| 中文摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 1 引言 | 第13-31页 |
| 1.1 生防微生物的研究概况 | 第13-22页 |
| 1.1.1 生防微生物的种类 | 第13页 |
| 1.1.2 生防微生物的生防机制 | 第13-17页 |
| 1.1.2.1 竞争作用 | 第14页 |
| 1.1.2.2 抗生作用 | 第14-15页 |
| 1.1.2.3 重寄生作用 | 第15-16页 |
| 1.1.2.4 诱导植物抗病性 | 第16-17页 |
| 1.1.2.5 捕食作用和溶菌作用 | 第17页 |
| 1.1.3 生防细菌的种类 | 第17-20页 |
| 1.1.3.1 植物根际促生细菌 | 第18页 |
| 1.1.3.2 海洋生防细菌 | 第18-19页 |
| 1.1.3.3 植物内生细菌 | 第19-20页 |
| 1.1.4 生防细菌的作用机理 | 第20-21页 |
| 1.1.4.1 群体感应现象及其特点 | 第20页 |
| 1.1.4.2 群体感应系统及其信号分子 | 第20-21页 |
| 1.1.4.3 群体感应的应用 | 第21页 |
| 1.1.5 生防细菌的在植物病害防治中的应用前景 | 第21-22页 |
| 1.2 微生物全基因组研究进展 | 第22-24页 |
| 1.2.1 微生物基因组学的兴起和发展 | 第22-23页 |
| 1.2.2 基因测序技术的产生和发展 | 第23-24页 |
| 1.3 辣椒溶杆菌研究概况 | 第24-25页 |
| 1.3.1 辣椒溶杆菌的生物学分类地位 | 第24-25页 |
| 1.3.2 辣椒溶杆菌的生物学特性 | 第25页 |
| 1.3.3 溶杆菌属基因组研究现状及意义 | 第25页 |
| 1.4 非核糖体多肽合成酶及聚酮合酶 | 第25-28页 |
| 1.4.1 非核糖体多肽合成酶及其结构域 | 第27页 |
| 1.4.2 聚酮合酶及其结构域 | 第27-28页 |
| 1.5 热稳定抗真菌因子（Heat-Stable Antifungal Fastor，HSAF）的研究现状 | 第28-29页 |
| 1.5.1 HSAF的来源和命名 | 第28页 |
| 1.5.2 HSAF的结构特点 | 第28页 |
| 1.5.3 HSAF的生物合成 | 第28-29页 |
| 1.5.4 HSAF的生物活性和作用机理 | 第29页 |
| 1.6 本研究的目的、意义 | 第29-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-43页 |
| 2.1 实验材料 | 第31-32页 |
| 2.1.1 实验仪器 | 第31页 |
| 2.1.2 菌株及质粒 | 第31页 |
| 2.1.3 酶与试剂 | 第31-32页 |
| 2.1.4 寡聚核苷酸引物 | 第32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-43页 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 | 第32-33页 |
| 2.2.2 基因组DNA检测 | 第33页 |
| 2.2.3 基因组测序和组装 | 第33页 |
| 2.2.4 基因组序列分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4.1 基因组组分预测 | 第33页 |
| 2.2.4.2 基因功能注释与分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4.3 PKS/NRPS基因簇分析 | 第34页 |
| 2.2.5 目的基因插入体系的构建 | 第34-38页 |
| 2.2.5.1 目的基因内部片段的克隆 | 第34-35页 |
| 2.2.5.2 目的片段的回收 | 第35页 |
| 2.2.5.3 大肠杆菌化学感受态的制备 | 第35页 |
| 2.2.5.4 目的片段的连接与转化 | 第35-36页 |
| 2.2.5.5 质粒DNA的小量提取 | 第36-37页 |
| 2.2.5.6 质粒的小量酶切 | 第37页 |
| 2.2.5.7 重组质粒的构建 | 第37-38页 |
| 2.2.6 重组质粒的转化 | 第38-39页 |
| 2.2.6.1 L. capsici X2-3 抗生素的耐受水平测试 | 第38页 |
| 2.2.6.2 辣椒溶杆菌电转感受态的制备 | 第38页 |
| 2.2.6.3 重组质粒的电转化及重组子的筛选 | 第38-39页 |
| 2.2.7 重组子的鉴定 | 第39-40页 |
| 2.2.7.1 形态鉴定 | 第39页 |
| 2.2.7.2 PCR鉴定 | 第39-40页 |
| 2.2.8 突变体拮抗活性的检测 | 第40-43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-61页 |
| 3.1 基因组DNA的提取 | 第43页 |
| 3.2 基因组的测序数据统计 | 第43-44页 |
| 3.3 基因组序列组装 | 第44-45页 |
| 3.3.1 基因组大小估计 | 第44页 |
| 3.3.2 基因组组装分析 | 第44-45页 |
| 3.4 基因组组分分析 | 第45-47页 |
| 3.4.1 编码基因预测与分析 | 第45-46页 |
| 3.4.2 其他组分预测与分析 | 第46-47页 |
| 3.5 基因功能注释与分析 | 第47-52页 |
| 3.5.1 GO数据库注释与分析 | 第47-48页 |
| 3.5.2 KEGG数据库注释与分析 | 第48-49页 |
| 3.5.3 COG数据库注释与分析 | 第49-52页 |
| 3.6 PKS及NRPS基因簇分析 | 第52页 |
| 3.7 突变体系的构建 | 第52-55页 |
| 3.7.1 pks-nrps基因簇结构分析 | 第52-53页 |
| 3.7.2 pks-nrps基因簇内部片段的克隆 | 第53页 |
| 3.7.3 重组质粒的验证 | 第53-55页 |
| 3.8 重组质粒的转化及重组子筛选 | 第55页 |
| 3.8.1 L. capsici X2-3 抗生素的耐受水平测试 | 第55页 |
| 3.8.2 重组子的筛选 | 第55页 |
| 3.9 重组子的鉴定 | 第55-57页 |
| 3.9.1 形态鉴定 | 第55-56页 |
| 3.9.2 PCR鉴定 | 第56-57页 |
| 3.10 突变体抗菌活性的检测 | 第57-61页 |
| 3.10.1 DisP2-3 和DisN2-3 抗菌活性检测 | 第57-58页 |
| 3.10.2 DP2-3 和DN2-3 抗菌活性检测 | 第58-61页 |
| 4 讨论 | 第61-63页 |
| 4.1 L. capsici X2-3 基因组特征分析 | 第61-62页 |
| 4.2 L. capsici X2-3 中pks-nrps基因簇的功能分析 | 第62-63页 |
| 5 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 致谢 | 第73-75页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第75页 |
