| 中文摘要 | 第1-7页 |
| 英文摘要 | 第7-9页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-39页 |
| 第一节 遗传图谱介绍 | 第11-15页 |
| 1．1．1 遗传连锁图谱定义和作图原理 | 第11页 |
| 1．1．2 遗传连锁图谱的2个发展阶段 | 第11-12页 |
| 1．1．2．1 经典遗传图谱 | 第11-12页 |
| 1．1．2．2 分子连锁图谱 | 第12页 |
| 1．1．3 遗传连锁图谱的应用 | 第12-15页 |
| 1．1．3．1 定位重要目标基因 | 第12-13页 |
| 1．1．3．2 定位克隆 | 第13页 |
| 1．1．3．3 标记辅助选育 | 第13-14页 |
| 1．1．3．4 比较基因组作图 | 第14-15页 |
| 第二节 遗传连锁图谱的构建过程 | 第15-30页 |
| 1．2．1 创建作图群体 | 第15-18页 |
| 1．2．1．1 回交群体 | 第15页 |
| 1．2．1．2 F2群体 | 第15-16页 |
| 1．2．1．3 重组近交系（Recombination Inbred Lines RILs) | 第16页 |
| 1．2．1．4 单倍体（Haploid）和双单倍体（Double Haploid) | 第16-17页 |
| 1．2．1．5 杂交F_1群体 | 第17-18页 |
| 1．2．2 筛选遗传标记 | 第18-29页 |
| 1．2．2．1 形态标记 | 第18-19页 |
| 1．2．2．2 生化标记 | 第19页 |
| 1．2．2．3 分子标记 | 第19-29页 |
| 1．2．3 连锁分析 | 第29-30页 |
| 第三节 利用ABI310 DNA测序仪自动检测DNA片段 | 第30-34页 |
| 1．3．1 ABI310型DNA序列分析仪简介 | 第31页 |
| 1．3．2 ABI310型DNA测序仪检测DNA片段 | 第31-34页 |
| 1．3．2．1 染料组合的选择 | 第31页 |
| 1．3．2．2 滤光器的选择 | 第31-33页 |
| 1．3．2．3 选择和制作合适的Matrix文件 | 第33-34页 |
| 1．3．2．4 定义标准分子量 | 第34页 |
| 第四节 水产动物中遗传图谱的研究进展 | 第34-39页 |
| 1．4．1 斑马鱼 | 第35-36页 |
| 1．4．2 青鱂 | 第36-37页 |
| 1．4．3 罗非鱼 | 第37页 |
| 1．4．4 虹鳟 | 第37-38页 |
| 1．4．5 鲶 | 第38页 |
| 1．4．6 对虾 | 第38-39页 |
| 第二章 AFLP、RAPD和微卫星分离标记的筛选 | 第39-90页 |
| 前言 | 第39-41页 |
| 第一节 创建作图群体 | 第41-43页 |
| 2．1．1 构建作图群体过程 | 第41页 |
| 2．1．2 总DNA的提取 | 第41-43页 |
| 2．1．2．1 提取DNA所用试剂准备 | 第41-42页 |
| 2．1．2．2 提取步骤 | 第42-43页 |
| 第二节 AFLP标记的筛选 | 第43-60页 |
| 2．2．1 材料和方法 | 第43-50页 |
| 2．1．1．1 动物材料 | 第43页 |
| 2．2．1．2 试剂，引物，人工接头及仪器 | 第43-44页 |
| 2．2．1．3 AFLP分析 | 第44-49页 |
| 2．2．1．4 AFLP引物的筛选 | 第49页 |
| 2．2．1．5 AFLP标记的鉴定和命名 | 第49-50页 |
| 2．2．2 结果 | 第50-60页 |
| 2．2．2．1 预选择性扩增产物 | 第50-51页 |
| 2．2．2．2 引物的筛选 | 第51-58页 |
| 2．2．2．3 17个引物组合的扩增结果 | 第58-60页 |
| 第三节 RAPD分子标记的鉴定 | 第60-65页 |
| 2．3．1 材料与方法 | 第60-61页 |
| 2．3．1．1 实验材料 | 第60页 |
| 2．3．1．2 试剂，引物及仪器 | 第60页 |
| 2．3．1．3 RAPD分析 | 第60页 |
| 2．3．1．4 引物的筛选 | 第60页 |
| 2．3．1．5 RAPD分子标记的鉴定 | 第60-61页 |
| 2．3．2 结果 | 第61-65页 |
| 2．3．2．1 引物筛选 | 第61页 |
| 2．3．2．2 RAPD标记 | 第61-65页 |
| 第四节 微卫星标记的筛选 | 第65-83页 |
| 2．4．1 材料与方法 | 第65-69页 |
| 2．4．1．1 实验材料 | 第65页 |
| 2．4．1．2 试剂，引物以及仪器 | 第65页 |
| 2．4．1．3 微卫星分析 | 第65-69页 |
| 2．4．2 结果 | 第69-83页 |
| 2．4．2．1 微卫星位点反应条件的优化和引物的筛选情况 | 第69-82页 |
| 2．4．2．2 偏分离标记 | 第82页 |
| 2．4．2．3 无效基因的频率 | 第82-83页 |
| 第五节 AFLP，RAPD和微卫星标记总结和讨论 | 第83-90页 |
| 2．5．1 AFLP标记 | 第83页 |
| 2．5．2 RAPD标记 | 第83-84页 |
| 2．5．3 AFLP和RAPD标记的可转移性 | 第84-85页 |
| 2．5．4 微卫星标记 | 第85-87页 |
| 2．5．5 毛细管检测系统 | 第87-88页 |
| 2．5．6 AFLP，RAPD和微卫星标记在遗传作图中的检测指数 | 第88-90页 |
| 第三章 遗传图谱的构建 | 第90-113页 |
| 前言 | 第90页 |
| 3．1 方法 | 第90-92页 |
| 3．1．1 连锁分析和作图 | 第91-92页 |
| 3．1．1．1 将遗传标记转化成为MAKER/EXP作图软件可以接受的文件格式 | 第91页 |
| 3．1．1．2 通过两点连锁分析，将所有的遗传标记分成不同的连锁群 | 第91页 |
| 3．1．1．3 遗传标记在连锁群中的定位 | 第91-92页 |
| 3．1．1．4 遗传图谱的绘制 | 第92页 |
| 3．1．2 遗传图谱预期长度（expected genomelength）和覆盖率的计算（coverage) | 第92页 |
| 3．2 结果 | 第92-107页 |
| 3．2．1 AFLP遗传连锁图谱 | 第92-99页 |
| 3．2．2 微卫星-AFLP标记图谱 | 第99-105页 |
| 3．2．3 基因组的长度和覆盖率 | 第105-107页 |
| 3．3 讨论 | 第107-113页 |
| 3．3．1 偏分离标记 | 第107页 |
| 3．3．2 连锁图谱 | 第107-111页 |
| 3．3．3 各种作图标记在构建遗传图谱时的特点以及合理的作图策略 | 第111-113页 |
| 第四章 总结 | 第113-116页 |
| 附录 | 第116-120页 |
| 参考文献 | 第120-136页 |
| 已经完成和发表的文章 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137页 |
