| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论:RNA修饰 | 第12-42页 |
| 1.1 中心法则 | 第12页 |
| 1.2 转录和翻译 | 第12-14页 |
| 1.3 TRNA结构和功能 | 第14-19页 |
| 1.3.1 tRNA结构 | 第14-15页 |
| 1.3.2 tRNA的成熟 | 第15-18页 |
| 1.3.3 tRNA氨酰化反应 | 第18-19页 |
| 1.4 TRNA修饰 | 第19-27页 |
| 1.5 核糖体结构和功能 | 第27-33页 |
| 1.5.1 核糖体的结构 | 第27-29页 |
| 1.5.2 核糖体翻译的分子机制 | 第29-33页 |
| 1.5.2.1 翻译起始中核糖体的分子识别 | 第29-30页 |
| 1.5.2.2 翻译过程的延伸 | 第30-31页 |
| 1.5.2.3 翻译过程中密码子和反密码子配对 | 第31-32页 |
| 1.5.2.4 肽链合成中的肽基转移反应 | 第32-33页 |
| 1.6 核糖体中的RRNA修饰 | 第33-38页 |
| 1.6.1 rRNA修饰稳定核糖体的结构 | 第35-36页 |
| 1.6.2 rRNA修饰可以增强核糖体与配体之间的相互作用 | 第36-37页 |
| 1.6.3 核糖体rRNA与tRNA中的核苷酸修饰增强了两者的相互作用 | 第37页 |
| 1.6.4 rRNA核苷酸修饰可以作为核糖体组装的检查点 | 第37-38页 |
| 1.6.5 rRNA修饰产生抗生素抗性的机制 | 第38页 |
| 参考文献 | 第38-42页 |
| 第2章 甲基转移酶RLMCD | 第42-54页 |
| 2.1 甲基转移酶简介 | 第42-47页 |
| 2.1.1 RlmD是一个典型的Rossmann-fold MTase | 第42-46页 |
| 2.1.2 RlmB是一个典型的SPOUT-fold MTase | 第46-47页 |
| 2.2 肺炎链球菌的RLMCD是一个双位点甲基转移酶 | 第47-50页 |
| 2.3 RLMCD甲基转移酶的酶活机制 | 第50页 |
| 2.4 小结 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-54页 |
| 第3章 实验方法 | 第54-74页 |
| 3.1 肺炎链球菌RLMCD蛋白质克隆构建 | 第54-59页 |
| 3.1.1 肺炎链球菌RlmCD蛋白质边界选择 | 第54页 |
| 3.1.2 蛋白质基因的克隆 | 第54-55页 |
| 3.1.3 蛋白质基因克隆片段的纯化 | 第55页 |
| 3.1.4 目的DNA片段的酶切回收 | 第55-56页 |
| 3.1.5 载体的准备 | 第56页 |
| 3.1.6 目的片段与载体连接 | 第56-57页 |
| 3.1.7 重组质粒的转化 | 第57页 |
| 3.1.8 感受态细胞制备 | 第57-58页 |
| 3.1.9 突变体构建 | 第58-59页 |
| 3.2 蛋白质的表达及纯化 | 第59-64页 |
| 3.2.1 RlmCD蛋白质的表达 | 第59-60页 |
| 3.2.2 菌体的重悬与破碎 | 第60页 |
| 3.2.3 镍柱亲和层析 | 第60页 |
| 3.2.4 SDS-PAGE实验 | 第60-62页 |
| 3.2.5 蛋白质浓缩 | 第62页 |
| 3.2.6 凝胶层析色谱 | 第62-63页 |
| 3.2.7 重组表达蛋白质标签的切除及纯化 | 第63-64页 |
| 3.3 晶体生长,晶体数据收集及结构解析 | 第64-66页 |
| 3.3.1 蛋白-核酸复合物的准备及晶体生长 | 第64-65页 |
| 3.3.2 晶体生长 | 第65页 |
| 3.3.3 晶体数据收集及结构解析 | 第65-66页 |
| 3.4 蛋白质-核酸相互作用实验 | 第66-68页 |
| 3.4.1 EMSA实验 | 第66-67页 |
| 3.4.2 ITC实验 | 第67-68页 |
| 3.5 RNA体外转录及纯化实验 | 第68-71页 |
| 3.5.1 模板设计 | 第68页 |
| 3.5.2 转录体系镁离子浓度优化 | 第68-69页 |
| 3.5.3 RNA大量转录和纯化 | 第69-71页 |
| 3.6 酶活实验 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-74页 |
| 第4章 肺炎链球菌甲基转移酶RLMCD结构与功能研究 | 第74-96页 |
| 4.1 实验结果 | 第74-89页 |
| 4.1.1 RlmCD蛋白质边界选择和表达 | 第74-77页 |
| 4.1.2 U747 RNA设计及复合物制备 | 第77-78页 |
| 4.1.3 RlmCD-SAH-747RNA晶体结构 | 第78-85页 |
| 4.1.4 U1939 RNA设计及复合物制备 | 第85-86页 |
| 4.1.5 RlmCD-SAH-1939RNA晶体结构 | 第86-89页 |
| 4.2 RLMCD与RLMD识别U1939 RNA的相同和不同 | 第89-91页 |
| 4.3 RLMCD具有双位点酶活的结构基础 | 第91-93页 |
| 4.4 讨论与展望 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-96页 |
| 第5章 H2A.BBD核小体单分子荧光相关研究 | 第96-114页 |
| 5.1 核小体和H2A.BBD组蛋白 | 第96-99页 |
| 5.2 SMFRET及核小体相关研究 | 第99-102页 |
| 5.3 荧光基团标记核小体的组装及sMFRET实验步骤 | 第102-107页 |
| 5.3.1 准备和纯化荧光标记的DNA | 第102-103页 |
| 5.3.2 准备组蛋白H2A-Octamer、H2A.Bbd-H2B dimer和(H3-H4)_2 Tetramer | 第103-105页 |
| 5.3.3 经过梯度透析获得核小体NCP(Deindl and Zhuang,2012) | 第105页 |
| 5.3.4 制备smFRET观测样品 | 第105-107页 |
| 5.4 实验结果 | 第107-112页 |
| 5.4.1 荧光基团位点的选取 | 第107-108页 |
| 5.4.2 H2A.Bbd-NCP和H2A-NCP的组装 | 第108-109页 |
| 5.4.3 H2A.Bbd-NCP核小体稳定性实验 | 第109-110页 |
| 5.4.4 H2A-NCP和H2A.Bbd-NCP单分子荧光能量共振转移实验 | 第110-112页 |
| 5.4.5 结论及展望 | 第112页 |
| 参考文献 | 第112-114页 |
| 附录1 | 第114-120页 |
| 附录2 | 第120-124页 |
| 致谢 | 第124-126页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第126页 |
