| 目录 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 绪论 | 第9-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-21页 |
| 1.1 第二代高通量测序技术在检测基因变异中的应用 | 第10-15页 |
| 1.1.1 全基因组测序在检测基因变异中的应用 | 第10-11页 |
| 1.1.2 目标测序在检测基因突变中的应用 | 第11-13页 |
| 1.1.3 转录组测序在检测基因突变中的应用 | 第13-14页 |
| 1.1.4 结论与展望 | 第14-15页 |
| 1.2 将第二代高通量测序数据转化为基因突变的流程 | 第15-17页 |
| 1.3 Wnt信号转导对大肠癌的影响及其研究进展 | 第17-21页 |
| 1.3.1 Wnt信号通路 | 第17-18页 |
| 1.3.2 Wnt/β-catenin信号转导对大肠癌的影响 | 第18-21页 |
| 1.3.2.1 Wnt/β-catenin通路的组成成分对大肠癌的影响 | 第19页 |
| 1.3.2.2 Wnt/β-catenin通路的靶基因对大肠癌的影响 | 第19-21页 |
| 2 大肠癌相关基因的序列捕获及第二代高通量测序 | 第21-27页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-24页 |
| 2.1.1 临床样本与基因组DNA分离 | 第23页 |
| 2.1.2 NimbleGen序列捕获芯片捕获31个大肠癌相关基因序列的方法 | 第23-24页 |
| 2.1.3 Illumina Solexa测序 | 第24页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第24-25页 |
| 2.3 结论 | 第25-27页 |
| 3 基于高通量测序的31个大肠癌相关基因SNP检测及验证 | 第27-43页 |
| 3.1 材料与方法 | 第28-31页 |
| 3.1.1 短序列序列比对SNP检测的方法 | 第28页 |
| 3.1.2 检测低覆盖度区域 | 第28页 |
| 3.1.3 SNPs功能预测 | 第28-29页 |
| 3.1.4 SNP分型验证 | 第29页 |
| 3.1.5 生存时间分析 | 第29-30页 |
| 3.1.6 SNP位点验证 | 第30-31页 |
| 3.2 实验结果 | 第31-40页 |
| 3.2.1 SNP位点的鉴定 | 第31-32页 |
| 3.2.2 SNPs的功能预测结果 | 第32-36页 |
| 3.2.2.1 非同义突变SNPs的功能预测结果 | 第32-33页 |
| 3.2.2.2 同义突变与UTR区域的SNPs的功能预测结果 | 第33-35页 |
| 3.2.2.3 内含子区域的SNPs的功能预测结果 | 第35-36页 |
| 3.2.3 SNPs位点AS-PCR验证结果 | 第36-37页 |
| 3.2.4 SNP分型检测及生存分析结果 | 第37-40页 |
| 3.2.4.1 SNP分型检测结果 | 第37-38页 |
| 3.2.4.2 生存时间分析结果 | 第38-40页 |
| 3.3 讨论 | 第40-43页 |
| 4. 结论 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-49页 |
| 附录 | 第49-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 个人简历 | 第58页 |
