基于公共路径的DNA多序列比对算法的研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| ·研究背景与意义 | 第10-15页 |
| ·生物信息学介绍 | 第11-12页 |
| ·序列比对 | 第12-14页 |
| ·生物数据的索引技术 | 第14-15页 |
| ·本课题研究意义及主要内容 | 第15页 |
| ·国内外研究现状 | 第15-16页 |
| ·本论文的结构安排 | 第16-18页 |
| 第2章 序列比对基础与算法 | 第18-38页 |
| ·概述 | 第18-19页 |
| ·空位罚分与相似性计分矩阵 | 第19-21页 |
| ·空位罚分 | 第19-20页 |
| ·替换矩阵 | 第20-21页 |
| ·目标函数 | 第21-25页 |
| ·背景介绍 | 第21-22页 |
| ·匹配百分比 | 第22页 |
| ·SP目标函数 | 第22-24页 |
| ·ID目标函数 | 第24-25页 |
| ·序列比对 | 第25-28页 |
| ·序列比对概述 | 第25页 |
| ·序列比对分类 | 第25-26页 |
| ·双序列比对 | 第26-27页 |
| ·多序列比对 | 第27-28页 |
| ·序列比对问题描述 | 第28-30页 |
| ·双序列比对算法 | 第30-32页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第31页 |
| ·Fasta算法 | 第31页 |
| ·BLAST算法 | 第31-32页 |
| ·多序列比对算法 | 第32-36页 |
| ·动态规划算法 | 第32-33页 |
| ·渐进算法 | 第33-36页 |
| ·迭代算法 | 第36页 |
| ·本章小结 | 第36-38页 |
| 第3章 基于公共路径的多序列比对算法 | 第38-49页 |
| ·公共路径算法的动机 | 第38-40页 |
| ·欧拉算法原理 | 第38-39页 |
| ·欧拉算法流程 | 第39-40页 |
| ·公共路径算法的原理 | 第40-46页 |
| ·算法的流程 | 第41页 |
| ·构建有向图 | 第41-43页 |
| ·图形的转换 | 第43-45页 |
| ·搜索公共路径 | 第45-46页 |
| ·序列比对 | 第46页 |
| ·算法分析 | 第46-48页 |
| ·算法的优点分析 | 第47页 |
| ·算法的不足及尝试性改进 | 第47-48页 |
| ·本章小结 | 第48-49页 |
| 第4章 序列分析系统设计与实现 | 第49-57页 |
| ·系统的开发环境与工具 | 第49页 |
| ·序列数据格式的转换 | 第49-51页 |
| ·FASTA格式 | 第49-50页 |
| ·NBRF／PIR格式 | 第50页 |
| ·GDE格式 | 第50-51页 |
| ·数据导入界面设计 | 第51页 |
| ·比对主界面及其实现 | 第51-53页 |
| ·结果比较界面及其实现 | 第53-54页 |
| ·数据分析界面及其实现 | 第54-55页 |
| ·本章小结 | 第55-57页 |
| 第5章 与CLUSTALX算法的比对结果分析 | 第57-63页 |
| ·比对结果的序列分析 | 第57-59页 |
| ·比对结果的数据分析 | 第59-61页 |
| ·比对算法的先进性比较 | 第61-62页 |
| ·本章小结 | 第62-63页 |
| 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
