| 目录 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-44页 |
| 前言 | 第12页 |
| 1 生物信息学与生物信息数据库 | 第12-23页 |
| 1．1 生物信息学 | 第12-18页 |
| 1．1．1 生物信息学的产生背景 | 第12-14页 |
| 1．1．2 生物信息学的发展简史 | 第14-15页 |
| 1．1．3 生物信息学的研究内容 | 第15-17页 |
| 1．1．3．1 生物信息的收集、存储、管理与共享。 | 第15页 |
| 1．1．3．2 基因组序列信息的提取和分析。 | 第15-16页 |
| 1．1．3．3 功能基因组相关信息分析。 | 第16页 |
| 1．1．3．4 生物大分子结构模拟和药物设计 | 第16-17页 |
| 1．1．3．5 生物信息分析的技术与方法研究 | 第17页 |
| 1．1．3．6 应用与发展研究 | 第17页 |
| 1．1．4 国内外发展概况 | 第17-18页 |
| 1．2 生物信息数据库 | 第18-23页 |
| 1．2．1 生物信息数据库发展概况 | 第18-19页 |
| 1．2．2 常用的核酸序列数据库简介 | 第19-20页 |
| 1．2．3 常用的蛋白质序列数据库简介 | 第20-21页 |
| 1．2．4 国内数据库简介 | 第21-22页 |
| 1．2．5 ESTARRAY简介 | 第22-23页 |
| 2 表达序列标签技术和DNA微阵列技术研究进展 | 第23-31页 |
| 2．1 表达序列标签技术 | 第23-27页 |
| 2．1．1 简介 | 第23页 |
| 2．1．2 发展历程 | 第23页 |
| 2．1．3 EST技术的特点与应用 | 第23-27页 |
| 2．1．3．1 构建遗传学图谱 | 第24页 |
| 2．1．3．2 分离与鉴定新基因 | 第24-25页 |
| 2．1．3．3 基因表达谱研究 | 第25-26页 |
| 2．1．3．4 比较基因组学研究 | 第26页 |
| 2．1．3．5 用于制备cDNA微阵列 | 第26-27页 |
| 2．2 DNA微阵列技术 | 第27-31页 |
| 2．2．1 DNA微阵列技术简介 | 第27页 |
| 2．2．2 DNA微阵列制备方法 | 第27-28页 |
| 2．2．3 DNA微阵列分类 | 第28页 |
| 2．2．4 DNA微阵列技术在植物研究中的应用 | 第28-30页 |
| 2．2．4．1 基因组测序 | 第28-29页 |
| 2．2．4．2 寻找新基因 | 第29页 |
| 2．2．4．3 基因表达水平检测 | 第29-30页 |
| 2．2．4．4 利用DNA微阵列技术进行后基因组学研究 | 第30页 |
| 2．2．4．5 转基因农产品检测和植物检疫 | 第30页 |
| 2．2．5 国内外研究进展 | 第30-31页 |
| 3 植物抗病基因克隆策略研究进展 | 第31-38页 |
| 3．1 转座子标签法 | 第32-33页 |
| 3．2 图位克隆法 | 第33页 |
| 3．3 mRNA差异显示技术 | 第33-35页 |
| 3．4 抑制差减杂交法 | 第35-36页 |
| 3．5 DNA微阵列法 | 第36-37页 |
| 3．6 电子克隆法 | 第37页 |
| 3．7 小结 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-44页 |
| 第二部分 研究报告 | 第44-134页 |
| 第一章 受稻瘟病菌诱导水稻叶组织cDNA文库大规模测序和相关数据库构建 | 第44-70页 |
| 1 材料与方法 | 第44-47页 |
| 1．1 实验材料 | 第44-45页 |
| 1．1．1 酶与试剂 | 第44页 |
| 1．1．2 部分试剂配方 | 第44-45页 |
| 1．1．3 部分实验器材 | 第45页 |
| 1．2 cDNA文库鉴定 | 第45页 |
| 1．2．1 cDNA文库背景 | 第45页 |
| 1．2．2 cDNA文库鉴定 | 第45页 |
| 1．3 质粒提取与纯化 | 第45-46页 |
| 1．3．1 细菌培养 | 第45页 |
| 1．3．2 质粒抽提与纯化 | 第45-46页 |
| 1．4 cDNA序列测定 | 第46页 |
| 1．5 序列分析 | 第46-47页 |
| 1．5．1 序列校正 | 第46-47页 |
| 1．5．2 序列格式转化及GenBank数据库提交 | 第47页 |
| 1．5．3 序列同一性分析及Cluster归类 | 第47页 |
| 1．6 受稻瘟病菌诱导水稻特异表达基因数据库的构建 | 第47页 |
| 2 实验结果与讨论 | 第47-67页 |
| 2．1 cDNA文库状况 | 第47页 |
| 2．2 大规模质粒提取与纯化 | 第47页 |
| 2．3 测序结果 | 第47-48页 |
| 2．4 序列提交 | 第48页 |
| 2．5 序列同一性分析及Cluster归类结果 | 第48-53页 |
| 2．5．1 本研究对13316具有Poly（A）尾EST的聚类分析结果 | 第48-53页 |
| 2．5．2 GenBank的Cluster聚类结果 | 第53页 |
| 2．5．3 不同聚类结果间的比较 | 第53页 |
| 2．6 受稻瘟病菌诱导水稻叶组织特异表达基因数据库构建 | 第53-60页 |
| 2．6．1 根据本实验室Cluster结果构建的数据库 | 第53-60页 |
| 2．6．2 根据NCBI Cluster结果（2002）构建的数据库 | 第60页 |
| 2．7 高丰度表达中已知功能基因分析 | 第60-63页 |
| 2．8 功能基因分类 | 第63-65页 |
| 2．9 受稻瘟病菌诱导水稻叶组织特异表达cDNA文库中与植物抗逆相关的基因 | 第65-67页 |
| 3 小结 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-70页 |
| 第二章 受稻瘟病菌诱导水稻叶组织cDNA文库中稻瘟病菌基因的检出与生物信息学分析 | 第70-98页 |
| 1 材料与方法 | 第70-71页 |
| 1．1 研究对象 | 第70页 |
| 1．2 稻瘟病菌序列的检出 | 第70页 |
| 1．3 稻瘟病菌EST的生物信息学分析 | 第70-71页 |
| 2 结果与讨论 | 第71-94页 |
| 2．1 在受稻瘟病菌诱导水稻叶组织cDNA文库中的稻瘟病菌序列 | 第71-72页 |
| 2．2 稻瘟病菌基因的生物信息学分析 | 第72页 |
| 2．3 16个稻瘟病菌基因的功能分析 | 第72-94页 |
| 2．3．1 Mgr001基因预测及功能分析 | 第72-74页 |
| 2．3．2 Mgr002基因预测及功能分析 | 第74-75页 |
| 2．3．3 Mgr003基因预测及功能分析 | 第75-76页 |
| 2．3．4 Mgr004基因预测及功能分析 | 第76-78页 |
| 2．3．5 Mgr005基因预测及功能分析 | 第78-79页 |
| 2．3．6 Mgr006基因预测及功能分析 | 第79-81页 |
| 2．3．7 Mgr007基因预测及功能分析 | 第81-82页 |
| 2．3．8 Mgr008基因预测及功能分析 | 第82-83页 |
| 2．3．9 Mgr009基因预测及功能分析 | 第83-85页 |
| 2．3．10 Mgr010基因预测及功能分析 | 第85-86页 |
| 2．3．11 Mgr011基因预测及功能分析 | 第86-87页 |
| 2．3．12 Mgr012基因预测及功能分析 | 第87-88页 |
| 2．3．13 Mgr013基因预测及功能分析 | 第88-89页 |
| 2．3．14 Mgr014基因预测及功能分析 | 第89-91页 |
| 2．3．15 Mgr015基因预测及功能分析 | 第91-92页 |
| 2．3．16 Mgr016基因预测及功能分析 | 第92-94页 |
| 3 小结 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-98页 |
| 第三章 抗病相关新基因OsBTB的筛选、克隆和初步功能预测 | 第98-134页 |
| 1 材料与方法 | 第98-106页 |
| 1．1 实验材料 | 第98-100页 |
| 1．1．1 用于cDNA微阵列表达谱研究和Northern杂交的水稻材料 | 第98页 |
| 1．1．2 用于RNA微阵列制备的水稻材料 | 第98-99页 |
| 1．1．3 其它实验材料 | 第99页 |
| 1．1．4 主要试剂配方 | 第99-100页 |
| 1．2 RNA抽提 | 第100页 |
| 1．3 cDNA微阵列探针标记 | 第100-101页 |
| 1．4 cDNA微阵列制备 | 第101页 |
| 1．4．1 用于cDNA微阵列制备的克隆 | 第101页 |
| 1．4．2 cDNA的PCR扩增与质量控制 | 第101页 |
| 1．4．3 PCR产物纯化和点样前处理 | 第101页 |
| 1．4．4 cDNA微阵列制备 | 第101页 |
| 1．5 cDNA微阵列杂交和数据提取 | 第101-102页 |
| 1．5．1 预杂交和杂交 | 第101-102页 |
| 1．5．2 洗膜 | 第102页 |
| 1．5．3 cDNA微阵列杂交数据提取 | 第102页 |
| 1．6 10个表达上调未知基因的生物信息学分析 | 第102页 |
| 1．7 候选基因全长cDNA序列的电子拼接 | 第102-103页 |
| 1．8 候选基因的Norther杂交 | 第103-104页 |
| 1．8．1 Northern膜的制备 | 第103-104页 |
| 1．8．2 候选基因的回收与探针标记 | 第104页 |
| 1．8．2．1 候选基因PCR扩增与回收 | 第104页 |
| 1．8．2．2 探针标记 | 第104页 |
| 1．8．3 Northern杂交 | 第104页 |
| 1．9 候选基因的RNA微阵列分析 | 第104-106页 |
| 1．9．1 RNA微阵列制备 | 第104-105页 |
| 1．9．2 RNA微阵列杂交 | 第105页 |
| 1．9．2．1 用于RNA微阵列杂交的探针 | 第105页 |
| 1．9．2．2 探针回收和标记 | 第105页 |
| 1．9．2．3 RNA微阵列杂交 | 第105页 |
| 1．9．3 RNA微阵列杂交结果分析 | 第105-106页 |
| 1．9．3．1 RNA微阵列杂交数据提取 | 第105页 |
| 1．9．3．2 候选基因的表型分析 | 第105-106页 |
| 1．9．3．3 候选基因RNA微阵列聚类分析 | 第106页 |
| 2 结果与讨论 | 第106-130页 |
| 2．1 芯片杂交结果及数值信号分析结果 | 第106-107页 |
| 2．2 受稻瘟病菌诱导后基因表达谱差异分析 | 第107-109页 |
| 2．3 10个功能未知基因的生物信息学分析 | 第109-115页 |
| 2．4 候选基因全长cDNA序列的电子拼接与二次生物信息学分析 | 第115-124页 |
| 2．5 OsBTB基因Northern杂交结果分析 | 第124页 |
| 2．6 OsBTB基因RNA微阵列杂交结果分析 | 第124-128页 |
| 2．6．1 OsBTB基因在稻瘟病菌接种相关表型中的表达分析 | 第125-126页 |
| 2．6．2 OsBTB基因在营养缺乏相关表型中的表达分析 | 第126-127页 |
| 2．6．3 OsBTB基因在激素处理相关表型中的表达分析 | 第127-128页 |
| 2．7 OsBTB基因与9个抗病相关基因的RNA微阵列聚类分析 | 第128-130页 |
| 3 小结 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-134页 |
| 致谢 | 第134页 |
