| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 目录 | 第6-8页 |
| 第一章 基础理论和基本方法综述 | 第8-19页 |
| 1.1 结构生物信息学概述 | 第8-9页 |
| 1.2 分子动力学 | 第9-12页 |
| 1.2.1 能量最小化 | 第9-10页 |
| 1.2.2 势能函数(potential energy function) | 第10页 |
| 1.2.3 分子动力学模拟方法 | 第10-11页 |
| 1.2.4 本质动力学(Essential Dynamics,ED) | 第11-12页 |
| 1.3 蛋白质-溶剂系统的自由能图谱理论 | 第12-14页 |
| 1.3.1 相关基本概念 | 第12-13页 |
| 1.3.2 蛋白质动力学的物理化学基础 | 第13-14页 |
| 1.4 自由能计算 | 第14-19页 |
| 1.4.1 自由能计算理论 | 第14-15页 |
| 1.4.2 元动力学(metadynamics) | 第15-19页 |
| 第二章 溶剂温度对丝氨酸蛋白酶蛋白酶K动力学行为的影响 | 第19-51页 |
| 2.1 引言 | 第19-21页 |
| 2.2 材料和方法 | 第21-25页 |
| 2.2.1 模拟系统 | 第21-22页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第22页 |
| 2.2.3 轨迹稳定性及采样收敛性评估 | 第22-23页 |
| 2.2.4 几何性质和氢键 | 第23-24页 |
| 2.2.5 本质动力学分析 | 第24页 |
| 2.2.6 元动力学模拟和自由能图谱构建 | 第24-25页 |
| 2.3 结果 | 第25-46页 |
| 2.3.1 构象采样评估 | 第25-28页 |
| 2.3.2 几何性质分析 | 第28-29页 |
| 2.3.3 结构柔性 | 第29-32页 |
| 2.3.4 本质动力学分析和大尺度协同运动 | 第32-37页 |
| 2.3.5 采样的构象子空间 | 第37-39页 |
| 2.3.6 自由能图谱 | 第39-42页 |
| 2.3.7 氢键相互作用 | 第42-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-49页 |
| 2.5 结论 | 第49-51页 |
| 附录 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-60页 |
| 攻读硕士学位期间完成的科研成果 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
