疏水电荷诱导置换色谱中吸附和置换过程的分子模拟研究
摘要 | 第3-4页 |
ABSTRACT | 第4-5页 |
第一章 文献综述 | 第9-24页 |
1.1 抗体分离纯化技术 | 第9-10页 |
1.2 疏水电荷诱导色谱 | 第10-13页 |
1.2.1 原理及操作方法 | 第10-11页 |
1.2.2 配基 | 第11-13页 |
1.3 置换色谱 | 第13-18页 |
1.3.1 原理及操作方法 | 第14-15页 |
1.3.2 置换剂的筛选及开发 | 第15-18页 |
1.4 疏水电荷诱导置换色谱 | 第18-19页 |
1.5 分子动力学模拟 | 第19-22页 |
1.5.1 原理及方法 | 第19-21页 |
1.5.2 在蛋白质体系中的应用 | 第21-22页 |
1.6 本文研究内容 | 第22-24页 |
第二章 粗粒化模型的构建及验证 | 第24-46页 |
2.1 引言 | 第24-25页 |
2.2 模拟系统及模型构建 | 第25-32页 |
2.2.1 色谱基质模型 | 第25页 |
2.2.2 色谱配基模型 | 第25-27页 |
2.2.3 色谱孔道模型 | 第27页 |
2.2.4 蛋白质模型 | 第27-28页 |
2.2.5 置换剂模型 | 第28-32页 |
2.2.6 水分子模型 | 第32页 |
2.3 模拟方法及参数设置 | 第32-34页 |
2.3.1 模拟设备 | 第32页 |
2.3.2 模拟过程及参数设置 | 第32-34页 |
2.4 数据分析方法 | 第34-37页 |
2.4.1 密度分析 | 第34页 |
2.4.2 径向分布函数分析 | 第34页 |
2.4.3 标准偏差分析 | 第34-35页 |
2.4.4 氢键相互作用分析 | 第35页 |
2.4.5 势能分析 | 第35-36页 |
2.4.6 均方根偏差分析 | 第36页 |
2.4.7 回转半径分析 | 第36-37页 |
2.5 结果与讨论 | 第37-45页 |
2.5.1 密度分析 | 第37-38页 |
2.5.2 径向分布函数分析 | 第38-40页 |
2.5.3 扩散系数分析 | 第40-41页 |
2.5.4 氢键分析 | 第41-42页 |
2.5.5 AI与水分子间非键相互作用分析 | 第42-43页 |
2.5.6 AI分子结构变化分析 | 第43-45页 |
2.6 小结 | 第45-46页 |
第三章 吸附过程的分子动力学模拟 | 第46-58页 |
3.1 引言 | 第46-47页 |
3.2 模拟体系及方法 | 第47-49页 |
3.2.1 模拟体系构建及模拟过程 | 第47-48页 |
3.2.2 模拟参数设置 | 第48页 |
3.2.3 数据分析方法 | 第48-49页 |
3.3 结果与讨论 | 第49-57页 |
3.3.1 配基密度对吸附的影响 | 第49-50页 |
3.3.2 蛋白质初始构象对吸附的影响 | 第50-52页 |
3.3.3 蛋白质与配基的相互作用 | 第52-53页 |
3.3.4 蛋白质构象变化 | 第53-55页 |
3.3.5 吸附位点及能量 | 第55-57页 |
3.4 小结 | 第57-58页 |
第四章 置换过程的分子动力学模拟 | 第58-70页 |
4.1 引言 | 第58页 |
4.2 模拟体系及方法 | 第58-60页 |
4.2.1 模拟体系构建及模拟过程 | 第58-59页 |
4.2.2 模拟参数设置 | 第59页 |
4.2.3 数据分析方法 | 第59-60页 |
4.3 结果与讨论 | 第60-68页 |
4.3.1 能量分析 | 第60-61页 |
4.3.2 蛋白质质心移动分析 | 第61-62页 |
4.3.3 蛋白质结构变化分析 | 第62-63页 |
4.3.4 配基密度的影响 | 第63-64页 |
4.3.5 置换剂种类的影响 | 第64-66页 |
4.3.6 置换剂浓度的影响 | 第66-68页 |
4.4 小结 | 第68-70页 |
第五章 结论与展望 | 第70-72页 |
5.1 本文总结 | 第70-71页 |
5.2 创新点 | 第71页 |
5.3 未来工作的建议与展望 | 第71-72页 |
参考文献 | 第72-78页 |
致谢 | 第78页 |