| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 引言 | 第10-22页 |
| 1.1 淡水蚌类的分类及濒危状况 | 第10-11页 |
| 1.2 动物线粒体基因组与系统发育基因组学 | 第11-13页 |
| 1.3 双壳类的线粒体双重单亲遗传现象 | 第13-14页 |
| 1.4 淡水蚌类线粒体基因组特点及研究进展 | 第14-15页 |
| 1.5 蛏蚌属概况 | 第15-20页 |
| 1.5.1 蛏蚌的分类与分布 | 第15-18页 |
| 1.5.2 蛏蚌分类的历史沿革 | 第18-20页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第20-22页 |
| 1.6.1 研究目的 | 第20页 |
| 1.6.2 研究意义 | 第20-22页 |
| 第2章 材料与方法 | 第22-32页 |
| 2.1 样本采集、鉴定与保存 | 第22页 |
| 2.2 实验所用试剂及仪器 | 第22-23页 |
| 2.2.1 主要试剂 | 第22-23页 |
| 2.2.2 主要仪器 | 第23页 |
| 2.3 实验方法 | 第23-25页 |
| 2.3.1 样品解剖及取样部位 | 第23页 |
| 2.3.2 基因组 DNA 提取与检测 | 第23-24页 |
| 2.3.3 通用引物及引物设计 | 第24页 |
| 2.3.4 PCR 及 LA-PCR 扩增 | 第24-25页 |
| 2.3.5 产物纯化与测序 | 第25页 |
| 2.4 数据处理 | 第25-32页 |
| 2.4.1 序列拼接、注释与提交 | 第25页 |
| 2.4.2 比较基因组学分析 | 第25-26页 |
| 2.4.3 基于线粒体基因组的系统发育分析 | 第26-30页 |
| 2.4.3.1 蚌目线粒体基因组全序列下载 | 第26-29页 |
| 2.4.3.2 数据集的选择使用 | 第29页 |
| 2.4.3.3 系统发育树的构建 | 第29-30页 |
| 2.4.4 基于联合 16S rRNA 与 ND1 数据的系统发育分析 | 第30-32页 |
| 2.4.4.1 类群取样 | 第30页 |
| 2.4.4.2 数据比对和拼接 | 第30-31页 |
| 2.4.4.3 系统发育树的构建 | 第31-32页 |
| 第3章 三种蛏蚌父系与母系线粒体基因组特征 | 第32-42页 |
| 3.1 线粒体基因组结构 | 第32-35页 |
| 3.2 蛋白质编码基因 | 第35-37页 |
| 3.3 转运 RNA 与核糖体 RNA 基因 | 第37-38页 |
| 3.4 非编码区与控制区 | 第38-42页 |
| 第4章 淡水蚌类线粒体基因组比较 | 第42-49页 |
| 4.1 淡水蚌类线粒体基因组的基因重排 | 第42-44页 |
| 4.2 部分淡水蚌类种内与种间线粒体基因组序列差异 | 第44-47页 |
| 4.3 13 个线粒体蛋白质编码基因序列差异的比较 | 第47-49页 |
| 第5章 淡水蚌类系统发育分析 | 第49-62页 |
| 5.1 基于线粒体基因组的蚌目系统发育 | 第49-57页 |
| 5.1.1 数据集处理 | 第49-50页 |
| 5.1.2 最大似然法与贝叶斯法重建系统发育树 | 第50-55页 |
| 5.1.3 基因排列与系统发育的联系 | 第55-56页 |
| 5.1.4 淡水蚌类若干分类问题 | 第56-57页 |
| 5.2 基于线粒体 16S 与 ND1 基因联合数据集的蚌目系统发育 | 第57-62页 |
| 5.2.1 隆嵴蚌亚科（Gonideinae Ortmann, 1916）内属间关系 | 第57-61页 |
| 5.2.2 尖丽蚌属（Aculamprotula Wu, 1998） | 第61-62页 |
| 第6章 结论与展望 | 第62-64页 |
| 6.1 主要结论 | 第62页 |
| 6.2 研究展望 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 附录 | 第71-73页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第73页 |
