| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 1 理论知识 | 第11-21页 |
| 1.1 肽的命名 | 第11-12页 |
| 1.2 构象 | 第12-13页 |
| 1.3 拉氏图 | 第13-14页 |
| 1.4 计算方法和理论模型 | 第14-17页 |
| 1.4.1 量子力学方法 | 第14-15页 |
| 1.4.2 分子力学方法 | 第15-16页 |
| 1.4.3 ABEEMσπ/MM浮动电荷极化力场 | 第16-17页 |
| 1.5 分子动力学模拟 | 第17-21页 |
| 1.5.1 基本原理 | 第17-18页 |
| 1.5.2 周期性边界条件 | 第18-20页 |
| 1.5.3 系综与平衡态 | 第20-21页 |
| 2 三肽稳定构象的获取 | 第21-25页 |
| 2.1 CH_3COAla-ProNHCH_3(AP)三肽稳定构象的获取 | 第21-23页 |
| 2.2. CH_3COPro-TyrNHCH_3(PY)三肽稳定构象的获取 | 第23-24页 |
| 2.3 本章小结 | 第24-25页 |
| 3 CH_3COAla-Pro-TyrNHCH_3(APY)四肽 | 第25-36页 |
| 3.1 CH_3COAla-Pro-TyrNHCH_3(APY)四肽稳定构象的获取 | 第25-27页 |
| 3.2 CH_3COAla-Pro-TyrNHCH_3(APY)四肽稳定构象的动力学模拟过程 | 第27页 |
| 3.3 均方根偏差(RMSD)——判断体系平衡的条件 | 第27-34页 |
| 3.3.1 实验结构 | 第27-31页 |
| 3.3.2 理论模拟结构 | 第31-34页 |
| 3.4 本章小结 | 第34-36页 |
| 4 CH_3COAla-Pro-TyrNHCH_3溶剂化自由能的计算 | 第36-58页 |
| 4.1 溶剂化自由能的计算原理 | 第36-38页 |
| 4.1.1 溶剂化自由能公式 | 第36页 |
| 4.1.2 ABEEMσπ-GB/SA模型 | 第36-38页 |
| 4.2 实验结构 | 第38-45页 |
| 4.2.1 溶剂可及表面积(SASA) | 第38-41页 |
| 4.2.2 溶剂化自由能 | 第41-45页 |
| 4.3 理论模拟结构 | 第45-52页 |
| 4.3.1 溶剂可及表面积(SASA) | 第45-48页 |
| 4.3.2 溶剂化自由能 | 第48-52页 |
| 4.4 不同力场模型与从头算方法的溶剂化自由能比较 | 第52-57页 |
| 4.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 附录A APY四肽ABEEMσπ/MM力场方法优化结果 | 第64-69页 |
| 附录B 74个Coil Library中截取APY四肽能量 | 第69-74页 |
| 附录C PDB中截取APY四肽优化结果 | 第74-76页 |
| 硕士学位期间发表学术论文情况 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
