| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-34页 |
| 第一节 杂种优势及其产生机制的研究进展 | 第15-22页 |
| 0 引言 | 第15页 |
| 1 杂种优势及其应用 | 第15-18页 |
| 2 杂种优势经典遗传假说 | 第18-22页 |
| 2.1 显性假说 | 第18-19页 |
| 2.2 超显性假说 | 第19-20页 |
| 2.3 上位效应 | 第20-21页 |
| 2.4 杂种优势的其它假说 | 第21-22页 |
| 第二节 杂种优势基因组学研究 | 第22-30页 |
| 0 引言 | 第22页 |
| 1 高通量测序技术及其发展现状 | 第22-25页 |
| 1.1 454测序技术 | 第22-23页 |
| 1.2 Solexa测序技术 | 第23页 |
| 1.3 SOLiD测序技术 | 第23-24页 |
| 1.4 第三代测序技术 | 第24-25页 |
| 2 高通量测序技术在杂种优势研究中的应用 | 第25-30页 |
| 2.1 基因组水平的研究 | 第25-27页 |
| 2.2 转录组水平的研究 | 第27-28页 |
| 2.3 DNA甲基化分析 | 第28-30页 |
| 第三节 海洋贝类杂交育种及杂种优势研究进展 | 第30-34页 |
| 0 引言 | 第30页 |
| 1 海洋贝类杂交育种研究进展 | 第30-32页 |
| 1.1 海洋贝类杂交育种研究进展 | 第30-31页 |
| 1.2 海湾扇贝与紫贝种间杂交研究 | 第31-32页 |
| 2 贝类杂种优势研究进展 | 第32-33页 |
| 3 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 海湾、紫贝和海紫杂交贝基因组Survery分析 | 第34-48页 |
| 0 引言 | 第34页 |
| 第一节 海湾、紫贝和杂交贝基因组Survery分析 | 第34-43页 |
| 1 材料和方法 | 第34-39页 |
| 1.1 实验材料来源 | 第34-35页 |
| 1.2 海湾、紫贝及杂交贝基因组DNA提取 | 第35-36页 |
| 1.3 短插入片段基因组文库的构建及测序 | 第36-37页 |
| 1.4 测序数据的处理分析 | 第37-39页 |
| 2 结果与讨论 | 第39-43页 |
| 2.1 测序数据统计 | 第39-40页 |
| 2.2 K-mer分布及基因组大小评估 | 第40-41页 |
| 2.3 基因组杂合度、重复序列及GC含量评价 | 第41-43页 |
| 第二节 海湾、紫贝和杂交贝基因组denovo拼接 | 第43-46页 |
| 1 方法 | 第43页 |
| 2 结果与讨论 | 第43-46页 |
| 第三节 海湾、紫贝及杂交贝比较基因组分析 | 第46-48页 |
| 1 方法 | 第46页 |
| 1.1 海湾、紫贝基因组比较 | 第46页 |
| 1.2 杂交贝与两亲本基因组比较 | 第46页 |
| 2 结果与讨论 | 第46-48页 |
| 2.1 海湾、紫贝基因组比较 | 第46-47页 |
| 2.2 杂交贝与两亲本基因组比较 | 第47-48页 |
| 第三章 海紫杂交和海湾自交家系标记偏分离分析 | 第48-68页 |
| 0 引言 | 第48页 |
| 第一节 海紫杂交及海湾自交家系构建及SNP标记分型 | 第48-55页 |
| 1 材料和方法 | 第48-52页 |
| 1.1 杂交及自交家系构建 | 第48-49页 |
| 1.2 杂交及自交家系基因组DNA的提取 | 第49页 |
| 1.3 杂交及自交家系2b-RAD文库的构建及测序 | 第49-51页 |
| 1.4 测序数据预处理及基因分型 | 第51-52页 |
| 2 结果与讨论 | 第52-55页 |
| 2.1 海湾×紫贝杂交家系及海湾自交家系构建情况 | 第52-53页 |
| 2.2 测序数据统计 | 第53页 |
| 2.3 杂交及自交家系基因分型 | 第53-55页 |
| 第二节 杂交及自交家系SNP标记偏分离分析 | 第55-61页 |
| 1 方法 | 第55-56页 |
| 2 结果 | 第56-58页 |
| 2.1 杂交家系偏分离情况 | 第56-57页 |
| 2.2 自交家系偏分离情况 | 第57-58页 |
| 3 讨论 | 第58-61页 |
| 第三节 杂交自交共享SNP偏分离分析 | 第61-68页 |
| 1 方法 | 第61-62页 |
| 1.1 杂交自交家系共享SNP标记统计 | 第61页 |
| 1.2 共享SNP偏分离统计分析 | 第61页 |
| 1.3 杂种优势候选位点基因注释 | 第61-62页 |
| 2 结果 | 第62-67页 |
| 2.1 杂交及自交家系共享SNP情况 | 第62-63页 |
| 2.2 共享SNP分离分析 | 第63-65页 |
| 2.3 偏分离位点注释 | 第65-67页 |
| 3 讨论 | 第67-68页 |
| 第四章 高密度遗传连锁图谱的构建及重要经济性状的QTL定位 | 第68-93页 |
| 0 引言 | 第68-69页 |
| 第一节 海湾×紫贝杂交家系高密度遗传连锁图谱的构建 | 第69-79页 |
| 1 方法 | 第69页 |
| 1.1 高密度遗传连锁图谱的构建 | 第69页 |
| 2 结果 | 第69-77页 |
| 2.1 海湾扇贝高密度遗传连锁图谱的构建 | 第69-73页 |
| 2.2 紫扇贝高密度遗传连锁图谱的构建 | 第73-77页 |
| 3 讨论 | 第77-79页 |
| 第二节 海湾自交家系高密度遗传连锁图谱的构建 | 第79-84页 |
| 1 方法 | 第79页 |
| 2 结果与讨论 | 第79-82页 |
| 2.1 高密度遗传连锁图谱的构建 | 第79-81页 |
| 2.2 偏分离聚集区统计 | 第81-82页 |
| 3 讨论 | 第82-84页 |
| 第三节 杂交及自交家系重要经济性状的QTL定位 | 第84-93页 |
| 1 方法 | 第84-85页 |
| 1.1 重要经济性状的统计分析 | 第84页 |
| 1.2 重要经济性状的QTL定位 | 第84页 |
| 1.3 QTL位点注释 | 第84-85页 |
| 2 结果与讨论 | 第85-91页 |
| 2.1 生长相关性状分布情况 | 第85-86页 |
| 2.2 生长相关性状相关性分析 | 第86页 |
| 2.3 生长相关性状主成分分析 | 第86-87页 |
| 2.4 生长相关性状QTL定位 | 第87-89页 |
| 2.5 壳色性状的QTL定位 | 第89-90页 |
| 2.6 QTL位点注释信息 | 第90-91页 |
| 3 讨论 | 第91-93页 |
| 第五章 海紫杂交贝与亲本表达谱差异分析 | 第93-123页 |
| 0 引言 | 第93-94页 |
| 第一节 海湾、紫贝及杂交贝闭壳肌转录组测序 | 第94-107页 |
| 1 材料和方法 | 第94-99页 |
| 1.1 实验材料来源 | 第94页 |
| 1.2 RNA-seq文库构建及测序 | 第94-98页 |
| 1.3 测序数据处理 | 第98-99页 |
| 1.4 海湾、紫贝转录组拼接 | 第99页 |
| 1.5 海湾、紫贝转录组功能注释、分类及代谢通路分析 | 第99页 |
| 2 结果与讨论 | 第99-107页 |
| 2.1 测序数据处理 | 第99-101页 |
| 2.2 海湾、紫贝转录组拼接 | 第101-102页 |
| 2.3 海湾、紫贝转录组功能注释 | 第102页 |
| 2.4 海湾、紫贝转录组GO注释 | 第102-103页 |
| 2.5 海湾、紫贝转录组代谢通路分析 | 第103-107页 |
| 第二节 海湾、紫贝比较转录组分析 | 第107-113页 |
| 1 方法 | 第107页 |
| 1.1 功能注释比较 | 第107页 |
| 1.2 同源序列聚类分析 | 第107页 |
| 2 结果 | 第107-112页 |
| 2.1 功能注释比较 | 第107-109页 |
| 2.2 同源序列比较 | 第109-112页 |
| 3 讨论 | 第112-113页 |
| 第三节 海紫杂交贝与其亲本表达谱差异分析 | 第113-123页 |
| 1 方法 | 第113-114页 |
| 1.1 海湾、紫贝及杂交贝表达量计算 | 第113-114页 |
| 1.2 海湾、紫贝及杂交贝差异表达分析 | 第114页 |
| 1.3 差异基因功能注释及富集分析 | 第114页 |
| 2 结果 | 第114-121页 |
| 2.1 海湾、紫贝及杂交贝基因差异表达分析 | 第114-116页 |
| 2.2 海湾、紫贝及杂交贝差异基因表达模式分析 | 第116-118页 |
| 2.3 差异表达基因功能富集分析 | 第118-121页 |
| 3 讨论 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-134页 |
| 附录 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 个人简历 | 第136-137页 |
| 学术成果 | 第137页 |
