| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-24页 |
| 1.1 引言 | 第14-15页 |
| 1.2 牛肉肉质性状的重要性和意义 | 第15-16页 |
| 1.3 影响牛肉品质的因素 | 第16-17页 |
| 1.3.1 遗传因素对牛肉肉质性状的影响 | 第16页 |
| 1.3.2 年龄因素对牛肉品质的影响 | 第16-17页 |
| 1.3.3 日粮营养水平对牛肉品质的影响 | 第17页 |
| 1.3.4 饲料对牛肉品质的影响 | 第17页 |
| 1.4 草饲与谷饲牛肉 | 第17-18页 |
| 1.5 瘤胃机能 | 第18-19页 |
| 1.6 功能基因组学 | 第19-20页 |
| 1.6.1 牛功能基因组学的研究意义 | 第19-20页 |
| 1.6.2 功能基因组学在牛肉肉质性状研究中的应用 | 第20页 |
| 1.7 microRNA的特征及作用机制 | 第20-21页 |
| 1.8 DNA甲基化 | 第21-22页 |
| 1.9 研究目的和内容 | 第22-24页 |
| 第二章 草饲与谷饲牛生长速度与肉质品质变化的研究 | 第24-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第24页 |
| 2.1.2 采样 | 第24-25页 |
| 2.1.3 主要试剂和仪器 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25页 |
| 2.2.1 安格斯牛生长速度测定 | 第25页 |
| 2.2.2 烹制损失测定 | 第25页 |
| 2.2.3 剪切力测定 | 第25页 |
| 2.2.4 血液和肌肉代谢组学及代谢产物分析 | 第25页 |
| 2.2.5 生长及牛肉肉质性状测定数据分析 | 第25页 |
| 2.3 结果与分析 | 第25-36页 |
| 2.3.1 草饲牛与谷饲牛生长速度的比较分析 | 第25-26页 |
| 2.3.2 草饲牛与谷饲牛LD烹制损失和剪切力的差异分析 | 第26页 |
| 2.3.3 草饲牛和谷饲牛血液常规指标测定分析 | 第26-27页 |
| 2.3.4 草饲牛和谷饲牛血液代谢组学分析 | 第27-31页 |
| 2.3.5 草饲牛和谷饲牛肌肉代谢组学分析 | 第31-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-38页 |
| 2.4.1 草饲与谷饲牛的生长速度 | 第36页 |
| 2.4.2 草饲与谷饲牛的肉质性状 | 第36-37页 |
| 2.4.3 引起牛肉品质变化的原因分析 | 第37-38页 |
| 2.5 小结 | 第38-39页 |
| 第三章 草饲与谷饲牛基因表达谱比较分析 | 第39-72页 |
| 3.1 实验材料 | 第39-40页 |
| 3.1.1 实验动物及样品采集 | 第39页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第39页 |
| 3.1.3 主要仪器 | 第39页 |
| 3.1.4 主要分子生物学软件 | 第39-40页 |
| 3.2 实验方法 | 第40-48页 |
| 3.2.1 总RNA提取 | 第40-41页 |
| 3.2.2 RNA质量检测 | 第41页 |
| 3.2.3 从totalRNA中提取mRNA | 第41页 |
| 3.2.4 反转录合成c DNA第一条链 | 第41-42页 |
| 3.2.5 cDNA第二条链的合成 | 第42-43页 |
| 3.2.6 cDNA文库的构建 | 第43-46页 |
| 3.2.7 测序数据的分析 | 第46页 |
| 3.2.8 差异表达基因的功能富集分析 | 第46页 |
| 3.2.9 差异表达基因所参与的生物学调控通路的鉴定 | 第46页 |
| 3.2.10 qRT-PCR引物设计与合成 | 第46-48页 |
| 3.2.11 qRT-PCR验证数据结果分析 | 第48页 |
| 3.3 结果和分析 | 第48-64页 |
| 3.3.1 草饲牛与谷饲牛瘤胃组织总RNA的提取 | 第48-49页 |
| 3.3.2 测序数据的质量检测 | 第49-50页 |
| 3.3.3 草饲与谷饲肉牛差异表达基因的分析 | 第50-51页 |
| 3.3.4 qRT-PCR验证差异表达基因 | 第51页 |
| 3.3.5 差异表达基因的功能富集分析 | 第51-53页 |
| 3.3.6 IPA分析差异表达基因所参与的调控通路 | 第53-54页 |
| 3.3.7 IPA分析差异表达基因所参与的调控网络 | 第54-64页 |
| 3.4 讨论 | 第64-70页 |
| 3.4.1 实验动物来源及实验目的意义 | 第65页 |
| 3.4.2 高通量测序方法的选择与使用 | 第65-66页 |
| 3.4.3 差异表达基因的筛选标准 | 第66页 |
| 3.4.4 RNA-Seq测序分析结果的验证 | 第66-67页 |
| 3.4.5 草饲牛与谷饲牛牛肉肉质差异的分子机制 | 第67-70页 |
| 3.5 小结 | 第70-72页 |
| 第四章 草饲与谷饲牛miRNA表达谱分析 | 第72-83页 |
| 4.1 实验材料 | 第72-73页 |
| 4.1.1 实验动物及样品采集 | 第72页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第72页 |
| 4.1.3 主要仪器 | 第72-73页 |
| 4.1.4 主要分子生物学软件 | 第73页 |
| 4.2 实验方法 | 第73-76页 |
| 4.2.1 瘤胃组织总RNA的提取 | 第73页 |
| 4.2.2 RNA质量检测 | 第73页 |
| 4.2.3 miRNA-Seq文库的构建 | 第73-76页 |
| 4.2.4 测序数据分析 | 第76页 |
| 4.2.5 miRNA的靶基因预测 | 第76页 |
| 4.2.6 miRNA的靶基因所涉及的GO terms和调控通路分析 | 第76页 |
| 4.3 结果与分析 | 第76-81页 |
| 4.3.1 草饲牛与谷饲牛瘤胃组织总RNA提取 | 第76-77页 |
| 4.3.2 测序数据的质量检测 | 第77页 |
| 4.3.3 草饲牛与谷饲牛瘤胃组织miRNA表达谱分析 | 第77-78页 |
| 4.3.4 差异表达miRNA bta-miR-122靶基因的功能富集分析 | 第78-79页 |
| 4.3.5 谷饲组肉牛特异性表达miRNA bta-miR-655靶基因的功能富集及所涉及的信号通路分析 | 第79-80页 |
| 4.3.6 miRNA-Seq与RNA-Seq的联合分析 | 第80-81页 |
| 4.4 讨论 | 第81-82页 |
| 4.5 小结 | 第82-83页 |
| 第五章 草饲与谷饲牛DNA甲基化分析 | 第83-101页 |
| 5.1 实验材料 | 第83-84页 |
| 5.1.1 实验动物及样品采集 | 第83页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第83页 |
| 5.1.3 主要仪器 | 第83-84页 |
| 5.1.4 主要分子生物学软件 | 第84页 |
| 5.2 实验方法 | 第84-91页 |
| 5.2.1 DNA的提取及质量控制 | 第84页 |
| 5.2.2 甲基化DNA的富集 | 第84-86页 |
| 5.2.3 甲基结合DNA测序（MBD-Seq）文库的构建 | 第86-89页 |
| 5.2.4 测序数据分析 | 第89页 |
| 5.2.5 亚硫酸氢盐处理DNA | 第89-90页 |
| 5.2.6 DNA甲基化分析结果验证引物的设计与合成 | 第90页 |
| 5.2.7 亚硫酸氢盐测序 | 第90-91页 |
| 5.2.8 结果分析 | 第91页 |
| 5.3 结果与分析 | 第91-99页 |
| 5.3.1 草饲牛与谷饲牛瘤胃组织总DNA提取 | 第91页 |
| 5.3.2 测序数据的质量检测 | 第91-92页 |
| 5.3.3 草饲牛与谷饲牛瘤胃组织甲基化谱分析 | 第92-97页 |
| 5.3.4 亚硫酸盐测序法验证甲基结合蛋白测序（MBD-Seq）数据 | 第97-98页 |
| 5.3.5 MBD-Seq与RNA-Seq的联合分析 | 第98-99页 |
| 5.4 讨论 | 第99-100页 |
| 5.5 小结 | 第100-101页 |
| 第六章 结论 | 第101-102页 |
| 6.1 研究结论 | 第101页 |
| 6.2 创新点 | 第101页 |
| 6.3 下一步工作 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-112页 |
| 附录 | 第112-145页 |
| 缩略词 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 作者简介 | 第147-148页 |
