BAC文库的筛选 | 第25-26页 |
| ·阳性克隆测序和组装 | 第26页 |
| ·测序克隆的序列分析 | 第26页 |
| ·分子系统发生分析 | 第26-27页 |
| ·结果与分析 | 第27-37页 |
| ·引物PCR反应体系优化和选择 | 第27页 |
| ·阳性混合池的筛选 | 第27-29页 |
| ·单克隆池的筛选 | 第29-30页 |
| ·克隆重叠关系分析 | 第30-31页 |
| ·一个克隆的测序和序列分析 | 第31-32页 |
| ·克隆序列的基因注释 | 第32-33页 |
| ·序列同源性分析 | 第33页 |
| ·基因的共线性分析 | 第33-35页 |
| ·RNA编辑分析 | 第35-36页 |
| ·分子系统发生分析 | 第36-37页 |
| ·讨论 | 第37-39页 |
| ·BAC克隆用于棉花线粒体基因组测序 | 第37页 |
| ·测序克隆的基因注释和序列分析 | 第37-38页 |
| ·RNA编辑现象 | 第38-39页 |
| 第三章 陆地棉2074B线粒体基因组测序 | 第39-59页 |
| ·材料与方法 | 第39-44页 |
| ·棉花材料 | 第39页 |
| ·主要试剂及配制 | 第39页 |
| ·棉花mtDNA提取 | 第39页 |
| ·mtDNA高通量测序 | 第39-40页 |
| ·拼接序列分析 | 第40页 |
| ·gap的初步补平 | 第40-43页 |
| ·PCR产物回收、克隆及测序 | 第43-44页 |
| ·拼接序列分析 | 第44页 |
| ·结果与分析 | 第44-56页 |
| ·提取mtDNA质量检测 | 第44-45页 |
| ·测序及拼接情况 | 第45-46页 |
| ·序列比对分析 | 第46-49页 |
| ·基因注释 | 第49-52页 |
| ·Contig序列的拼接 | 第52-53页 |
| ·初拼接后序列分析 | 第53-56页 |
| ·基因组研究所对2074B的solexa测序 | 第56页 |
| ·讨论 | 第56-59页 |
| ·棉花mtDNA的提取 | 第56-57页 |
| ·棉花线粒体基因组成 | 第57-58页 |
| ·重复序列对完成线粒体图谱的影响 | 第58-59页 |
| 第四章 陆地棉2074B线粒体DNA Fosmid文库构建 | 第59-72页 |
| ·材料与方法 | 第59-63页 |
| ·棉花材料 | 第59页 |
| ·Fosmid文库构建试剂盒 | 第59页 |
| ·主要试剂配制 | 第59-60页 |
| ·mtDNA Fosmid文库构建 | 第60-61页 |
| ·Fosmid质粒DNA提取 | 第61页 |
| ·Fosmid克隆质粒DNA酶切与脉冲电泳 | 第61-62页 |
| ·线粒体Fosmid克隆的筛选 | 第62-63页 |
| ·结果与分析 | 第63-68页 |
| ·提取mtDNA大小检测 | 第63页 |
| ·回收目标片段浓度检测 | 第63-64页 |
| ·噬菌体颗粒的滴度计算 | 第64-65页 |
| ·文库的覆盖度 | 第65-66页 |
| ·文库质量检测 | 第66页 |
| ·Fosmid文库的筛选 | 第66-68页 |
| ·讨论 | 第68-72页 |
| ·棉花线粒体基因组文库的构建 | 第68页 |
| ·重叠性分析 | 第68-70页 |
| ·高通量测序在基因组水平的应用 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 个人简介 | 第81页 |