| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 1 引言 | 第11-22页 |
| 1.1 深县猪简介 | 第11页 |
| 1.2 研究体型性状的重要性 | 第11-12页 |
| 1.3 体型性状在动物生产上的应用 | 第12-13页 |
| 1.3.1 猪体型性状在生产上的应用 | 第12页 |
| 1.3.2 其他动物的体型性状在生产上的应用 | 第12-13页 |
| 1.4 猪的体型性状基因的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.4.1 生长发育相关因子基因(IGF-1) | 第13页 |
| 1.4.2 生长激素基因(GH)和生长激素受体基因(GHR) | 第13-14页 |
| 1.4.3 雌激素受体基因(ESR)和促卵泡β亚基基因(FSHβ) | 第14页 |
| 1.5 SNP芯片 | 第14-16页 |
| 1.5.1 SNP | 第14页 |
| 1.5.2 SNP芯片原理 | 第14-16页 |
| 1.5.3 芯片数据的质量控制 | 第16页 |
| 1.6 全基因组关联分析 | 第16-21页 |
| 1.6.1 GWAS概述 | 第16-17页 |
| 1.6.2 GWAS的一般分析步骤 | 第17页 |
| 1.6.3 GWAS对数量性状和质量性状都适用 | 第17-18页 |
| 1.6.4 GWAS实验设计 | 第18-19页 |
| 1.6.5 存在的问题以及校正 | 第19-20页 |
| 1.6.6 GWAS在家畜上的研究进展 | 第20-21页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-27页 |
| 2.1 试验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第22页 |
| 2.1.2 样品采集、运输及保存 | 第22页 |
| 2.1.3 主要试剂、液体和仪器设备 | 第22-23页 |
| 2.2 试验方法 | 第23-24页 |
| 2.2.1 表型性状的测量与统计 | 第23页 |
| 2.2.2 深县猪基因组DNA提取与检测 | 第23-24页 |
| 2.2.3 SNP基因型判定 | 第24页 |
| 2.3 数据分析和统计分析 | 第24-27页 |
| 2.3.1 表型数据分析 | 第24-25页 |
| 2.3.2 全基因组关联分析 | 第25页 |
| 2.3.3 群体分层检验 | 第25页 |
| 2.3.4 单倍型分析 | 第25-26页 |
| 2.3.5 多重假设检验校正 | 第26页 |
| 2.3.6 基因注释及候选基因的挖掘 | 第26页 |
| 2.3.7 软件及在线资源 | 第26-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-53页 |
| 3.1 深县猪体型性状表型数据分析结果 | 第27-29页 |
| 3.1.1 描述性统计分析 | 第27-28页 |
| 3.1.2 体型性状表型相关分析 | 第28-29页 |
| 3.2 深县猪基因组DNA检测 | 第29页 |
| 3.3 SNP分型及质量控制 | 第29-31页 |
| 3.4 体型性状全基因组关联分析结果 | 第31-53页 |
| 3.4.1 染色体和基因组上的显著水平 | 第31-32页 |
| 3.4.2 各体型性状GWAS结果 | 第32-37页 |
| 3.4.3 群体分层检验结果 | 第37-39页 |
| 3.4.4 各性状GWAS结果显著SNPs基因注释 | 第39-49页 |
| 3.4.5 单倍型分析结果 | 第49-53页 |
| 4 讨论 | 第53-58页 |
| 4.1 表型性状的选择 | 第53页 |
| 4.2 关联分析模型 | 第53页 |
| 4.3 群体分层分析 | 第53-54页 |
| 4.4 单倍型分析 | 第54-55页 |
| 4.5 与其他全基因组关联分析的比较 | 第55-56页 |
| 4.5.1 体长和管围的全基因组关联分析结果 | 第55-56页 |
| 4.5.2 体重、体长和胸围的全基因组关联分析结果 | 第56页 |
| 4.6 重要候选基因 | 第56-58页 |
| 5 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-65页 |
| 在读期间发表论文 | 第65-66页 |
| 作者简介 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 附件 | 第68-69页 |
