| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| ·代谢工程 | 第7-9页 |
| ·人工免疫系统 | 第9-11页 |
| ·本文的研究内容及文章结构 | 第11-13页 |
| 第二章 色氨酸合成代谢网络的构建 | 第13-24页 |
| ·引言 | 第13页 |
| ·细胞反应所需的数据 | 第13-15页 |
| ·生物化学信息 | 第14页 |
| ·基因组注释信息 | 第14-15页 |
| ·其它信息 | 第15页 |
| ·代谢网络的构建 | 第15-19页 |
| ·代谢网络的构建方法 | 第15-17页 |
| ·代谢网络数据的精炼 | 第17-18页 |
| ·代谢网络图的建立 | 第18-19页 |
| ·色氨酸合成网络构建的实现和表示 | 第19-23页 |
| ·本章小结 | 第23-24页 |
| 第三章 极端路径分析及在色氨酸合成代谢网络中的应用 | 第24-33页 |
| ·引言 | 第24页 |
| ·两种代谢途径分析方法 | 第24-27页 |
| ·基元模式及其应用 | 第24-26页 |
| ·极端途径及其应用 | 第26页 |
| ·两种方法的比较 | 第26-27页 |
| ·极端路径分析方法的实施 | 第27-30页 |
| ·化学计量模型/准则 | 第27-28页 |
| ·极端路径算法 | 第28-30页 |
| ·色氨酸合成代谢网络的极端路径分析 | 第30-32页 |
| ·建模 | 第31页 |
| ·分析结果 | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第四章 基于惩罚函数的协作型人工免疫网络约束优化算法 | 第33-51页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·协作型人工免疫网络思想 | 第33-35页 |
| ·算法框架 | 第33-34页 |
| ·算法的特点及其改进 | 第34-35页 |
| ·基于惩罚函数的协作型人工免疫网络约束优化算法 | 第35-38页 |
| ·惩罚函数在约束优化问题实施 | 第35-36页 |
| ·算法描述 | 第36-37页 |
| ·算法的特点及其改进 | 第37-38页 |
| ·多约束优化测试结果及讨论 | 第38-50页 |
| ·函数选择及评价标准设置 | 第38-43页 |
| ·与AIS 以及Stochastic Ranking 算法的比较 | 第43-49页 |
| ·与PSO-IN，PSO-CO，PSO-BO 算法的比较 | 第49-50页 |
| ·惩罚函数机制在求解约束优化问题的性能分析 | 第50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第五章 P-COAIN 优化算法在色氨酸合成代谢网络模型的应用 | 第51-57页 |
| ·引言 | 第51页 |
| ·色氨酸合成数学模型 | 第51-53页 |
| ·对色氨酸合成模型的优化 | 第53-56页 |
| ·色氨酸合成模型稳态解的求解 | 第53-55页 |
| ·P-CoAIN 在色氨酸合成模型上的应用 | 第55-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第六章 总结与展望 | 第57-59页 |
| ·论文总结 | 第57页 |
| ·工作展望 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 附录：作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第65页 |
