| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第1章 引言 | 第13-33页 |
| ·问题的提出 | 第13-14页 |
| ·miRNA 的发现及生物合成 | 第14-16页 |
| ·miRNA 的发现 | 第14-15页 |
| ·miRNA 的生物合成 | 第15-16页 |
| ·miRNA 作用机制及靶点预测 | 第16-19页 |
| ·miRNA 的作用机制 | 第16-17页 |
| ·miRNA 的靶点预测进展 | 第17-19页 |
| ·miRNA 与分子网络的研究现状 | 第19-24页 |
| ·miRNA 调控蛋白质互作网络 | 第20-22页 |
| ·miRNA 调控细胞信号网络 | 第22-23页 |
| ·miRNA 调控基因转录调控网络 | 第23-24页 |
| ·miRNA-miRNA 协同调控的研究现状 | 第24-27页 |
| ·miRNA-miRNA 协同调控的提出 | 第24-25页 |
| ·miRNA-miRNA 协同调控的研究现状 | 第25-26页 |
| ·miRNA-miRNA 协同调控的潜在机理 | 第26-27页 |
| ·miRNA 与疾病的研究现状 | 第27-31页 |
| ·miRNA 表达与疾病的关联 | 第28-29页 |
| ·miRNA 协同调控与疾病的研究现状 | 第29-31页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第31-33页 |
| 第2章 miRNA 功能协同网络（MFSN）的构建及结构属性 | 第33-48页 |
| ·数据 | 第33-34页 |
| ·miRNA 调控数据 | 第33页 |
| ·蛋白质互作网络 | 第33页 |
| ·基因功能注释 | 第33页 |
| ·表达谱数据 | 第33-34页 |
| ·基因编号转换数据 | 第34页 |
| ·miRNA 家族信息 | 第34页 |
| ·方法 | 第34-40页 |
| ·识别有功能协同作用的 miRNA 对 | 第34-36页 |
| ·皮尔逊相关系数（Pearson correlation coefficient） | 第36页 |
| ·miRNA 和功能模块的表达关联值 | 第36-38页 |
| ·功能模块的表达关联值 | 第38页 |
| ·随机检验 | 第38页 |
| ·网络分析中的拓扑测度 | 第38-39页 |
| ·产生随机的 miRNA-miRNA 功能协同调控网络 | 第39页 |
| ·识别 miRNA 功能协同模块 | 第39-40页 |
| ·T 检验 | 第40页 |
| ·结果 | 第40-46页 |
| ·评价协同调控功能模块的 miRNA 对 | 第41-43页 |
| ·MFSN 是无尺度的 | 第43-44页 |
| ·MFSN 是小世界网络 | 第44页 |
| ·协同调控的 miRNA 倾向共表达 | 第44-45页 |
| ·MFSN 具有模块化结构 | 第45-46页 |
| ·本章小结 | 第46-48页 |
| 第3章 疾病 miRNA 在 MFSN 中的拓扑特征 | 第48-58页 |
| ·疾病 miRNA 数据 | 第48页 |
| ·方法 | 第48-49页 |
| ·秩和检验 | 第48页 |
| ·随机检验 | 第48-49页 |
| ·Spearman 秩相关 | 第49页 |
| ·结果 | 第49-57页 |
| ·同一疾病 miRNA 间的距离近 | 第49-51页 |
| ·疾病 miRNA 有更多的协同作用 | 第51-53页 |
| ·度和疾病 miRNA 的比例是正相关的 | 第53-54页 |
| ·miRNA 参与的疾病种类和其度是正相关的 | 第54-55页 |
| ·疾病 miRNA 定位在高 k 值的社区的接口处 | 第55-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 第4章 MFSN 结构及疾病 miRNA 拓扑特征的稳定性分析 | 第58-67页 |
| ·miRNA 靶点调控数据 | 第58页 |
| ·结果 | 第58-66页 |
| ·MFSN 的结构属性 | 第58-62页 |
| ·疾病 miRNA 的拓扑特征 | 第62-66页 |
| ·本章小结 | 第66-67页 |
| 第5章 协同调控 miRNA 的序列、转录调控特征分析 | 第67-82页 |
| ·数据 | 第67-69页 |
| ·miRNA-miRNA 协同调控关系 | 第67页 |
| ·序列数据 | 第67页 |
| ·miRNA 簇和 miRNA 家族 | 第67-68页 |
| ·转录调控数据 | 第68-69页 |
| ·方法 | 第69-71页 |
| ·miRNA-miRNA 对序列相似性 | 第69页 |
| ·二级结构相似性 | 第69-70页 |
| ·miRNA 模块的序列和结构相似性 | 第70页 |
| ·miRNA 转录调控一致性 | 第70页 |
| ·miRNA 的邻近度 | 第70页 |
| ·随机检验 | 第70-71页 |
| ·结果 | 第71-81页 |
| ·序列相似性 | 第71-74页 |
| ·结构相似性 | 第74-77页 |
| ·miRNA 模块的序列和结构相似性显著高 | 第77-78页 |
| ·转录调控特征 | 第78-81页 |
| ·本章小结 | 第81-82页 |
| 结论 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第92-93页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第93-94页 |
| 个人简历 | 第94页 |
