| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第16-25页 |
| 1.1 研究背景 | 第16-18页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第18-22页 |
| 1.2.1 网络水平上的进化机制研究 | 第18-19页 |
| 1.2.2 网络模体发现算法研究 | 第19-21页 |
| 1.2.3 功能模块发现算法研究 | 第21-22页 |
| 1.3 本文主要工作及贡献 | 第22-24页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第24-25页 |
| 第2章 生物网络拓扑特征分析 | 第25-39页 |
| 2.1 生物网络拓扑特征评价指标及其定义 | 第25-27页 |
| 2.2 多种类型的生物网络拓扑特征分析 | 第27-38页 |
| 2.2.1 蛋白质相互作用网络 | 第27-30页 |
| 2.2.2 转录调控网络 | 第30-33页 |
| 2.2.3 miRNA调控网络 | 第33-35页 |
| 2.2.4 共调控网络 | 第35-38页 |
| 2.3 本章小结 | 第38-39页 |
| 第3章 基于网络模体的蛋白质相互作用网络演化模型 | 第39-58页 |
| 3.1 引言 | 第39-40页 |
| 3.2 相关工作 | 第40-41页 |
| 3.3 真实PPI网络分析 | 第41-49页 |
| 3.3.1 实验数据来源 | 第41-42页 |
| 3.3.2 PPI网络拓扑特性分析 | 第42-44页 |
| 3.3.3 网络模体年龄一致性分析 | 第44-47页 |
| 3.3.4 网络模体与蛋白质复合物之间的关联性 | 第47-48页 |
| 3.3.5 同源基因对网络模体年龄一致性模式的影响 | 第48-49页 |
| 3.4 其他网络演化模型拓扑结构及相互作用密度梯度分析 | 第49-51页 |
| 3.5 基于网络模体的网络演化算法 | 第51-56页 |
| 3.5.1 算法思路 | 第52-53页 |
| 3.5.2 实验及结果分析 | 第53-55页 |
| 3.5.3 锚节点的选取对网络相互作用密度梯度的影响分析 | 第55-56页 |
| 3.5.4 种子网络的设置对生成网络的影响分析 | 第56页 |
| 3.6 本章小结 | 第56-58页 |
| 第4章 miRNA调控模块发现算法Mirsynergy和BCM | 第58-93页 |
| 4.1 引言 | 第58-59页 |
| 4.2 相关工作 | 第59-61页 |
| 4.3 基于邻居节点扩展的miRNA功能模块发现算法Mirsynergy | 第61-77页 |
| 4.3.1 Mirsynergy算法框架 | 第61-62页 |
| 4.3.2 miRNA调控网络构建 | 第62-63页 |
| 4.3.3 Mirsynergy算法步骤 | 第63-67页 |
| 4.3.4 实验数据来源 | 第67-68页 |
| 4.3.5 实验及结果分析 | 第68-76页 |
| 4.3.6 本节小结 | 第76-77页 |
| 4.4 基于二分团合并的miRNA调控模块发现算法BCM | 第77-92页 |
| 4.4.1 BCM算法框架 | 第77-78页 |
| 4.4.2 最大二分团枚举算法 | 第78-79页 |
| 4.4.3 BCM算法步骤 | 第79-81页 |
| 4.4.4 实验数据来源 | 第81-82页 |
| 4.4.5 实验及结果分析 | 第82-91页 |
| 4.4.6 本节小结 | 第91-92页 |
| 4.5 本章小结 | 第92-93页 |
| 第5章 共调控网络模体发现算法CoMoFinder | 第93-115页 |
| 5.1 引言 | 第93-94页 |
| 5.2 相关工作 | 第94页 |
| 5.3 CoMoFinder算法 | 第94-102页 |
| 5.3.1 算法框架 | 第95页 |
| 5.3.2 复合子图枚举算法 | 第95-98页 |
| 5.3.3 复合子图同构判定算法 | 第98-99页 |
| 5.3.4 随机共调控网络生成算法 | 第99-101页 |
| 5.3.5 网络模体统计显著性评价标准 | 第101-102页 |
| 5.4 实验及结果分析 | 第102-114页 |
| 5.4.1 比较算法 | 第102页 |
| 5.4.2 实验数据来源 | 第102页 |
| 5.4.3 实验结果 | 第102-114页 |
| 5.5 本章小结 | 第114-115页 |
| 结论 | 第115-118页 |
| 参考文献 | 第118-130页 |
| 致谢 | 第130-132页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第132-133页 |
| 附录B 攻读学位期间所参加的科研项目 | 第133页 |
