| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-31页 |
| 1.1 植物内生真菌合成植物源次级代谢产物 | 第16页 |
| 1.2 拟茎点霉研究现状 | 第16-18页 |
| 1.3 木脂素类化合物的功能活性与合成途径 | 第18-25页 |
| 1.3.1 木脂素类化合物的基本结构 | 第18-19页 |
| 1.3.2 木脂素类化合物的功能活性 | 第19-21页 |
| 1.3.3 木脂素的生物合成途径 | 第21-23页 |
| 1.3.4 杜仲中木脂素化合物 | 第23-24页 |
| 1.3.5 Pin及其糖苷化合物 | 第24-25页 |
| 1.4 苯丙烷途径关键酶 | 第25-27页 |
| 1.4.1 苯丙氨酸解氨酶 | 第25页 |
| 1.4.2 肉桂酸-4-羟基化酶 | 第25页 |
| 1.4.3 4-香豆酰辅酶A连接酶 | 第25页 |
| 1.4.4 松脂醇合成酶 | 第25-26页 |
| 1.4.5 葡萄糖基转移酶 | 第26-27页 |
| 1.4.6 β-葡萄糖苷酶 | 第27页 |
| 1.5 真菌基因组的研究现状 | 第27-28页 |
| 1.6 本文的研究目的与意义 | 第28-29页 |
| 1.7 研究内容与技术路线 | 第29-31页 |
| 1.7.1 研究内容 | 第29页 |
| 1.7.2 技术路线 | 第29-31页 |
| 第二章 拟茎点霉XP-8全基因组分析 | 第31-58页 |
| 2.1 材料试剂与仪器 | 第31-32页 |
| 2.1.1 微生物菌株 | 第31页 |
| 2.1.2 分析软件与主要数据库 | 第31-32页 |
| 2.1.3 试剂 | 第32页 |
| 2.1.4 培养基 | 第32页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第32页 |
| 2.2 试验方法 | 第32-38页 |
| 2.2.1 菌体培养和收集 | 第32页 |
| 2.2.2 基因组DNA提取 | 第32-33页 |
| 2.2.3 基因组DNA检测 | 第33-34页 |
| 2.2.4 基因组测序与生物信息学分析流程 | 第34-35页 |
| 2.2.5 文库构建 | 第35-36页 |
| 2.2.6 测序文库原始数据过滤 | 第36页 |
| 2.2.7 基因组大小的估计 | 第36页 |
| 2.2.8 基因组的组装与质量评估 | 第36页 |
| 2.2.9 基因组预测、注释与分析 | 第36-37页 |
| 2.2.10 基因家族分析 | 第37-38页 |
| 2.2.11 碳水化合物活性酶(CAZyme)的分析 | 第38页 |
| 2.2.12 次级代谢产物基因簇的分析 | 第38页 |
| 2.3 结果与分析 | 第38-56页 |
| 2.3.1 拟茎点霉XP-8基因组原始数据统计 | 第38页 |
| 2.3.2 基因组大小估计 | 第38-39页 |
| 2.3.3 基因组组装结果统计 | 第39-40页 |
| 2.3.4 基因组组装质量评估 | 第40-41页 |
| 2.3.5 基因注释 | 第41-46页 |
| 2.3.6 基因家族的分析鉴定 | 第46-49页 |
| 2.3.7 CAZyme酶类分析 | 第49-52页 |
| 2.3.8 次级代谢产物基因簇分析 | 第52-56页 |
| 2.4 讨论 | 第56页 |
| 2.5 小结 | 第56-58页 |
| 第三章 拟茎点霉XP-8的转录组数据分析 | 第58-92页 |
| 3.1 材料试剂与仪器 | 第58-59页 |
| 3.1.1 菌种 | 第58页 |
| 3.1.2 分析软件和数据库 | 第58页 |
| 3.1.3 试剂 | 第58页 |
| 3.1.4 仪器与设备 | 第58-59页 |
| 3.2 实验方法 | 第59-66页 |
| 3.2.1 菌体培养和收集 | 第59页 |
| 3.2.2 总RNA提取 | 第59-60页 |
| 3.2.3 总RNA的质量检测与评价 | 第60页 |
| 3.2.4 转录组文库的构建 | 第60-65页 |
| 3.2.5 转录组的序列组装、数据处理及基因表达量分析 | 第65-66页 |
| 3.2.6 转录组的Unigene功能注释 | 第66页 |
| 3.3 结果与分析 | 第66-89页 |
| 3.3.1 样品RNA的质量分析 | 第66-67页 |
| 3.3.2 测序数据及其质量控制 | 第67-68页 |
| 3.3.3 无参考基因组的转录组从头组装结果评估 | 第68-70页 |
| 3.3.4 无参考基因组转录组测序文库的质量评估 | 第70-71页 |
| 3.3.5 无参考基因组简单重复序列分析 | 第71-72页 |
| 3.3.6 转录组数据与参考基因组序列比对 | 第72-73页 |
| 3.3.7 有参考基因组的转录组测序文库质量评估 | 第73-74页 |
| 3.3.8 Unigene的功能注释 | 第74-75页 |
| 3.3.9 转录组的Nr分析 | 第75-76页 |
| 3.3.10 转录组GO分析 | 第76-78页 |
| 3.3.11 转录组COG分析 | 第78-79页 |
| 3.3.12 转录组KEGG分析 | 第79-80页 |
| 3.3.13 基因表达水平分析 | 第80-81页 |
| 3.3.14 Pin及其糖苷化合物生物合成途径的基因注释与分析 | 第81-89页 |
| 3.4 讨论 | 第89-90页 |
| 3.5 小结 | 第90-92页 |
| 第四章 拟茎点霉XP-8中Pin和PDG合成途径的物质流向 | 第92-109页 |
| 4.1 材料与仪器设备 | 第92页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第92页 |
| 4.1.2 主要培养基 | 第92页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第92页 |
| 4.1.4 主要仪器设备 | 第92页 |
| 4.2 试验方法 | 第92-95页 |
| 4.2.1 HPLC检测方法的建立 | 第92-93页 |
| 4.2.2 静息细胞和冻干菌体的制备 | 第93页 |
| 4.2.3 代谢途径特异性抑制剂对Pin和PDG合成的影响 | 第93页 |
| 4.2.4 途径中前体和中间产物对Pin和PDG合成的影响 | 第93页 |
| 4.2.5 多因素复合作用对PDG合成的影响 | 第93-94页 |
| 4.2.6 检测用反应液的处理与检测样品制备 | 第94页 |
| 4.2.7 液相检测条件 | 第94页 |
| 4.2.8 液质联用仪检测条件 | 第94页 |
| 4.2.9 菌体生物量的测定 | 第94-95页 |
| 4.3 结果与分析 | 第95-106页 |
| 4.3.1 多指标同时检测的方法 | 第95-97页 |
| 4.3.2 反应体系中合成的物质种类 | 第97-100页 |
| 4.3.3 聚酮途径抑制剂对Pin和PDG生物合成的影响 | 第100-101页 |
| 4.3.4 莽草酸途径抑制剂对Pin和PDG生物合成的影响 | 第101-103页 |
| 4.3.5 前体添加对Pin和PDG生物合成的影响 | 第103-105页 |
| 4.3.6 冻干细胞体系中添加途径抑制剂和前体对Pin和PDG生物合成的影响 | 第105-106页 |
| 4.4 讨论 | 第106-107页 |
| 4.5 小结 | 第107-109页 |
| 第五章 松脂醇糖基转移酶的编码基因及功能活性验证 | 第109-132页 |
| 5.1 材料与仪器设备 | 第109-110页 |
| 5.1.1 菌种及质粒 | 第109页 |
| 5.1.2 主要培养基 | 第109页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第109-110页 |
| 5.1.4 主要仪器设备 | 第110页 |
| 5.2 试验方法 | 第110-118页 |
| 5.2.1 松脂醇糖基转移酶的分离纯化 | 第110-112页 |
| 5.2.2 总RNA提取 | 第112页 |
| 5.2.3 总RNA的质量检测及评价 | 第112页 |
| 5.2.4 总RNA进行反转录得到cDNA | 第112页 |
| 5.2.5 引物设计及PCR扩增 | 第112-113页 |
| 5.2.6 胶回收目的片段 | 第113-114页 |
| 5.2.7 构建重组克隆载体 | 第114页 |
| 5.2.8 蓝白斑筛选 | 第114-115页 |
| 5.2.9 菌液PCR | 第115页 |
| 5.2.10 重组质粒的提取 | 第115-116页 |
| 5.2.11 重组质粒的双酶切鉴定与基因测序 | 第116页 |
| 5.2.12 构建表达载体 | 第116-117页 |
| 5.2.13 转化至BL21(DE3)感受态细胞 | 第117页 |
| 5.2.14 诱导表达及检测 | 第117-118页 |
| 5.3 结果与分析 | 第118-130页 |
| 5.3.1 Pin糖基转移酶的分离纯化 | 第118-122页 |
| 5.3.2 总RNA电泳 | 第122页 |
| 5.3.3 PCR产物的琼脂糖凝胶电泳检测 | 第122-123页 |
| 5.3.4 菌液PCR产物的琼脂糖凝胶电泳检测结果 | 第123页 |
| 5.3.5 生物信息学分析 | 第123-128页 |
| 5.3.6 构建表达载体 | 第128-129页 |
| 5.3.7 重组菌的原核诱导表达与活性检测 | 第129-130页 |
| 5.4 讨论 | 第130-131页 |
| 5.5 小结 | 第131-132页 |
| 第六章 水解松脂醇糖苷化合物的葡萄糖苷酶的分离纯化及其酶学特性研究 | 第132-154页 |
| 6.1 材料与仪器设备 | 第132-133页 |
| 6.1.1 菌种 | 第132页 |
| 6.1.2 培养基 | 第132页 |
| 6.1.3 主要试剂 | 第132-133页 |
| 6.1.4 主要仪器设备 | 第133页 |
| 6.2 试验方法 | 第133-137页 |
| 6.2.1 粗酶液的制备 | 第133-134页 |
| 6.2.2 蛋白含量的测定 | 第134页 |
| 6.2.3 β-葡萄糖苷酶的活性检测 | 第134页 |
| 6.2.4 β-葡萄糖苷酶的分布 | 第134页 |
| 6.2.5 分离纯化β-葡萄糖苷酶所用细胞菌龄的确定 | 第134页 |
| 6.2.6 分离纯化β-葡萄糖苷酶用硫酸铵饱和度的选择 | 第134-135页 |
| 6.2.7 HiTrapDEAE-Sepharose-FF阴离子交换层析 | 第135页 |
| 6.2.8 HiTrapTMButylFF疏水层析 | 第135页 |
| 6.2.9 SuperdexTmG200凝胶过滤层析 | 第135页 |
| 6.2.10 SDS-PAGE聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第135-136页 |
| 6.2.11 MALDI-TOF-TOF质谱分析 | 第136页 |
| 6.2.12 β-葡萄糖苷酶的酶学性质分析 | 第136-137页 |
| 6.3 结果与分析 | 第137-152页 |
| 6.3.1 蛋白浓度检测用标准曲线 | 第137页 |
| 6.3.2 对硝基苯酚含量检测的标准曲线 | 第137-138页 |
| 6.3.3 β-葡萄糖苷酶在细胞内外的分布 | 第138页 |
| 6.3.4 菌体的菌龄 | 第138-139页 |
| 6.3.5 最佳硫酸铵饱和浓度 | 第139页 |
| 6.3.6 阴离子交换层析 | 第139-140页 |
| 6.3.7 疏水层析 | 第140页 |
| 6.3.8 凝胶过滤层析 | 第140-141页 |
| 6.3.9 β-葡萄糖苷酶的SDS-PAGE电泳检测 | 第141-142页 |
| 6.3.10 MALDI-TOF-TOF分析 | 第142-145页 |
| 6.3.11 β-葡萄糖苷酶的酶学性质 | 第145-152页 |
| 6.4 讨论 | 第152页 |
| 6.5 小结 | 第152-154页 |
| 第七章 结论、创新点与展望 | 第154-156页 |
| 7.1 结论 | 第154-155页 |
| 7.2 创新点 | 第155页 |
| 7.3 展望 | 第155-156页 |
| 参考文献 | 第156-167页 |
| 附录 | 第167-178页 |
| 致谢 | 第178-179页 |
| 作者简介 | 第179页 |
