| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 乌头研究综述 | 第11-12页 |
| 1.1.1 乌头的形态特征 | 第11页 |
| 1.1.2 乌头的分布范围 | 第11页 |
| 1.1.3 乌头的有效成分及药理作用 | 第11-12页 |
| 1.1.4 乌头的药用价值 | 第12页 |
| 1.2 植物内生菌的研究现状 | 第12-15页 |
| 1.2.1 植物内生菌的概念 | 第12-13页 |
| 1.2.2 植物内生菌的多样性 | 第13页 |
| 1.2.3 植物内生菌的生物学作用 | 第13-15页 |
| 1.3 植物生长促生菌的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.4 全基因组学研究进展 | 第16-20页 |
| 1.4.1 微生物基因组学的研究背景 | 第16-17页 |
| 1.4.2 基因组测序技术的发展 | 第17-18页 |
| 1.4.3 基因组测序的应用 | 第18-20页 |
| 1.5 比较基因组学研究进展 | 第20-21页 |
| 1.5.1 比较基因组学的常用概念 | 第20-21页 |
| 1.5.2 比较基因组学的研究内容 | 第21页 |
| 1.6 本课题的研究内容及意义 | 第21-23页 |
| 第2章 乌头内生菌的分离纯化与鉴定 | 第23-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第23页 |
| 2.1.2 仪器和用具 | 第23-24页 |
| 2.1.3 试剂及培养基配方 | 第24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-26页 |
| 2.2.1 内生菌的分离 | 第24页 |
| 2.2.2 内生菌的鉴定 | 第24-25页 |
| 2.2.3 PCR扩增条件 | 第25-26页 |
| 2.2.4 琼脂糖凝胶电泳 | 第26页 |
| 2.2.5 内生菌生物进化树的建立 | 第26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-34页 |
| 2.3.1 内生菌分离结果 | 第27-29页 |
| 2.3.2 内生菌DNA提取 | 第29页 |
| 2.3.3 内生菌保守区的PCR扩增 | 第29-30页 |
| 2.3.4 内生菌保守区测序结果 | 第30-32页 |
| 2.3.5 乌头内生菌生物进化树的建立 | 第32-34页 |
| 2.4 讨论 | 第34-35页 |
| 第3章 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28的定殖及其促生作用 | 第35-45页 |
| 3.1 实验材料 | 第35页 |
| 3.1.1 供试菌株 | 第35页 |
| 3.1.2 试剂配制 | 第35页 |
| 3.2 实验方法 | 第35-39页 |
| 3.2.1 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28扫描电镜样品制备 | 第35-36页 |
| 3.2.2 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28感受态细胞制备和RFP基因转化 | 第36页 |
| 3.2.3 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28在乌头等植物中的定殖 | 第36-37页 |
| 3.2.4 植物促生指标的测定 | 第37-38页 |
| 3.2.5 植物内生菌总DNA的提取及PCR扩增 | 第38-39页 |
| 3.3 结果与分析 | 第39-43页 |
| 3.3.1 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28形态特征 | 第39-40页 |
| 3.3.2 RFP基因向草螺菌的转化 | 第40页 |
| 3.3.3 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28在乌头、玉米和小麦中的定殖 | 第40-43页 |
| 3.4 讨论 | 第43-45页 |
| 第4章 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28基因组学研究 | 第45-61页 |
| 4.1 实验材料 | 第45页 |
| 4.1.1 菌株 | 第45页 |
| 4.1.2 主要试剂与仪器 | 第45页 |
| 4.2 实验方法 | 第45-47页 |
| 4.2.1 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28基因的提取 | 第45页 |
| 4.2.2 基因组测序 | 第45页 |
| 4.2.3 基因组序列拼装 | 第45页 |
| 4.2.4 功能元件分析 | 第45-46页 |
| 4.2.5 蛋白编码基因功能注释 | 第46-47页 |
| 4.3 结果与分析 | 第47-54页 |
| 4.3.1 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28基因组的基本特征 | 第47-48页 |
| 4.3.2 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28蛋白质编码基因的功能注释 | 第48-54页 |
| 4.4 讨论 | 第54-61页 |
| 4.4.1 基因组测序与拼接 | 第55-56页 |
| 4.4.2 代谢分析 | 第56-61页 |
| 第5章 Herbaspirillum sp.Aconite 5-28比较基因组学研究 | 第61-67页 |
| 5.1 实验材料 | 第61页 |
| 5.2 实验方法 | 第61-62页 |
| 5.2.1 基因家族分析 | 第61页 |
| 5.2.2 基于全基因组单拷贝基因的系统发育树重构 | 第61-62页 |
| 5.2.3 全基因组序列比对 | 第62页 |
| 5.3 结果与分析 | 第62-66页 |
| 5.3.1 基因簇分析 | 第62-64页 |
| 5.3.2 基于全基因组单拷贝基因的系统发育树重构 | 第64-65页 |
| 5.3.3 全基因组序列比对 | 第65-66页 |
| 5.4 讨论 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-79页 |
| 致谢 | 第79-81页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第81页 |
