| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩略语/符号说明 | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-22页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-19页 |
| 1.1.1 尼古丁成瘾 | 第12-14页 |
| 1.1.2 HIV-1转基因动物 | 第14-15页 |
| 1.1.3 基因表达和RNA-Seq技术研究进展 | 第15-19页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第19页 |
| 1.3 研究内容和方法 | 第19-20页 |
| 1.4 论文结构安排 | 第20-21页 |
| 1.5 论文创新点 | 第21-22页 |
| 第二章 原理和方法 | 第22-31页 |
| 2.1 动物实验 | 第22-23页 |
| 2.2 构建RNA测序文库及RNA测序 | 第23-24页 |
| 2.2.1 cDNA文库的制备 | 第23页 |
| 2.2.2 Illumina HiSeq2000上机测序 | 第23-24页 |
| 2.3 RNA-Seq数据处理与分析方法 | 第24-30页 |
| 2.3.1 数据预处理 | 第25页 |
| 2.3.2 读段定位 | 第25-26页 |
| 2.3.3 映射读段组装 | 第26-28页 |
| 2.3.4 基因差异表达分析 | 第28-30页 |
| 2.3.5 GO显著性富集分析 | 第30页 |
| 2.3.6 Pathway显著性富集分析 | 第30页 |
| 2.4 本章小结 | 第30-31页 |
| 第三章 结果与分析 | 第31-55页 |
| 3.1 RNA-Seq测序数据预处理 | 第31页 |
| 3.2 读段定位结果 | 第31-33页 |
| 3.3 定位读段组装 | 第33页 |
| 3.4 基因表达注释 | 第33页 |
| 3.5 差异表达基因的筛选 | 第33-45页 |
| 3.5.1 尼古丁作用下的差异表达基因 | 第34-37页 |
| 3.5.2 HIV-1 Tg大鼠中的差异表达基因 | 第37-39页 |
| 3.5.3 品系和处理效应的交互作用研究 | 第39-45页 |
| 3.6 GO显著性富集分析 | 第45-47页 |
| 3.6.1 结果 | 第45-47页 |
| 3.6.2 讨论 | 第47页 |
| 3.7 Pathway显著性富集分析 | 第47-54页 |
| 3.7.1 结果 | 第47-51页 |
| 3.7.2 讨论 | 第51-54页 |
| 3.8 本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 结论和讨论 | 第55-58页 |
| 4.1 结论 | 第55-56页 |
| 4.2 讨论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-71页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第71-72页 |
| 综述 | 第72-86页 |
| 综述参考文献 | 第81-86页 |
| 致谢 | 第86页 |