| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 课题研究的背景和意义 | 第12-15页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第15-20页 |
| 1.3 论文主要内容 | 第20-23页 |
| 1.3.1 论文的主要工作 | 第20-21页 |
| 1.3.2 论文的组织结构 | 第21-23页 |
| 第二章 LINCS数据与基因集富集分析方法分解 | 第23-37页 |
| 2.1 基因表达谱 | 第23-25页 |
| 2.1.1 基因表达谱研究的意义 | 第23-24页 |
| 2.1.2 差异表达基因 | 第24-25页 |
| 2.2 LINCS数据的来源及其数据构成 | 第25-27页 |
| 2.3 L1000技术 | 第27-30页 |
| 2.3.1 Landmark基因 | 第27-28页 |
| 2.3.2 数据产生及处理流程 | 第28-30页 |
| 2.4 基因差异表达分析方法 | 第30-35页 |
| 2.4.1 传统表达谱分析方法的局限性 | 第30-31页 |
| 2.4.2 基因集富集分析方法 | 第31-32页 |
| 2.4.3 GSEA方法 | 第32-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 基于LINCS基因沉默数据的基因扰动关系分析 | 第37-46页 |
| 3.1 扰动关系网络的构建 | 第37-40页 |
| 3.2 基因扰动关系与蛋白相互作用之间的关联 | 第40-41页 |
| 3.2.1 基因扰动关系与直接蛋白相互作用 | 第40-41页 |
| 3.2.2 基因扰动关系与间接蛋白相互作用 | 第41页 |
| 3.3 基因扰动关系与KEGG信号通路和BP的关联分析 | 第41-42页 |
| 3.4 进一步验证分析 | 第42-43页 |
| 3.5 九个细胞系结果的一致性 | 第43-44页 |
| 3.6 本章小结 | 第44-46页 |
| 第四章 基于LINCS基因沉默数据的肝细胞基因新功能探索 | 第46-58页 |
| 4.1 基于表达谱相似性的基因聚类 | 第46-48页 |
| 4.2 社团印迹基因分析 | 第48-51页 |
| 4.3 基因功能注释和富集分析 | 第51-53页 |
| 4.4 基于表达谱相似性的基因功能推测 | 第53-57页 |
| 4.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 结束语 | 第58-60页 |
| 5.1 工作总结 | 第58-59页 |
| 5.2 研究展望 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第67-68页 |
| 附录A 补充图表 | 第68-70页 |
| 附录B 缩略词表 | 第70-71页 |
