| 中文摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 生物芯片概述 | 第12-13页 |
| 1.2 基因芯片 | 第13-18页 |
| 1.2.1 基因芯片历史与发展 | 第13-14页 |
| 1.2.2 基因芯片原理 | 第14页 |
| 1.2.3 基因芯片应用 | 第14-15页 |
| 1.2.4 基因芯片与基因表达检测 | 第15-18页 |
| 1.3 差异基因表达检测 | 第18-19页 |
| 1.4 传统差异基因检测方法 | 第19-20页 |
| 1.5 癌症样本子集中的差异表达基因检测方法 | 第20-23页 |
| 1.5.1 基于分位数的两分类差异表达基因检测 | 第21-22页 |
| 1.5.2 其他两分类差异表达基因检测 | 第22页 |
| 1.5.3 多分类的差异表达基因检测 | 第22-23页 |
| 1.6 本文工作简介 | 第23-24页 |
| 第2章 基于分位数的差异基因表达检测方法比较分析 | 第24-36页 |
| 2.1 分位数定义 | 第24页 |
| 2.2 基于分位数的检测方法统计量定义 | 第24-27页 |
| 2.3 模拟实验和结果分析 | 第27-34页 |
| 2.3.1 两分类差异基因表达检测方法的ROC曲线 | 第27-29页 |
| 2.3.2 多分类差异表达基因检测方法ROC曲线 | 第29-30页 |
| 2.3.3 两分类差异基因表达检测方法的FDR曲线 | 第30-32页 |
| 2.3.4 多分类差异基因表达检测方法的FDR曲线 | 第32-33页 |
| 2.3.5 模拟实验小结 | 第33-34页 |
| 2.4 真实数据检测与分析 | 第34-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 基于变点分析的非参数统计差异基因表达检测方法 | 第36-56页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 变点定义 | 第37页 |
| 3.3 基于变点理论的差异基因表达检测方法 | 第37-39页 |
| 3.3.1 基因表达值变点的定义 | 第37-38页 |
| 3.3.2 检测变点的假设检验 | 第38-39页 |
| 3.3.3 变点位置估计 | 第39页 |
| 3.4 模拟实验与分析 | 第39-46页 |
| 3.4.1 蒙特卡洛模拟实验 | 第39-41页 |
| 3.4.2 ROC 曲线模拟 | 第41-46页 |
| 3.5 真实数据检测与分析 | 第46-51页 |
| 3.6 NPCPS方法的统计学与生物学意义 | 第51-55页 |
| 3.6.1 非参数统计方法 | 第51页 |
| 3.6.2 对检测过高和过低差异基因表达采取相同过程 | 第51-52页 |
| 3.6.3 变点位置估计t0? | 第52页 |
| 3.6.4 分布函数之间的距离Dn | 第52-55页 |
| 3.7 本章小结 | 第55-56页 |
| 第4章 差异基因表达检测的加权变点统计方法 | 第56-80页 |
| 4.1 引言 | 第56页 |
| 4.2 加权变点方法 | 第56-57页 |
| 4.2.1 变点定义 | 第56-57页 |
| 4.2.2 加权变点方法特点 | 第57页 |
| 4.3 实验与讨论 | 第57-78页 |
| 4.3.1 TriORT方法 | 第58页 |
| 4.3.2 TriMOST方法 | 第58页 |
| 4.3.3 蒙特卡洛模拟与ROC 曲线分析 | 第58-62页 |
| 4.3.4 真实乳腺癌数据集的差异表达基因检测 | 第62-78页 |
| 4.4 本章小结 | 第78-80页 |
| 第5章 各方法在微阵列真实数据集上的应用和比较研究 | 第80-100页 |
| 5.1 引言 | 第80页 |
| 5.2 本章所使用的数据集和差异表达检测方法 | 第80-81页 |
| 5.3 实验设计 | 第81-82页 |
| 5.4 各方法对乳腺癌数据集的检测结果比较分析 | 第82-90页 |
| 5.4.1 各方法排序前50名与癌症相关的基因数 | 第82页 |
| 5.4.2 NPCPS排序前100内与癌症相关的基因 | 第82-84页 |
| 5.4.3 各方法排序前10名的共同基因和各方法的相关性 | 第84-85页 |
| 5.4.4 各方法中排序具有代表性的基因的表达值分析 | 第85-87页 |
| 5.4.5 各方法中排序的相关性分析 | 第87-88页 |
| 5.4.6 各方法排序前1000内的重合基因 | 第88-89页 |
| 5.4.7 使用WCPS对乳腺癌基因之间的相关性分析 | 第89-90页 |
| 5.4.8 使用WCPS对癌症样本之间的相关性分析 | 第90页 |
| 5.5 WCPS方法对结肠癌数据集的检测结果比较分析 | 第90-99页 |
| 5.5.1 基因和癌症样本相关性的分析 | 第91页 |
| 5.5.2 各种具有代表性的基因的基因表达值 | 第91-99页 |
| 5.6 本章小结 | 第99-100页 |
| 第6章 结论与展望 | 第100-104页 |
| 参考文献 | 第104-116页 |
| 作者简介及科研成果 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118页 |
