| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6页 |
| 第一章 引言 | 第11-16页 |
| 1.1 研究目的及意义 | 第11-12页 |
| 1.2 基因组遗传变异综述 | 第12页 |
| 1.2.1 序列多态性变异 | 第12页 |
| 1.2.2 结构变异 | 第12页 |
| 1.3 棉花基因组测序综述 | 第12-16页 |
| 1.3.1 测序背景 | 第12-13页 |
| 1.3.2 测序进展 | 第13-14页 |
| 1.3.3 棉花科研热点的展望 | 第14-16页 |
| 第二章 材料和方法 | 第16-21页 |
| 2.1 实验材料 | 第16-18页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第16-18页 |
| 2.1.2 分子生物学试剂及生化试剂 | 第18页 |
| 2.2 实验方法 | 第18-21页 |
| 2.2.1 植物基因组DNA提取 | 第18页 |
| 2.2.2 聚合酶链式反应(PCR) | 第18页 |
| 2.2.3 琼脂糖凝胶电泳 | 第18页 |
| 2.2.4 基因功能注释 | 第18页 |
| 2.2.5 基因位置信息获取 | 第18-19页 |
| 2.2.6 Circos图绘制 | 第19页 |
| 2.2.7 ANNOVAR功能注释 | 第19页 |
| 2.2.8 染色体定位 | 第19页 |
| 2.2.9 棉花种植 | 第19页 |
| 2.2.10 农艺性状 | 第19-21页 |
| 第三章 棉花重要农艺性状 | 第21-24页 |
| 3.1 引言 | 第21页 |
| 3.2 农艺性状调查 | 第21页 |
| 3.3 个别农艺性状数据分析 | 第21-23页 |
| 3.4 小结 | 第23-24页 |
| 第四章 棉花基因组内获得与缺失变异挖掘及分析 | 第24-32页 |
| 4.1 基因组重测序技术 | 第24-25页 |
| 4.2 获得与缺失变异(PAVS)挖掘 | 第25页 |
| 4.3 棉花基因组PAVS挖掘 | 第25-26页 |
| 4.3.1 优异亲本DNA提取 | 第25-26页 |
| 4.3.2 全基因组重测序及序列比对 | 第26页 |
| 4.3.3 PAVs变异检测 | 第26页 |
| 4.4 棉花基因组PAVS分析 | 第26-31页 |
| 4.4.1 棉花基因组内存在大量的PAVs | 第26-27页 |
| 4.4.2 PAVs对基因组序列的影响 | 第27-28页 |
| 4.4.3 PAVs在染色体上的分布 | 第28-29页 |
| 4.4.4 PAVs在基因结构上的分布 | 第29页 |
| 4.4.5 PAVs影响的基因功能富集分析 | 第29-30页 |
| 4.4.6 PAVs在Pfam中的聚集 | 第30页 |
| 4.4.7 PAVs附近的转座子 | 第30-31页 |
| 4.5 本章小结 | 第31-32页 |
| 第五章 棉花基因组LSPAVS的检测分析 | 第32-39页 |
| 5.1 引言 | 第32页 |
| 5.2 棉花基因组内大片段获得与缺失变异的挖掘 | 第32-33页 |
| 5.3 PCR反应检测LSPAVS | 第33-36页 |
| 5.3.1 Pairwise-PCR原理 | 第33-35页 |
| 5.3.2 Pairwise-PCR检测大片段PAVs | 第35-36页 |
| 5.4 共同LsPAVs注释基因 | 第36-38页 |
| 5.5 小结 | 第38-39页 |
| 第六章 全文结论 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-45页 |
| 致谢 | 第45-46页 |
| 作者简历 | 第46页 |