| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-21页 |
| 1.1 转录因子及NF-κB的研究现状 | 第9-12页 |
| 1.1.1 转录因子的简介 | 第9页 |
| 1.1.2 转录因子NF-κB的概况 | 第9-10页 |
| 1.1.3 转录因子NF-κB的功能 | 第10-11页 |
| 1.1.4 转录因子NF-κB的研究意义 | 第11-12页 |
| 1.2 转录因子结合谱的研究概述 | 第12-15页 |
| 1.2.1 转录因子结合谱的研究现状 | 第12-13页 |
| 1.2.2 转录因子结合谱的研究分类和研究方法 | 第13-15页 |
| 1.3 ChIP-Seq实验概述 | 第15-19页 |
| 1.3.1 ChIP实验 | 第15-16页 |
| 1.3.2 下一代基因测序技术 | 第16-18页 |
| 1.3.3 ChIP-Seq数据分析 | 第18-19页 |
| 1.4 本论文的研究内容 | 第19-21页 |
| 第二章 构建NF-κB p65 ChIP-Seq数据分析流程 | 第21-35页 |
| 2.1 前言 | 第21-22页 |
| 2.2 多种细胞ChIP-Seq数据收集 | 第22-24页 |
| 2.3 序列比对(reads mapping) | 第24-27页 |
| 2.3.1 解压SRA数据 | 第24-25页 |
| 2.3.2 数据质量评价 | 第25-27页 |
| 2.3.3 序列比对到基因组 | 第27页 |
| 2.4 搜“峰”(Peak calling) | 第27-31页 |
| 2.4.1 格式转换 | 第28-29页 |
| 2.4.2 MACS的介绍和操作步骤 | 第29-30页 |
| 2.4.3 峰的重叠区域搜索 | 第30-31页 |
| 2.5 模体分析 | 第31-32页 |
| 2.6 本章小结 | 第32-35页 |
| 第三章 多种细胞NF-κB p65 ChIP-Seq数据处理和建库 | 第35-51页 |
| 3.1 前言 | 第35页 |
| 3.2 数据统一处理方法 | 第35页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第35-49页 |
| 3.3.1 全部数据收集 | 第35-38页 |
| 3.3.2 质量评价结果 | 第38页 |
| 3.3.3 比对结果 | 第38-39页 |
| 3.3.4 Peak calling结果 | 第39-40页 |
| 3.3.5 模体挖掘分析结果 | 第40页 |
| 3.3.6 数据储存目录结果展示 | 第40-43页 |
| 3.3.7 不同细胞共有特征分析结果 | 第43-49页 |
| 3.3.7.1 数据筛选结果 | 第43-44页 |
| 3.3.7.2 数据质量结果展示 | 第44-46页 |
| 3.3.7.3 数据交集结果 | 第46页 |
| 3.3.7.4 模体分析验证结果 | 第46-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第四章 结合峰关联基因Gene Ontology功能分析和生物学途径分析 | 第51-79页 |
| 4.1 软件介绍和使用方法 | 第51-55页 |
| 4.1.1 注释软件介绍和使用方法 | 第51-53页 |
| 4.1.2 Gosufer软件介绍和使用方法 | 第53-54页 |
| 4.1.3 DAVID数据库介绍和操作步骤 | 第54-55页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第55-78页 |
| 4.2.1 基因注释结果 | 第55-70页 |
| 4.2.2 关联基因GO分析结果 | 第70-75页 |
| 4.2.2.1 关联基因在生物学过程方面的GO分析 | 第70-72页 |
| 4.2.2.2 关联基因在分子功能方面的GO分析 | 第72-74页 |
| 4.2.2.3 关联基因在细胞组分方面的GO分析 | 第74-75页 |
| 4.2.3 关联基因生物学途径分析结果 | 第75-78页 |
| 4.3 本章小结 | 第78-79页 |
| 第五章 工作总结 | 第79-81页 |
| 致谢 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-89页 |
| 作者简介 | 第89页 |
